| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1197136 | 9 (0.080) | 97 (1.180) +CAGATAATTCAA |
54/74 | 0.0 | 92.5% | coding (397/666 nt) | ymfD | e14 prophage; putative SAM‑dependent methyltransferase |
| ? | NC_000913 | 1223093 = | 12 (0.110) | coding (71/174 nt) | ymgI | uncharacterized protein YmgI | |||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
ATAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATTTTGTCGATTGTATCCCGACAAGGAACGGCAGAGAGAACATTAGAGCAA > NC_000913/1197087‑1197185 | aTAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 2:541114/1‑50 (MQ=255)aTAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt < 1:3533412/50‑1 (MQ=255)aTAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt < 2:2022645/50‑1 (MQ=255)aTAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt < 2:4454324/50‑1 (MQ=255) tAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAtt > 1:5313025/1‑50 (MQ=255) tAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 1:2550848/1‑49 (MQ=255) aaGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 1:2917560/1‑48 (MQ=255) aaGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 1:1405992/1‑48 (MQ=255) agagTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 1:4114154/1‑47 (MQ=255) agagTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 2:2857742/1‑47 (MQ=255) gagTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcaga < 1:1117942‑M1/50‑5 (MQ=255) gagTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATTTTg > 1:1267298/1‑50 (MQ=255) agTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagat < 1:2812860‑M1/50‑6 (MQ=255) agTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcaga > 1:532891‑M1/1‑45 (MQ=255) gTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagat > 1:2363159‑M1/1‑44 (MQ=255) tctcACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataa < 1:4589865‑M1/50‑8 (MQ=255) tctcACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataa > 2:4144274‑M1/1‑43 (MQ=255) tctcACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataa < 1:3751876‑M1/50‑8 (MQ=255) ctcACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataat > 1:3037084‑M1/1‑42 (MQ=255) aCCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattc > 1:126484‑M1/1‑39 (MQ=255) aCCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattc > 1:705567‑M1/1‑39 (MQ=255) aCCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataat < 2:2436730‑M1/47‑9 (MQ=255) aCCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATTTTGTCGATTg < 1:3234556/50‑1 (MQ=255) cctcctGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattca > 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tAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctg < 1:2860018‑M1/49‑23 (MQ=255) aGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgt > 2:4149458‑M1/1‑26 (MQ=255) gTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtga < 2:544127‑M1/50‑26 (MQ=255) gTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtg < 1:96526‑M1/49‑25 (MQ=255) gTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATTTTGTCGATTGTATCCCGACAAgg < 1:4965015/49‑1 (MQ=255) gTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATTTTGTCGATTGTATCCCGACAAGGa < 1:218850/50‑1 (MQ=255) tAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgat > 2:3666807‑M1/1‑24 (MQ=255) tAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgat > 2:2027410‑M1/1‑24 (MQ=255) tAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgat < 2:1019402‑M1/50‑27 (MQ=255) tAATCTCTTGATGCTAAGAACTATTTTGTCGATTGTATCCCGACAAGGaa < 2:1527127/50‑1 (MQ=255) aaTCTCTTGATGCTTAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgat > 2:2350955‑M1/1‑23 (MQ=255) aaTCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgat > 2:3058556‑M1/1‑23 (MQ=255) aaTCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgat > 1:2533825‑M1/1‑23 (MQ=255) aTCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatga < 2:2580271‑M1/50‑29 (MQ=255) aTCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatga < 1:5234839‑M1/50‑29 (MQ=255) aTCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatga > 2:5389106‑M1/1‑22 (MQ=255) aTCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatg < 2:21140‑M1/49‑28 (MQ=255) ctctTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatga > 2:3224815‑M1/1‑20 (MQ=255) ttGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatagg > 1:4298177‑M1/1‑17 (MQ=255) ttGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatag < 2:2932406‑M1/48‑32 (MQ=255) ttGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatag < 1:5047581‑M1/48‑32 (MQ=255) ttGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgata < 1:3742320‑M1/47‑31 (MQ=255) tGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaa > 1:648847‑M1/1‑16 (MQ=255) tGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaa > 1:2391778‑M1/1‑16 (MQ=255) tGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaa > 2:841363‑M1/1‑16 (MQ=255) gATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaat > 2:502845‑M1/1‑15 (MQ=255) gATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaat > 2:2390955‑M1/1‑15 (MQ=255) gATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaa < 2:4777941‑M1/49‑35 (MQ=255) gATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaa < 2:1010479‑M1/49‑35 (MQ=255) gATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatagga < 2:4005220‑M1/48‑34 (MQ=255) aTGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaatt < 2:1674236‑M1/50‑37 (MQ=255) aTGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaatt < 1:5394120‑M1/50‑37 (MQ=255) aTGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaat > 2:3076940‑M1/1‑14 (MQ=255) aTGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaat > 2:3580455‑M1/1‑14 (MQ=255) aTGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaat > 1:1164296‑M1/1‑14 (MQ=255) tGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaatta < 2:1810853‑M1/50‑38 (MQ=255) tGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaatta < 2:324524‑M1/50‑38 (MQ=255) tGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaatta > 2:1932175‑M1/1‑13 (MQ=255) cTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatg < 2:522884‑M1/50‑40 (MQ=255) cTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatg < 1:1637265‑M1/50‑40 (MQ=255) cTAAGAACTATTTTGTCGATTGTATCCCGACAAGGAACGGCAGAGAGaa > 1:3777739/1‑49 (MQ=255) tAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgt > 1:3789428‑M1/1‑10 (MQ=255) aaGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtt > 2:2558629‑M1/1‑9 (MQ=255) aaGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtt > 2:374301‑M1/1‑9 (MQ=255) aaGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtt > 2:4099791‑M1/1‑9 (MQ=255) aaGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtt > 1:79717‑M1/1‑9 (MQ=255) aaGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtt > 1:4787484‑M1/1‑9 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttt > 1:3907907‑M1/1‑8 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttt < 1:1489843‑M1/50‑43 (MQ=255) gAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtttt < 2:100318‑M1/50‑44 (MQ=255) aaCTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggcattatgttttt > 1:2137625‑M1/1‑6 (MQ=255) aaCTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttttt < 1:4513410‑M1/50‑45 (MQ=255) aCTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtttttt < 2:870503‑M1/50‑46 (MQ=255) aCTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtttttt < 2:4292542‑M1/50‑46 (MQ=255) aCTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttttt > 2:4334747‑M1/1‑5 (MQ=255) cTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtttttta < 1:957408‑M1/50‑47 (MQ=255) tATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttttttac > 2:3162726‑M1/1‑3 (MQ=255) aTcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttttttacg > 1:4622543‑M1/1‑2 (MQ=255) aTcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttttttacg > 2:2808378‑M1/1‑2 (MQ=255) tcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttttttacgt < 1:2618851‑M1/50‑50 (MQ=255) tcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttttttacgt < 1:3854339‑M1/50‑50 (MQ=255) tcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttttttacgt < 1:1865725‑M1/50‑50 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |