| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 137 [0] | [0] 136 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 130 (1.160) | 68/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101347‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137718‑2137766 TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:1754811/1‑50 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG > 1:1031555/1‑50 TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG < 1:6801191/49‑1 TAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC > 1:2930072/1‑50 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:621641/1‑50 AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCC < 1:6471827/50‑1 TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCAC < 1:3323130/50‑1 TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCAC < 1:3528500/50‑1 TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA > 1:7563946/1‑49 ATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA > 1:5097194/1‑50 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT > 1:1244538/1‑50 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT < 1:6380867/50‑1 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT < 1:5239289/50‑1 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA < 1:6066322/49‑1 AAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG > 1:7662865/1‑50 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC < 1:2375150/50‑1 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC < 1:3526223/50‑1 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC < 1:1653562/50‑1 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG < 1:1348846/49‑1 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG < 1:5357366/49‑1 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG < 1:1415390/49‑1 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG < 1:6475612/49‑1 ATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCG < 1:8562077/50‑1 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA > 1:7390036/1‑50 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT < 1:7007397/49‑1 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT < 1:5839730/49‑1 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT < 1:3168664/50‑1 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT < 1:7784733/50‑1 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT > 1:2787594/1‑50 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT < 1:1988605/50‑1 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT < 1:1290059/50‑1 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT < 1:163476/50‑1 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT < 1:241006/50‑1 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:8232543/1‑50 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:6045197/1‑50 TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT > 1:8147163/1‑50 TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT > 1:2374024/1‑50 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC > 1:1022537/1‑50 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 1:8220132/49‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 1:1187800/49‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 1:2196245/49‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT < 1:2262844/48‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT < 1:1481492/48‑1 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT > 1:4358915/1‑50 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT > 1:2353803/1‑50 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT > 1:814702/1‑50 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT < 1:5735614/50‑1 CCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT > 1:177550/1‑49 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT < 1:6147156/49‑1 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA > 1:887620/1‑49 TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA > 1:7507473/1‑50 TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA > 1:4778655/1‑50 TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA > 1:2187863/1‑50 TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA > 1:2015192/1‑50 TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA > 1:8364158/1‑50 GCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA > 1:7475388/1‑49 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATA < 1:7410585/50‑1 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT < 1:7530827/49‑1 TTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA > 1:7136927/1‑50 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG > 1:919367/1‑50 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT < 1:5501744/49‑1 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT < 1:3279757/49‑1 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA < 1:5158555/48‑1 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA < 1:2661147/48‑1 ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT > 1:4571020/1‑50 ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT > 1:1349549/1‑50 TGCTTACGTTTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT < 1:5879352/49‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT > 1:3957093/1‑50 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT < 1:6206191/50‑1 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTA > 1:6617528/1‑50 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT < 1:4891567/49‑1 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAACAATGTTTTA > 1:3326842/1‑50 TTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT > 1:5431130/1‑50 TACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT > 1:921717/1‑49 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTA > 1:6678769/1‑50 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT < 1:103774/48‑1 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT < 1:3188325/48‑1 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT < 1:4928145/48‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT < 1:5732056/50‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT < 1:2470782/50‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTA < 1:7021478/49‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTA < 1:1846371/49‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTA < 1:4696569/49‑1 GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATT < 1:1617084/50‑1 GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT > 1:1326145/1‑49 GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA < 1:3820130/50‑1 CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC < 1:6492123/50‑1 CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC < 1:5427778/50‑1 TTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC > 1:5092580/1‑49 TTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA > 1:6389774/1‑50 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACC < 1:4747191/48‑1 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACC < 1:2515409/48‑1 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT < 1:3983535/50‑1 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT < 1:5914800/50‑1 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT > 1:6097475/1‑50 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACT < 1:4157866/49‑1 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > 1:4943359/1‑49 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT < 1:2896777/49‑1 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > 1:2891056/1‑49 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT < 1:8449162/49‑1 TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101347‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137718‑2137766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |