| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3184781 | 13 (0.120) | 164 (1.530) | 80/96 | 0.0 | 92.2% | intergenic (‑315/‑59) | ribB/ubiK | 3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase/ubiquinone biosynthesis accessory factor UbiK |
| ? | NC_000913 | 3191698 = | 15 (0.140) | intergenic (+2/+41) | yqiI/glgS | putative fimbrial protein YqiI/surface composition regulator | |||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
GAGGGACCGTTTAGTAAAGACGTAATCCTGAAAATCACCTATAACTAGTATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATCAGTGCTC > NC_000913/3191649‑3191747 | gctaatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttata > 2:2905018‑M2/50‑50 (MQ=255)gctaatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttata < 1:802877‑M2/1‑1 (MQ=255) ctaatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatat > 2:5292198‑M2/49‑50 (MQ=255) ctaatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatat < 1:4004373‑M2/2‑1 (MQ=255) ctaatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatat > 2:4939626‑M2/49‑50 (MQ=255) taatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATc > 2:4260459‑M2/48‑50 (MQ=255) ggACCGTTTAGTAAAGACGTAATCCTGAAAATCACCTATAACTAGTATCt < 1:3547836/50‑1 (MQ=255) atgattagcggcggcaacgcatagcttcacataattctggtttatATc < 1:412978‑M2/3‑1 (MQ=255) atgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCt < 2:198593‑M2/4‑1 (MQ=255) atgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTa < 1:4315678‑M2/5‑1 (MQ=255) gattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTaa > 2:3819812‑M2/44‑49 (MQ=255) attagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa < 2:582927‑M2/8‑1 (MQ=255) attagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa > 2:2854751‑M2/43‑50 (MQ=255) attagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa < 2:2386290‑M2/8‑1 (MQ=255) attagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa > 1:3707639‑M2/43‑50 (MQ=255) attagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa < 1:2877298‑M2/8‑1 (MQ=255) attagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa > 2:4989438‑M2/43‑50 (MQ=255) ttagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATAc < 1:75497‑M2/9‑1 (MQ=255) ttagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATAc < 1:4206439‑M2/9‑1 (MQ=255) gTTTAGTAAAGACGTAATCCTGAAAATCACCTATAACTAGTATCTAATa > 1:1699736/1‑49 (MQ=255) agcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACa > 1:2917622‑M2/40‑49 (MQ=255) agcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACa > 2:1707676‑M2/40‑49 (MQ=255) agcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACa > 2:3579408‑M2/40‑49 (MQ=255) tAGTAAAGACGTAATCCTGAAAATCACCTATAACTAGTATCTAATACaaa > 1:3932176/1‑50 (MQ=255) gcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACaaa < 1:1420297‑M2/12‑1 (MQ=255) gcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACaaa < 2:2186546‑M2/12‑1 (MQ=255) gcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACaaa < 2:1759922‑M2/12‑1 (MQ=255) gcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACaaa < 2:1453575‑M2/12‑1 (MQ=255) gcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACaa < 1:3330880‑M2/11‑1 (MQ=255) gcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACaa < 1:531367‑M2/11‑1 (MQ=255) gcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACaa < 2:4707347‑M2/11‑1 (MQ=255) cggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATacaagc < 2:4473057‑M2/13‑3 (MQ=255) ggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAaca > 2:3212943‑M2/37‑50 (MQ=255) ggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAaca > 1:2504123‑M2/37‑50 (MQ=255) ggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAaca < 1:5073824‑M2/14‑1 (MQ=255) cagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACt < 2:4534754‑M2/16‑1 (MQ=255) agcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACt > 1:2755474‑M2/34‑49 (MQ=255) agcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACt > 2:3301246‑M2/34‑49 (MQ=255) agcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTa < 1:4169305‑M2/17‑1 (MQ=255) gcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTaa < 1:3897075‑M2/18‑1 (MQ=255) gcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTaa < 1:3319162‑M2/18‑1 (MQ=255) caacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTaaa < 1:4926374‑M2/19‑1 (MQ=255) caacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTaaa < 1:4267931‑M2/19‑1 (MQ=255) aacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTaaaa > 1:4480613‑M2/31‑50 (MQ=255) aacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTaaaa > 1:4943388‑M2/31‑50 (MQ=255) aacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTaaaa > 1:1757455‑M2/31‑50 (MQ=255) acgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAAc < 2:5045981‑M2/21‑1 (MQ=255) acgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAAc < 1:1979347‑M2/21‑1 (MQ=255) cgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACg > 2:2039437‑M2/29‑50 (MQ=255) gcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACgg > 1:3491476‑M2/28‑50 (MQ=255) catagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACggg > 1:3482124‑M2/27‑50 (MQ=255) atagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGc > 2:2845211‑M2/26‑50 (MQ=255) atagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGc > 2:1153443‑M2/26‑50 (MQ=255) atagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGc > 1:1793637‑M2/26‑50 (MQ=255) atagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGc > 1:169065‑M2/26‑50 (MQ=255) aTCCTGAAAATCACCTATAACTAGTATCTAATACAAACACTAAAACggg < 2:2460877/49‑1 (MQ=255) tagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGc > 1:3091188‑M2/25‑49 (MQ=255) tCCTGAAAATCACCTATAACTAGTATCTAATACAAACACTAAAACGGGcc < 1:2679042/50‑1 (MQ=255) ccTGAAAATCACCTATAACTAGTATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCa > 1:3815209/1‑50 (MQ=255) agcttcacataattctggtttatATCTAATCCAAACACTAAAACGGGCCa > 2:4993001‑M2/24‑50 (MQ=255) agcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCa > 1:4364518‑M2/24‑50 (MQ=255) gcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCa < 1:681561‑M2/27‑1 (MQ=255) gcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCa < 2:1653749‑M2/27‑1 (MQ=255) gcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCa < 1:4762399‑M2/27‑1 (MQ=255) gcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCAt > 2:3255958‑M2/23‑50 (MQ=255) cttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCAt > 1:4191519‑M2/22‑49 (MQ=255) cttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATc < 1:2344394‑M2/29‑1 (MQ=255) ttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCAt > 1:2680849‑M2/21‑48 (MQ=255) tcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAg > 1:5286119‑M2/20‑50 (MQ=255) aaaaTCACCTATAACTAGTATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATc < 2:31124/48‑1 (MQ=255) aaaaTCACCTATAACTAGTATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATc < 2:3027297/48‑1 (MQ=255) cacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCa < 2:4792247‑M2/30‑1 (MQ=255) cacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCa < 1:1047312‑M2/30‑1 (MQ=255) cacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCa < 2:1103116‑M2/30‑1 (MQ=255) acataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGc > 2:2553836‑M2/18‑50 (MQ=255) acataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGc > 2:1929549‑M2/18‑50 (MQ=255) ataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGccc > 1:2634170‑M2/16‑50 (MQ=255) ataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGccc > 2:3899558‑M2/16‑50 (MQ=255) taattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCg < 2:1002885‑M2/36‑1 (MQ=255) taattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCg < 1:1293513‑M2/36‑1 (MQ=255) taattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCg < 1:5198035‑M2/36‑1 (MQ=255) attctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGt < 2:3692141‑M2/37‑1 (MQ=255) ttctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTta > 1:245553‑M2/12‑50 (MQ=255) tctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTta > 1:1269200‑M2/11‑49 (MQ=255) ctgttttatATCTAATACAAGCACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTtat < 2:796408‑M2/40‑1 (MQ=255) ctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTtat < 1:4627737‑M2/40‑1 (MQ=255) ctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTtat < 1:887245‑M2/40‑1 (MQ=255) gtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTtata < 2:3499490‑M2/41‑1 (MQ=255) gtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTatat > 1:5146065‑M2/7‑48 (MQ=255) gtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATc < 1:285479‑M2/43‑1 (MQ=255) gtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATc < 2:2941973‑M2/43‑1 (MQ=255) tttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATCAg < 2:1542474‑M2/45‑1 (MQ=255) ttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATCAGt > 2:4406687‑M2/5‑50 (MQ=255) tAGTATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATCAGt > 2:4873731/1‑50 (MQ=255) tatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATCAGt < 1:2857105‑M2/46‑1 (MQ=255) tatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATCAGTg > 1:1017242‑M2/4‑50 (MQ=255) atATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATCAGTGc > 2:3412557‑M2/3‑50 (MQ=255) tATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATCAGTGCt > 2:3827396‑M2/2‑50 (MQ=255) aTCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATCAGTGctc > 1:4694218/1‑50 (MQ=255) aTCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATCAGTGctc > 1:4331850/1‑50 (MQ=255) | GAGGGACCGTTTAGTAAAGACGTAATCCTGAAAATCACCTATAACTAGTATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATCAGTGCTC > NC_000913/3191649‑3191747 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |