| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,184,782 | Δ6,916 bp | ubiK–yqiI | ubiK, ygiL, yqiG, insC‑5, insD‑5, yqiG, yqiH, yqiI | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3184782 | 3191697 | 6916 | 101 [0] | [0] 102 | ubiK–yqiI | ubiK,ygiL,yqiG,insC‑5,insD‑5,yqiG,yqiH,yqiI |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3184781 | 0 (0.000) | 99 (1.270) | 59/96 | 0.0 | 100% | intergenic (‑315/‑59) | ribB/ubiK | 3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase/ubiquinone biosynthesis accessory factor UbiK |
| ? | NC_000913 | 3191698 = | 0 (0.000) | intergenic (+2/+41) | yqiI/glgS | putative fimbrial protein YqiI/surface composition regulator | |||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GAGGGACCGTTTAGTAAAGACGTAATCCTGAAAATCACCTATAACTAGTATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATCAGTGCTC > NC_000913/3191649‑3191747 | gctaatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttata > 1:5263581‑M2/50‑50 (MQ=255)gctaatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttata > 1:2209998‑M2/50‑50 (MQ=255) ctaatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatat > 1:519499‑M2/49‑50 (MQ=255) ctaatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatat > 1:4492362‑M2/49‑50 (MQ=255) ctaatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatat < 1:1448814‑M2/2‑1 (MQ=255) ctaatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatat < 1:1448407‑M2/2‑1 (MQ=255) taatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATc > 1:1020850‑M2/48‑50 (MQ=255) taatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATc > 1:5033112‑M2/48‑50 (MQ=255) taatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATc > 1:1854615‑M2/48‑50 (MQ=255) aatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATc > 1:1349857‑M2/47‑49 (MQ=255) atgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCt > 1:338713‑M2/46‑49 (MQ=255) atgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTa < 1:1411005‑M2/5‑1 (MQ=255) atgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTa < 1:2817041‑M2/5‑1 (MQ=255) tgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTaa > 1:1466107‑M2/45‑50 (MQ=255) tgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTaa > 1:2136613‑M2/45‑50 (MQ=255) attagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAAt < 1:1879781‑M2/7‑1 (MQ=255) attagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa < 1:898193‑M2/8‑1 (MQ=255) attagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa > 1:5957259‑M2/43‑50 (MQ=255) attagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa > 1:5954544‑M2/43‑50 (MQ=255) attagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa < 1:4959411‑M2/8‑1 (MQ=255) attagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa < 1:3030846‑M2/8‑1 (MQ=255) attagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa > 1:2575040‑M2/43‑50 (MQ=255) ttagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa > 1:2326069‑M2/42‑49 (MQ=255) tagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATAc > 1:5933989‑M2/41‑49 (MQ=255) tagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATAc > 1:6027388‑M2/41‑49 (MQ=255) agcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACa > 1:3856344‑M2/40‑49 (MQ=255) agcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACa > 1:2730242‑M2/40‑49 (MQ=255) gcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACaaa < 1:3735303‑M2/12‑1 (MQ=255) gcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACaa < 1:1741079‑M2/11‑1 (MQ=255) cggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACaaa > 1:1534644‑M2/38‑49 (MQ=255) cggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACaaa > 1:1756961‑M2/38‑49 (MQ=255) cggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAac < 1:4639858‑M2/13‑1 (MQ=255) ggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAaca < 1:4024675‑M2/14‑1 (MQ=255) ggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAaca > 1:1356383‑M2/37‑50 (MQ=255) gcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAacac < 1:5225183‑M2/15‑1 (MQ=255) cagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAacac > 1:3206132‑M2/35‑49 (MQ=255) cagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACt < 1:1564560‑M2/16‑1 (MQ=255) cagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACt < 1:4330576‑M2/16‑1 (MQ=255) agcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACt > 1:2418919‑M2/34‑49 (MQ=255) agcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACt > 1:2814603‑M2/34‑49 (MQ=255) caacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTaaa < 1:4348621‑M2/19‑1 (MQ=255) caacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTaaa < 1:1222862‑M2/19‑1 (MQ=255) caacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTaa > 1:3966694‑M2/32‑49 (MQ=255) aacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTaaaa > 1:289447‑M2/31‑50 (MQ=255) aacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTaaaa > 1:5542580‑M2/31‑50 (MQ=255) aacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTaaaa < 1:5770816‑M2/20‑1 (MQ=255) aacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTaaaa > 1:5194354‑M2/31‑50 (MQ=255) acgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAAc < 1:5693894‑M2/21‑1 (MQ=255) acgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAAc > 1:5650260‑M2/30‑50 (MQ=255) acgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAAc < 1:3472873‑M2/21‑1 (MQ=255) acgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAAc > 1:3407690‑M2/30‑50 (MQ=255) acgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAAc > 1:2280019‑M2/30‑50 (MQ=255) cgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACg < 1:1774275‑M2/22‑1 (MQ=255) cgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACg < 1:5627460‑M2/22‑1 (MQ=255) cgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACg > 1:2367327‑M2/29‑50 (MQ=255) cgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACg > 1:5119094‑M2/29‑50 (MQ=255) cgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACg < 1:1567190‑M2/22‑1 (MQ=255) cgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACg < 1:2952542‑M2/22‑1 (MQ=255) gcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACgg > 1:3161767‑M2/28‑50 (MQ=255) gcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACgg < 1:5947056‑M2/23‑1 (MQ=255) gcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACgg > 1:1075428‑M2/28‑50 (MQ=255) gcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACgg < 1:2283864‑M2/23‑1 (MQ=255) catagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACggg > 1:5483927‑M2/27‑50 (MQ=255) atagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGc > 1:3821170‑M2/26‑50 (MQ=255) tagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGc > 1:4840782‑M2/25‑49 (MQ=255) agcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCa > 1:3013903‑M2/24‑50 (MQ=255) gcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCa < 1:605707‑M2/27‑1 (MQ=255) gcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCa < 1:1773384‑M2/27‑1 (MQ=255) ttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCAt > 1:1620836‑M2/21‑48 (MQ=255) cacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCa < 1:394354‑M2/30‑1 (MQ=255) cacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAgg > 1:1127531‑M2/19‑50 (MQ=255) acataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAgg < 1:2821214‑M2/32‑1 (MQ=255) acataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGc < 1:2120237‑M2/33‑1 (MQ=255) acataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGc > 1:4209884‑M2/18‑50 (MQ=255) acataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGc < 1:1829513‑M2/33‑1 (MQ=255) cataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGcc > 1:3832249‑M2/17‑50 (MQ=255) cataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGcc > 1:3187603‑M2/17‑50 (MQ=255) cataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGcc < 1:5582131‑M2/34‑1 (MQ=255) ataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGccc < 1:554955‑M2/35‑1 (MQ=255) taattcttgtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCg > 1:77195‑M2/15‑50 (MQ=255) taattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCg > 1:2173259‑M2/15‑50 (MQ=255) taattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCg > 1:277243‑M2/15‑50 (MQ=255) attctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGt > 1:1013227‑M2/13‑49 (MQ=255) ttctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTta > 1:4453101‑M2/12‑50 (MQ=255) tctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTta > 1:4005599‑M2/11‑49 (MQ=255) tctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTta > 1:1618789‑M2/11‑49 (MQ=255) tggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTatat > 1:3691812‑M2/9‑50 (MQ=255) gtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTtata < 1:5725194‑M2/41‑1 (MQ=255) gtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTatat > 1:1139005‑M2/7‑48 (MQ=255) gtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTatat > 1:1212164‑M2/7‑48 (MQ=255) tttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATCAg < 1:1854173‑M2/45‑1 (MQ=255) tatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATCAGt < 1:5493122‑M2/46‑1 (MQ=255) tatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATCAGt < 1:3035114‑M2/46‑1 (MQ=255) tatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATCAGt < 1:5960514‑M2/46‑1 (MQ=255) tatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATCAGTg > 1:5557688‑M2/4‑50 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |