| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,320,144 | Δ16,489 bp | [atoS]–[yfaA] | [atoS], atoC, atoD, atoA, atoE, atoB, yfaP, yfaQ, yfaS, yfaT, [yfaA] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2320144 | 2336632 | 16489 | 103 [0] | [0] 103 | [atoS]–[yfaA] | [atoS],atoC,atoD,atoA,atoE,atoB,yfaP,yfaQ,yfaS,yfaT,[yfaA] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2320143 | 0 (0.000) | 99 (1.270) | 62/96 | 0.0 | 100% | coding (101/1827 nt) | atoS | sensory histidine kinase AtoS |
| ? | NC_000913 | 2336633 = | 0 (0.000) | coding (12/1689 nt) | yfaA | DUF2138 domain‑containing protein YfaA | |||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TTGCGCCAAAACCTACAAGACCATAGAACCGCCAGCCTTTCGCCTTTTTTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTACGG > NC_000913/2336584‑2336682 | tgatggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatt > 1:4967529‑M2/50‑50 (MQ=255) gatggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatattt > 1:90816‑M2/49‑50 (MQ=255) atggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatattt > 1:5703413‑M2/48‑49 (MQ=255) atggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatattt < 1:3266429‑M2/2‑1 (MQ=255) atggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatt < 1:6047610‑M2/1‑1 (MQ=255) atggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatt < 1:3632389‑M2/1‑1 (MQ=255) tggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTca < 1:452578‑M2/4‑1 (MQ=255) tggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTca < 1:203553‑M2/4‑1 (MQ=255) gcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcacc < 1:82695‑M2/6‑1 (MQ=255) gcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcac < 1:185135‑M2/5‑1 (MQ=255) caatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcacca < 1:946040‑M2/7‑1 (MQ=255) caatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcacca > 1:5844760‑M2/44‑50 (MQ=255) caatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcacca < 1:1805999‑M2/7‑1 (MQ=255) aatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcaccac > 1:954626‑M2/43‑50 (MQ=255) aatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcaccac > 1:558684‑M2/43‑50 (MQ=255) aatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcaccac < 1:2939853‑M2/8‑1 (MQ=255) aatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcaccac > 1:1169430‑M2/43‑50 (MQ=255) atcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACt < 1:508556‑M2/9‑1 (MQ=255) tcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTc < 1:536766‑M2/10‑1 (MQ=255) cctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCa > 1:3068873‑M2/40‑50 (MQ=255) ctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCa < 1:5157824‑M2/11‑1 (MQ=255) ctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAt < 1:5487878‑M2/12‑1 (MQ=255) ctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAt > 1:4126160‑M2/39‑50 (MQ=255) ctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAt < 1:613962‑M2/12‑1 (MQ=255) tgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAtt > 1:871172‑M2/38‑50 (MQ=255) tgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAtt > 1:4758103‑M2/38‑50 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAtt < 1:5082091‑M2/13‑1 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAtt < 1:1425032‑M2/13‑1 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGc > 1:945624‑M2/36‑50 (MQ=255) tggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGcc < 1:1413899‑M2/16‑1 (MQ=255) tggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGc > 1:2415836‑M2/35‑49 (MQ=255) ggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCca > 1:3939481‑M2/34‑50 (MQ=255) gtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCcac < 1:1392610‑M2/18‑1 (MQ=255) gtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCcac < 1:3661776‑M2/18‑1 (MQ=255) gtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCca < 1:4064868‑M2/17‑1 (MQ=255) tcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCcaca < 1:3283590‑M2/19‑1 (MQ=255) tcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCcaca < 1:5638621‑M2/19‑1 (MQ=255) tcattgtcccaacgattactattggttatatTTCACCACTCATTGCcaca < 1:4382994‑M2/19‑1 (MQ=255) cattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACAt > 1:3034054‑M2/31‑50 (MQ=255) cattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACAt > 1:2866146‑M2/31‑50 (MQ=255) attgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACAtt < 1:402430‑M2/21‑1 (MQ=255) attgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACAt < 1:891234‑M2/20‑1 (MQ=255) tgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTcc > 1:4782324‑M2/28‑50 (MQ=255) tcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCtt > 1:5620135‑M2/26‑50 (MQ=255) tcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCtt < 1:4241675‑M2/25‑1 (MQ=255) cccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtg > 1:6013079‑M2/25‑50 (MQ=255) cccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtg > 1:5277108‑M2/25‑50 (MQ=255) ccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtg < 1:2305958‑M2/26‑1 (MQ=255) ccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtg < 1:429221‑M2/26‑1 (MQ=255) caacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtgtg > 1:4174815‑M2/23‑50 (MQ=255) aacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtgtg > 1:804322‑M2/22‑49 (MQ=255) aacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtgtg > 1:2927629‑M2/22‑49 (MQ=255) aacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtgtg > 1:4976370‑M2/22‑49 (MQ=255) aacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTgtgt < 1:5291537‑M2/29‑1 (MQ=255) aacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTgtgt < 1:1504581‑M2/29‑1 (MQ=255) aacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTgtgt < 1:3155894‑M2/29‑1 (MQ=255) acgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGta < 1:1681374‑M2/30‑1 (MQ=255) cgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGtat < 1:1815952‑M2/31‑1 (MQ=255) cgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGtat < 1:4827466‑M2/31‑1 (MQ=255) cgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGta > 1:1019805‑M2/20‑49 (MQ=255) gcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGtata < 1:1818954‑M2/32‑1 (MQ=255) gcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGtata < 1:286672‑M2/32‑1 (MQ=255) gcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGtata < 1:834174‑M2/32‑1 (MQ=255) gcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGta > 1:738531‑M2/19‑48 (MQ=255) gcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGta > 1:5460346‑M2/19‑48 (MQ=255) cttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATag > 1:1084126‑M2/18‑50 (MQ=255) cttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATag < 1:438161‑M2/33‑1 (MQ=255) cttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATag > 1:2871635‑M2/18‑50 (MQ=255) cttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATag < 1:4563137‑M2/33‑1 (MQ=255) cttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATag > 1:3021307‑M2/18‑50 (MQ=255) ttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagc > 1:5351923‑M2/17‑50 (MQ=255) tactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagc > 1:6034552‑M2/16‑49 (MQ=255) tactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagc > 1:5119827‑M2/16‑49 (MQ=255) actattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagcc < 1:3247459‑M2/35‑1 (MQ=255) actattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagc > 1:5381904‑M2/15‑48 (MQ=255) actattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagc < 1:4877459‑M2/34‑1 (MQ=255) ctattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccag > 1:5495833‑M2/14‑50 (MQ=255) ctattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccag > 1:2548751‑M2/14‑50 (MQ=255) ctattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccag < 1:496222‑M2/37‑1 (MQ=255) ctattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagcca < 1:902204‑M2/36‑1 (MQ=255) tattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagcctgc > 1:3720791‑M2/13‑50 (MQ=255) tattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccagc > 1:5535675‑M2/13‑50 (MQ=255) tattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccagc > 1:357269‑M2/13‑50 (MQ=255) ttggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccagcc < 1:4572326‑M2/39‑1 (MQ=255) ttggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccagcc < 1:5775997‑M2/39‑1 (MQ=255) ttggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAgccagcca > 1:3651968‑M2/11‑50 (MQ=255) ggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtt > 1:2402692‑M2/9‑50 (MQ=255) ggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtt > 1:4817417‑M2/9‑50 (MQ=255) gttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtt < 1:5189334‑M2/42‑1 (MQ=255) gttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtt < 1:4656389‑M2/42‑1 (MQ=255) ttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtttt < 1:2580217‑M2/44‑1 (MQ=255) tatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttttt > 1:329613‑M2/6‑50 (MQ=255) tatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttttt > 1:1817964‑M2/6‑50 (MQ=255) tatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttttt > 1:5493966‑M2/6‑50 (MQ=255) atatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttttt < 1:4499184‑M2/45‑1 (MQ=255) atTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTAc > 1:445743‑M2/3‑50 (MQ=255) tTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTAc < 1:1799799‑M2/48‑1 (MQ=255) tTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTACg > 1:2134160‑M2/2‑50 (MQ=255) ttCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTACgg > 1:5255069/1‑50 (MQ=255) ttCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTACgg > 1:4766203/1‑50 (MQ=255) | TTGCGCCAAAACCTACAAGACCATAGAACCGCCAGCCTTTCGCCTTTTTTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTACGG > NC_000913/2336584‑2336682 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |