| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,509,562 | Δ46,201 bp | [hicB]–maeA | 43 genes [hicB], ydcR, ydcS, ydcT, ydcU, ydcV, patD, yncL, ortT, ydcY, ydcZ, mnaT, curA, mcbR, yncD, yncE, ansP, yncG, yncH, rhsE, ydcD, yncO, yncI, ydcC, pptA, yddH, nhoA, yddE, narV, narW, narY, narZ, narU, yddJ, yddK, yddL, yddG, fdnG, fdnH, fdnI, yddM, adhP, maeA |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1509562 | 1555762 | 46201 | 119 [0] | [0] 121 | [hicB]–maeA | [hicB],ydcR,ydcS,ydcT,ydcU,ydcV,patD,yncL,ortT,ydcY,ydcZ,mnaT,curA,mcbR,yncD,yncE,ansP,yncG,yncH,rhsE,ydcD,yncO,yncI,ydcC,pptA,yddH,nhoA,yddE,narV,narW,narY,narZ,narU,yddJ,yddK,yddL,yddG,fdnG,fdnH,fdnI,yddM,adhP,maeA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1509561 | 0 (0.000) | 119 (1.040) | 63/98 | 0.0 | 100% | coding (54/417 nt) | hicB | antitoxin of the HicA‑HicB toxin‑antitoxin system |
| ? | NC_000913 | 1555763 = | 0 (0.000) | intergenic (‑94/+63) | maeA/sra | malate dehydrogenase, NAD‑requiring/30S ribosomal subunit protein S22 | |||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CGTCTTTGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAGGAC > NC_000913/1555714‑1555812 | ttatcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttcta < 1:6580958‑M2/1‑1 (MQ=255) tatcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttcta > 1:5390375‑M2/49‑49 (MQ=255) tatcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttcta > 1:4140577‑M2/49‑49 (MQ=255) tatcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttcta > 1:7721951‑M2/49‑49 (MQ=255) atcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaaa > 1:1294325‑M2/48‑50 (MQ=255) atcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaa < 1:6806724‑M2/2‑1 (MQ=255) atcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaa < 1:2099811‑M2/2‑1 (MQ=255) atcccgtcactcttacacccgcgccggaaggaggttatatggtttctaa < 1:322071‑M2/2‑1 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaaa < 1:4578819‑M2/3‑1 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaaa < 1:8619128‑M2/3‑1 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAAc < 1:1122970‑M2/4‑1 (MQ=255) 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1:3196303‑M2/18‑1 (MQ=255) cacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgc > 1:6493353‑M2/33‑50 (MQ=255) cacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgc < 1:5962144‑M2/18‑1 (MQ=255) cacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTg < 1:5789779‑M2/17‑1 (MQ=255) acccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgcg < 1:2738437‑M2/19‑1 (MQ=255) acccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgcg < 1:4262048‑M2/19‑1 (MQ=255) acccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgcg < 1:4423809‑M2/19‑1 (MQ=255) acccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgcg > 1:4458022‑M2/32‑50 (MQ=255) acccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgcg < 1:3011211‑M2/19‑1 (MQ=255) cgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAg < 1:5034642‑M2/22‑1 (MQ=255) gcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAgg > 1:6295957‑M2/28‑50 (MQ=255) gcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAgg < 1:7322239‑M2/23‑1 (MQ=255) ccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCaa > 1:1466803‑M2/25‑50 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |