| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 687,860 | Δ1,185 bp | IS5‑mediated | insH‑3 | insH‑3 |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 687860 | 689044 | 1185 | 57 [0] | [0] 55 | insH‑3 | insH‑3 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 687859 | 0 (0.000) | 52 (0.920) | 40/96 | 0.0 | 100% | noncoding (1187/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 689045 = | 0 (0.000) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/687810‑687859‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > NC_000913/689045‑689093 TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC > 1:2629171/1‑50TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC > 1:4362861/1‑50 TATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCC > 1:450528/1‑50 ATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT > 1:3309263/1‑50 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTT < 1:3724015/50‑1 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT > 1:1544622/1‑49 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT < 1:3273502/49‑1 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAG < 1:3149605/50‑1 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAG < 1:1224318/50‑1 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTA < 1:84541/49‑1 TCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGG < 1:3392883/50‑1 GCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAA > 1:2077273/1‑50 GCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAA > 1:787521/1‑50 CAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTA < 1:508813/48‑1 ACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACAT < 1:1642226/50‑1 CTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATT > 1:1756814/1‑50 TTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATT > 1:2786412/1‑49 TTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATT > 1:798130/1‑49 TTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATT > 1:3445751/1‑48 TATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTA < 1:620582/49‑1 TATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTT < 1:1348461/48‑1 TATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTT < 1:3431670/48‑1 TATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTT < 1:3098470/48‑1 TTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTT < 1:3476187/50‑1 TTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTT < 1:1367614/50‑1 TTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGT < 1:3165558/49‑1 TTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGT < 1:246465/49‑1 GTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTT < 1:3971011/49‑1 TGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGG < 1:445828/50‑1 CAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGC > 1:3679148/1‑49 GTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTA > 1:2110387/1‑49 TGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAA < 1:1384558/50‑1 GTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAAT > 1:1874818/1‑50 TTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAAT < 1:877035/49‑1 GTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGT < 1:273119/49‑1 GTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGT > 1:1920635/1‑49 GTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGT < 1:1694534/49‑1 CTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA > 1:2826233/1‑46 CTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA > 1:1703441/1‑46 TGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGA > 1:1781274/1‑49 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAT < 1:4300297/50‑1 AGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTG > 1:3729711/1‑50 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGC < 1:3620946/50‑1 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGC < 1:2603321/50‑1 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTG < 1:1922267/49‑1 GAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTG > 1:1194496/1‑50 AAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGT > 1:1072374/1‑50 AAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGT < 1:980256/50‑1 AGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTT > 1:2013613/1‑50 GGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTT > 1:2541212/1‑50 GTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTT > 1:3905496/1‑49 GTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTT > 1:1361363/1‑49 GCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAT > 1:3196687/1‑50 GCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAT > 1:2418592/1‑50 CCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT < 1:2461304/50‑1 CCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT < 1:1262386/50‑1 CCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAT < 1:2326127/49‑1 TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/687810‑687859‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > NC_000913/689045‑689093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |