| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 687,860 | Δ1,185 bp | IS5‑mediated | insH‑3 | insH‑3 |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 687860 | 689044 | 1185 | 57 [0] | [0] 55 | insH‑3 | insH‑3 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 687859 | 0 (0.000) | 52 (0.920) | 40/96 | 0.0 | 100% | noncoding (1187/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 689045 = | 0 (0.000) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > NC_000913/688996‑689093 | tatcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcc > 1:450528‑M2/50‑50 (MQ=255) atcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCt > 1:3309263‑M2/49‑50 (MQ=255) tcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCtt < 1:3724015‑M2/3‑1 (MQ=255) tcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCt < 1:3273502‑M2/2‑1 (MQ=255) tcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCt > 1:1544622‑M2/48‑49 (MQ=255) gtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTa < 1:84541‑M2/4‑1 (MQ=255) gtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAg < 1:1224318‑M2/5‑1 (MQ=255) gtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAg < 1:3149605‑M2/5‑1 (MQ=255) tctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAgg < 1:3392883‑M2/6‑1 (MQ=255) gcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTaa > 1:2077273‑M2/42‑50 (MQ=255) gcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTaa > 1:787521‑M2/42‑50 (MQ=255) caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTa < 1:508813‑M2/8‑1 (MQ=255) actttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAt < 1:1642226‑M2/12‑1 (MQ=255) ctttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAtt > 1:1756814‑M2/38‑50 (MQ=255) tttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAtt > 1:2786412‑M2/37‑49 (MQ=255) tttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAtt > 1:798130‑M2/37‑49 (MQ=255) ttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAtt > 1:3445751‑M2/36‑48 (MQ=255) tattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAttt < 1:3431670‑M2/14‑1 (MQ=255) tattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAttt < 1:1348461‑M2/14‑1 (MQ=255) tattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAttt < 1:3098470‑M2/14‑1 (MQ=255) tattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTa < 1:620582‑M2/15‑1 (MQ=255) ttgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGtt < 1:1367614‑M2/18‑1 (MQ=255) ttgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGtt < 1:3476187‑M2/18‑1 (MQ=255) ttgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGt < 1:3165558‑M2/17‑1 (MQ=255) ttgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGt < 1:246465‑M2/17‑1 (MQ=255) gtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGttt < 1:3971011‑M2/19‑1 (MQ=255) tgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTgg < 1:445828‑M2/21‑1 (MQ=255) cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGc > 1:3679148‑M2/28‑49 (MQ=255) gtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTa > 1:2110387‑M2/26‑49 (MQ=255) tgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTaaa < 1:1384558‑M2/26‑1 (MQ=255) gttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAAt > 1:1874818‑M2/24‑50 (MQ=255) ttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAAt < 1:877035‑M2/27‑1 (MQ=255) gtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGt < 1:273119‑M2/29‑1 (MQ=255) gtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGt > 1:1920635‑M2/21‑49 (MQ=255) gtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGt < 1:1694534‑M2/29‑1 (MQ=255) ctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTa > 1:2826233‑M2/17‑46 (MQ=255) ctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTa > 1:1703441‑M2/17‑46 (MQ=255) tgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGa > 1:1781274‑M2/16‑49 (MQ=255) ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGatat < 1:4300297‑M2/37‑1 (MQ=255) agggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTg > 1:3729711‑M2/12‑50 (MQ=255) gggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTg < 1:1922267‑M2/39‑1 (MQ=255) gggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGc < 1:2603321‑M2/40‑1 (MQ=255) gggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGc < 1:3620946‑M2/40‑1 (MQ=255) gaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTg > 1:1194496‑M2/9‑50 (MQ=255) aaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGt > 1:1072374‑M2/8‑50 (MQ=255) aaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGt < 1:980256‑M2/43‑1 (MQ=255) aggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtt > 1:2013613‑M2/7‑50 (MQ=255) ggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt > 1:2541212‑M2/6‑50 (MQ=255) gtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt > 1:3905496‑M2/5‑49 (MQ=255) gtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt > 1:1361363‑M2/5‑49 (MQ=255) gcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAt > 1:3196687‑M2/3‑50 (MQ=255) gcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAt > 1:2418592‑M2/3‑50 (MQ=255) cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAtt < 1:2461304‑M2/49‑1 (MQ=255) cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAtt < 1:1262386‑M2/49‑1 (MQ=255) cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAt < 1:2326127‑M2/48‑1 (MQ=255) | GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > NC_000913/688996‑689093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |