| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 137 [0] | [0] 136 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 130 (1.160) | 68/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATTACGGGTGAAAAACTGATGAAATTCGATCAAAGTTGCGATTTGATAAA > NC_000913/2101347‑2101444 | tattaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:1754811‑M1/1‑50 (MQ=255) attaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg > 1:1031555‑M1/1‑49 (MQ=255) ttaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg < 1:6801191‑M1/49‑2 (MQ=255) taAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtc > 1:2930072‑M1/1‑47 (MQ=255) aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc > 1:621641‑M1/1‑45 (MQ=255) aGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcc < 1:6471827‑M1/50‑7 (MQ=255) tataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccac < 1:3323130‑M1/50‑9 (MQ=255) tataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccac < 1:3528500‑M1/50‑9 (MQ=255) tataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca > 1:7563946‑M1/1‑42 (MQ=255) ataAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca > 1:5097194‑M1/1‑41 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat > 1:1244538‑M1/1‑40 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat < 1:6380867‑M1/50‑11 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat < 1:5239289‑M1/50‑11 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca < 1:6066322‑M1/49‑10 (MQ=255) aaaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg > 1:7662865‑M1/1‑39 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc < 1:2375150‑M1/50‑13 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc < 1:3526223‑M1/50‑13 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc < 1:1653562‑M1/50‑13 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg < 1:1348846‑M1/49‑12 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg < 1:5357366‑M1/49‑12 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg < 1:1415390‑M1/49‑12 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg < 1:6475612‑M1/49‑12 (MQ=255) aTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcg < 1:8562077‑M1/50‑14 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgata > 1:7390036‑M1/1‑34 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgat < 1:7007397‑M1/49‑16 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgat < 1:5839730‑M1/49‑16 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat < 1:3168664‑M1/50‑18 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat < 1:7784733‑M1/50‑18 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat > 1:2787594‑M1/1‑33 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat < 1:1988605‑M1/50‑18 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat < 1:1290059‑M1/50‑18 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat < 1:163476‑M1/50‑18 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat < 1:241006‑M1/50‑18 (MQ=255) ttATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatt > 1:8232543‑M1/1‑32 (MQ=255) ttATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatt > 1:6045197‑M1/1‑32 (MQ=255) tATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt > 1:8147163‑M1/1‑31 (MQ=255) tATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt > 1:2374024‑M1/1‑31 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttc > 1:1022537‑M1/1‑30 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt < 1:8220132‑M1/49‑20 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt < 1:1187800‑M1/49‑20 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt < 1:2196245‑M1/49‑20 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatt < 1:2262844‑M1/48‑19 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatt < 1:1481492‑M1/48‑19 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct > 1:4358915‑M1/1‑29 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct > 1:2353803‑M1/1‑29 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct > 1:814702‑M1/1‑29 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct < 1:5735614‑M1/50‑22 (MQ=255) ccATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct > 1:177550‑M1/1‑28 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt < 1:6147156‑M1/49‑23 (MQ=255) aTGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctta > 1:887620‑M1/1‑26 (MQ=255) tGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa > 1:7507473‑M1/1‑25 (MQ=255) tGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa > 1:4778655‑M1/1‑25 (MQ=255) tGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa > 1:2187863‑M1/1‑25 (MQ=255) tGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa > 1:2015192‑M1/1‑25 (MQ=255) tGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa > 1:8364158‑M1/1‑25 (MQ=255) gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa > 1:7475388‑M1/1‑24 (MQ=255) cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaata < 1:7410585‑M1/50‑28 (MQ=255) cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaat < 1:7530827‑M1/49‑27 (MQ=255) ttATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa > 1:7136927‑M1/1‑22 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatg > 1:919367‑M1/1‑20 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataat < 1:5501744‑M1/49‑30 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataat < 1:3279757‑M1/49‑30 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa < 1:5158555‑M1/48‑29 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa < 1:2661147‑M1/48‑29 (MQ=255) atGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt > 1:4571020‑M1/1‑18 (MQ=255) atGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt > 1:1349549‑M1/1‑18 (MQ=255) tGCTTACGTTTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt < 1:5879352‑M1/49‑33 (MQ=255) tGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt > 1:3957093‑M1/1‑17 (MQ=255) tGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt < 1:6206191‑M1/50‑34 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttta > 1:6617528‑M1/1‑15 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttt < 1:4891567‑M1/49‑35 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaacaatgtttta > 1:3326842‑M1/1‑15 (MQ=255) ttACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttat > 1:5431130‑M1/1‑14 (MQ=255) tACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttat > 1:921717‑M1/1‑13 (MQ=255) aCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatta > 1:6678769‑M1/1‑12 (MQ=255) aCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttat < 1:103774‑M1/48‑37 (MQ=255) aCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttat < 1:3188325‑M1/48‑37 (MQ=255) aCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttat < 1:4928145‑M1/48‑37 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat < 1:5732056‑M1/50‑40 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat < 1:2470782‑M1/50‑40 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatta < 1:7021478‑M1/49‑39 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatta < 1:1846371‑M1/49‑39 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatta < 1:4696569‑M1/49‑39 (MQ=255) ggCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattatt < 1:1617084‑M1/50‑41 (MQ=255) ggCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat > 1:1326145‑M1/1‑10 (MQ=255) gCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattatta < 1:3820130‑M1/50‑42 (MQ=255) cTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattac < 1:6492123‑M1/50‑43 (MQ=255) cTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattac < 1:5427778‑M1/50‑43 (MQ=255) tttATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattac > 1:5092580‑M1/1‑7 (MQ=255) ttATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattacca > 1:6389774‑M1/1‑6 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattacc < 1:4747191‑M1/48‑44 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattacc < 1:2515409‑M1/48‑44 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccactt < 1:3983535‑M1/50‑48 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccactt < 1:5914800‑M1/50‑48 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccactt > 1:6097475‑M1/1‑3 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccact < 1:4157866‑M1/49‑47 (MQ=255) tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt > 1:4943359‑M1/1‑1 (MQ=255) tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt < 1:2896777‑M1/49‑49 (MQ=255) tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt > 1:2891056‑M1/1‑1 (MQ=255) tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt < 1:8449162‑M1/49‑49 (MQ=255) | TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATTACGGGTGAAAAACTGATGAAATTCGATCAAAGTTGCGATTTGATAAA > NC_000913/2101347‑2101444 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |