| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2286400 | 9 (0.080) | 139 (1.270) | 75/98 | 0.0 | 93.0% | pseudogene (2515/2525 nt) | yejO | adhesin‑like autotransporter YejO |
| ? | NC_000913 | 2290181 = | 12 (0.110) | intergenic (‑1/‑319) | yejO/narP | adhesin‑like autotransporter YejO/DNA‑binding transcriptional dual regulator NarP | |||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
GAACAGATATTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAACCAGATTGATGCATTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGTACAG > NC_000913/2290132‑2290229 | cagaccgtgacacatcccagcctgtttattttctgttatcacaacgtcct < 1:4647757‑M2/1‑1 (MQ=255)cagaccgtgacacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtcct > 2:3276451‑M2/50‑50 (MQ=255) agaccgtgacacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtcct > 2:540398‑M2/49‑49 (MQ=255) agaccgtgacacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTg < 1:2353932‑M2/2‑1 (MQ=255) agaccgtgacacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTg < 2:19765‑M2/2‑1 (MQ=255) gaccgtgacacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtcct > 1:4531700‑M2/48‑48 (MQ=255) gaccgtgacacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGa < 1:1007588‑M2/3‑1 (MQ=255) gaccgtgacacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGa < 1:4076580‑M2/3‑1 (MQ=255) accgtgacacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAg > 2:28618‑M2/47‑50 (MQ=255) ccgtgacacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGc > 2:4714843‑M2/46‑50 (MQ=255) aGATATTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAACCAGATTGATGCATTGAGc < 2:1557825/50‑1 (MQ=255) cgtgacacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCt < 1:3452513‑M2/6‑1 (MQ=255) gtgacacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCtt < 2:1589441‑M2/7‑1 (MQ=255) gtgacacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCtt > 2:3374504‑M2/44‑50 (MQ=255) gtgacacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCtt > 2:135239‑M2/44‑50 (MQ=255) tgacacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCttt > 1:2189757‑M2/43‑50 (MQ=255) tgacacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCttt < 2:3028582‑M2/8‑1 (MQ=255) tgacacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCttt < 1:3298370‑M2/8‑1 (MQ=255) tatTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAACCAGATTGATGCATTGAGCttt < 2:3797771/50‑1 (MQ=255) gacacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCttt > 1:4929926‑M2/42‑49 (MQ=255) acacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTc < 1:1049128‑M2/9‑1 (MQ=255) acacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTc < 1:2735274‑M2/9‑1 (MQ=255) acacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCa < 2:2706719‑M2/10‑1 (MQ=255) acacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCa < 1:213936‑M2/10‑1 (MQ=255) cacatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCAt > 1:3967‑M2/40‑50 (MQ=255) acatcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATc < 2:2531577‑M2/12‑1 (MQ=255) atcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCt < 1:5204006‑M2/14‑1 (MQ=255) tcacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTa < 2:1201067‑M2/15‑1 (MQ=255) cacagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTAt > 2:4132289‑M2/35‑50 (MQ=255) acagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTAt < 1:2823488‑M2/16‑1 (MQ=255) acagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTAt > 2:1758197‑M2/34‑49 (MQ=255) acagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTAt > 2:2852038‑M2/34‑49 (MQ=255) acagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTAt > 2:3860132‑M2/34‑49 (MQ=255) acagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATg < 1:1850986‑M2/17‑1 (MQ=255) cagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATg > 1:1185318‑M2/33‑49 (MQ=255) cagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGa < 1:3372287‑M2/18‑1 (MQ=255) cagcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGa < 2:4706536‑M2/18‑1 (MQ=255) agcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGa > 1:1387083‑M2/32‑49 (MQ=255) gcctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGaaa < 1:2477542‑M2/20‑1 (MQ=255) cctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAaat > 2:1795429‑M2/30‑50 (MQ=255) ctgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAaat > 1:1075646‑M2/29‑49 (MQ=255) tgtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAaatt > 2:1738432‑M2/28‑49 (MQ=255) gtttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAaattaa > 1:3742305‑M2/27‑50 (MQ=255) tttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAaattaa < 1:1564178‑M2/24‑1 (MQ=255) tttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAaattaa < 1:4896294‑M2/24‑1 (MQ=255) tttattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAaatta < 1:814900‑M2/23‑1 (MQ=255) agaAACAGAACCAGATTGATGCATTGAGCTTTCATCCTATGAaattaatt > 2:946651/1‑50 (MQ=255) agaAACAGAACCAGATTGATGCATTGAGCTTTCATCCTATGAaattaatt > 1:1436349/1‑50 (MQ=255) tattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAaattaatt < 1:2681790‑M2/26‑1 (MQ=255) tattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAaattaatt < 2:2368384‑M2/26‑1 (MQ=255) tattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAaattaatt < 1:379938‑M2/26‑1 (MQ=255) tattttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAaattaatt < 2:4465960‑M2/26‑1 (MQ=255) gaAACAGAACCAGATTGATGCATTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTg > 2:1233527/1‑50 (MQ=255) attttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTg < 1:2179934‑M2/27‑1 (MQ=255) attttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGc > 2:1845009‑M2/23‑50 (MQ=255) ttttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGc < 1:1570208‑M2/28‑1 (MQ=255) ttctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGt > 2:3386434‑M2/20‑50 (MQ=255) tctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGt < 2:4624578‑M2/31‑1 (MQ=255) tctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGt > 1:2368199‑M2/19‑49 (MQ=255) tctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGt > 2:4061525‑M2/19‑49 (MQ=255) gAACCAGATTGATGCATTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTa < 2:2321016/50‑1 (MQ=255) ctgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGtt < 2:4805549‑M2/32‑1 (MQ=255) tgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTa > 2:566567‑M2/17‑49 (MQ=255) tgttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTa > 2:3390420‑M2/17‑49 (MQ=255) gttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTaa > 1:1484954‑M2/16‑49 (MQ=255) gttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTaa > 1:900308‑M2/16‑49 (MQ=255) gttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTaa > 2:1947799‑M2/16‑49 (MQ=255) ttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTaa < 2:4164039‑M2/34‑1 (MQ=255) ttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTaa < 1:1654040‑M2/34‑1 (MQ=255) ttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTaa < 2:5325576‑M2/34‑1 (MQ=255) ttatcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTa < 2:336088‑M2/33‑1 (MQ=255) atcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAg < 1:3600808‑M2/37‑1 (MQ=255) atcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAg > 2:4309061‑M2/13‑49 (MQ=255) atcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAg < 1:4218989‑M2/37‑1 (MQ=255) aGATTGATGCATTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGc < 1:1654645/50‑1 (MQ=255) tcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGc < 1:1373976‑M2/38‑1 (MQ=255) tcagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCa < 2:1984136‑M2/39‑1 (MQ=255) cagaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCAt > 2:2189517‑M2/11‑50 (MQ=255) agaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCAtt > 2:277192‑M2/10‑50 (MQ=255) agaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCAtt < 1:963294‑M2/41‑1 (MQ=255) agaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCAtt > 1:4173593‑M2/10‑50 (MQ=255) agaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCAtt < 1:4116573‑M2/41‑1 (MQ=255) gaacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTg < 2:4959224‑M2/42‑1 (MQ=255) gATGCATTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTgg > 1:3032398/1‑50 (MQ=255) aacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTgg > 1:2544733‑M2/8‑50 (MQ=255) aacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTgg > 1:4422453‑M2/8‑50 (MQ=255) aacgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTgg > 1:709479‑M2/8‑50 (MQ=255) aTGCATTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTggg > 1:556897/1‑50 (MQ=255) cgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTggg > 1:4337901‑M2/6‑49 (MQ=255) cgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGt < 2:1398138‑M2/45‑1 (MQ=255) cgtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTT‑AAAGCATTGGGTa < 1:4002171‑M2/45‑1 (MQ=255) gtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGTa > 1:2786706‑M2/5‑50 (MQ=255) gtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGTa < 2:5104742‑M2/46‑1 (MQ=255) gtccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGTa > 1:51071‑M2/5‑50 (MQ=255) tccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGTAc < 1:3720836‑M2/47‑1 (MQ=255) tccTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGTAc < 1:2298036‑M2/47‑1 (MQ=255) aTTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGTACa < 2:1866642/50‑1 (MQ=255) cTGAGCTTTCATCCTATGCAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGTa > 2:230932‑M2/2‑47 (MQ=255) cTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGTACa < 2:4604737‑M2/48‑1 (MQ=255) tGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGTACAg > 1:340342/1‑49 (MQ=255) | GAACAGATATTGCGGAACGACAAAGAGAAACAGAACCAGATTGATGCATTGAGCTTTCATCCTATGAAATTAATTGCTGTTAAAAGCATTGGGTACAG > NC_000913/2290132‑2290229 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |