| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,994,992 | Δ3,877 bp | [ygeL]–ygeQ | [ygeL], ygeN, ygeO, insD‑4, insC‑4, ygeP, ygeQ | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2994992 | 2998868 | 3877 | 157 [0] | [0] 158 | [ygeL]–ygeQ | [ygeL],ygeN,ygeO,insD‑4,insC‑4,ygeP,ygeQ |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2994991 | 0 (0.000) | 150 (1.970) | 71/94 | 0.0 | 100% | pseudogene (102/156 nt) | ygeL | protein YgeL |
| ? | NC_000913 | 2998869 = | 0 (0.000) | intergenic (‑41/+115) | ygeQ/glyU | protein YgeQ/tRNA‑Gly | |||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
CCCTTTCATAAAATATTCCATCAATCGTTTGTTAAAAGCGTAGATAACCACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTACAAAA > NC_000913/2998820‑2998918 | tgtagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagccca > 1:606663‑M2/50‑50 (MQ=255) gtagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccAc > 1:4754550‑M2/49‑50 (MQ=255) gtagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccAc > 1:603052‑M2/49‑50 (MQ=255) tagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagccca < 1:1897597‑M2/1‑1 (MQ=255) tagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccAc < 1:1253279‑M2/2‑1 (MQ=255) tagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACt > 1:3895455‑M2/48‑50 (MQ=255) tagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACt > 1:3417521‑M2/48‑50 (MQ=255) agatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACt > 1:2982557‑M2/47‑49 (MQ=255) gatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACtt < 1:4388993‑M2/4‑1 (MQ=255) gatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACtt < 1:2590352‑M2/4‑1 (MQ=255) atttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTAt < 1:3657458‑M2/6‑1 (MQ=255) atttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTAt > 1:5317915‑M2/45‑50 (MQ=255) tttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTAtt > 1:1314837‑M2/44‑50 (MQ=255) tttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTAtt > 1:4751535‑M2/44‑50 (MQ=255) tttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTAtt > 1:1525816‑M2/44‑50 (MQ=255) tttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTAtt < 1:3810411‑M2/7‑1 (MQ=255) tgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTAttt < 1:895644‑M2/8‑1 (MQ=255) gttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTa < 1:4642156‑M2/9‑1 (MQ=255) gttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTa < 1:886538‑M2/9‑1 (MQ=255) gttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTa < 1:5944234‑M2/9‑1 (MQ=255) ttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaac < 1:3248177‑M2/11‑1 (MQ=255) tacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaac > 1:1695501‑M2/39‑49 (MQ=255) acactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaaca < 1:1356992‑M2/12‑1 (MQ=255) cactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaacaac < 1:1941870‑M2/14‑1 (MQ=255) cactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaacaac > 1:1459175‑M2/37‑50 (MQ=255) cactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaacaa < 1:2621433‑M2/13‑1 (MQ=255) actccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACt < 1:4564657‑M2/15‑1 (MQ=255) actccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACt < 1:5131380‑M2/15‑1 (MQ=255) ctccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACtt < 1:4745195‑M2/16‑1 (MQ=255) ctccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACtt < 1:1002168‑M2/16‑1 (MQ=255) ctccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACtt < 1:2176261‑M2/16‑1 (MQ=255) ctccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACtt < 1:1358955‑M2/16‑1 (MQ=255) ctccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACtt < 1:1943630‑M2/16‑1 (MQ=255) ctccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACtt < 1:5241965‑M2/16‑1 (MQ=255) cgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTg < 1:751004‑M2/17‑1 (MQ=255) 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ttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGgtgt > 1:2775834‑M2/22‑50 (MQ=255) ttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGgtgt > 1:23727‑M2/22‑50 (MQ=255) tcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGgtgt < 1:741112‑M2/29‑1 (MQ=255) tcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGgtgt < 1:4151396‑M2/29‑1 (MQ=255) tcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGgtgt < 1:4947211‑M2/29‑1 (MQ=255) cttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGtt < 1:1125830‑M2/30‑1 (MQ=255) cttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGtt < 1:3112197‑M2/30‑1 (MQ=255) cttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGtt < 1:1781032‑M2/30‑1 (MQ=255) tcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTa > 1:2408958‑M2/18‑50 (MQ=255) cagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTa < 1:1881242‑M2/33‑1 (MQ=255) cagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTa < 1:5040791‑M2/33‑1 (MQ=255) cagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTa < 1:391732‑M2/33‑1 (MQ=255) cagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTa < 1:3548660‑M2/33‑1 (MQ=255) agatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTAcc < 1:330137‑M2/35‑1 (MQ=255) agatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTAc < 1:3592292‑M2/34‑1 (MQ=255) agatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTAc < 1:4544249‑M2/34‑1 (MQ=255) gatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCt < 1:4063620‑M2/36‑1 (MQ=255) atctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTg > 1:1213006‑M2/14‑50 (MQ=255) ctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTggg > 1:5542410‑M2/12‑50 (MQ=255) ttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgtt > 1:2009561‑M2/10‑50 (MQ=255) ttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgtt > 1:4383059‑M2/10‑50 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGtttt < 1:1495632‑M2/32‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGtttt < 1:1535617‑M2/32‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGtttt < 1:3601178‑M2/32‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGtttt < 1:5335705‑M2/32‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGttt < 1:1907368‑M2/31‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGttt < 1:4742472‑M2/31‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTggg < 1:5706778‑M2/39‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTg < 1:2146576‑M2/37‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTg < 1:1140231‑M2/37‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgttg > 1:3455790‑M2/9‑50 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgtt < 1:4441753‑M2/41‑1 (MQ=255) tagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgttgt < 1:630371‑M2/43‑1 (MQ=255) tagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgttgt > 1:4204219‑M2/7‑49 (MQ=255) gcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTAc < 1:354958‑M2/46‑1 (MQ=255) gcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTAc < 1:4219099‑M2/46‑1 (MQ=255) cccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTAc > 1:6006367‑M2/4‑49 (MQ=255) ccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTACa > 1:145962‑M2/3‑49 (MQ=255) ccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTACa > 1:604838‑M2/3‑49 (MQ=255) aCTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTACaaaa < 1:5691832/50‑1 (MQ=255) aCTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTACaa > 1:5922890/1‑48 (MQ=255) | CCCTTTCATAAAATATTCCATCAATCGTTTGTTAAAAGCGTAGATAACCACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTACAAAA > NC_000913/2998820‑2998918 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |