Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
MC JC NC_000913 2,101,397 Δ36,321 bp [wbbL]–wza 34 genes

Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ NC_000913 2101397 2137717 36321 200 [0] [0] 200 [wbbL]–wza [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_000913 = 21013960 (0.000)193 (1.320) 78/96 0.0 100% pseudogene (349/349 nt) wbbL interrupted rhamnosyltransferase WbbL
?NC_000913 2137718 = 0 (0.000)intergenic (‑475/‑184) wza/yegH outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH

Only 100 of 200 total aligned reads displayed.

TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  NC_000913/2101347‑2101396
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT  >  NC_000913/2137718‑2137766
                                                                                                   
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT                                                   >  2:2449362/1‑50
 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG                                                  >  2:3347063/1‑50
  TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGT                                                 >  1:123333/1‑50
  TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG                                                  <  1:5044609/49‑1
   TAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC                                                >  1:1889412/1‑50
    AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC                                                <  2:2884121/49‑1
     AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC                                              >  2:4509464/1‑50
     AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT                                               <  2:1321456/49‑1
      AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCC                                             <  2:5161220/50‑1
      AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCC                                             <  1:4763256/50‑1
      AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC                                              >  1:1379242/1‑49
       GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA                                            >  2:4602451/1‑50
       GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA                                            <  1:2527159/50‑1
       GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA                                            <  1:3677286/50‑1
        TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA                                            >  2:3853139/1‑49
          TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA                                          <  1:776147/49‑1
          TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA                                          <  1:389249/49‑1
           AAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG                                        >  2:3427950/1‑50
            AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC                                       <  1:4245420/50‑1
            AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC                                       <  2:3280557/50‑1
            AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG                                        <  1:1802029/49‑1
            AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG                                        <  2:364078/49‑1
            AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG                                        <  2:2789566/49‑1
             ATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCG                                      <  2:4204531/50‑1
             ATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC                                       >  2:4813698/1‑49
              TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA                                     <  1:5118176/50‑1
              TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA                                     >  2:3237344/1‑50
              TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA                                     <  1:2987992/50‑1
              TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA                                     >  2:5381445/1‑50
              TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA                                     >  1:1499808/1‑50
               AGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA                                     >  1:1066487/1‑49
                GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA                                   >  1:4505564/1‑50
                GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA                                   <  1:294170/50‑1
                GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT                                    <  2:42474/49‑1
                GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCGCCACATGCGATA                                   <  2:2256157/50‑1
                 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT                                  >  1:3412314/1‑50
                 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT                                  >  1:1316106/1‑50
                 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT                                  >  1:280342/1‑50
                 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT                                  <  1:4918319/50‑1
                  TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT                                 >  2:1542145/1‑50
                  TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT                                 >  1:255010/1‑50
                  TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT                                 >  2:862367/1‑50
                   TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT                                >  1:5429911/1‑50
                   TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT                                >  1:700792/1‑50
                   TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT                                >  1:4844882/1‑50
                    ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC                               >  2:3690092/1‑50
                    ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC                               >  1:4080142/1‑50
                    ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC                               >  2:488220/1‑50
                    ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC                               >  1:949518/1‑50
                    ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT                                <  1:1660002/49‑1
                    ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT                                <  2:3057767/49‑1
                    ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT                                <  1:1579611/49‑1
                    ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT                                <  2:1965407/49‑1
                    ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT                                 <  1:520632/48‑1
                     TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC                               <  2:5305252/49‑1
                     TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC                               <  2:2647551/49‑1
                       CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA                            <  2:4640822/50‑1
                       CATGCTTATATGCTTACAGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT                             <  1:1452422/49‑1
                        ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAA                           <  1:234335/50‑1
                         TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA                          >  2:118890/1‑50
                           CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATA                        <  1:4800492/50‑1
                           CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATA                        <  1:183991/50‑1
                           CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATA                        <  1:5588661/50‑1
                           CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT                         >  2:4656547/1‑49
                             TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT                      >  1:4325981/1‑50
                             TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT                      >  2:3937452/1‑50
                              ATATGCTTACTGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT                      <  2:4931294/49‑1
                              ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG                     >  2:1483028/1‑50
                              ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT                      <  2:2578094/49‑1
                              ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT                      <  2:664792/49‑1
                              ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT                      <  2:5277451/49‑1
                              ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA                       <  2:2428351/48‑1
                               TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT                    >  1:5153847/1‑50
                               TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG                     <  1:3638990/49‑1
                               TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG                     <  1:5385533/49‑1
                                ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT                   >  1:691697/1‑50
                                ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT                   >  1:2090858/1‑50
                                ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT                   >  1:2276531/1‑50
                                 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT                   <  1:1199149/49‑1
                                 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT                   <  1:2663301/49‑1
                                 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT                   <  2:1449165/49‑1
                                   CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTA                <  2:219156/50‑1
                                   CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT                 <  2:1069084/49‑1
                                   CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT                 <  1:316862/49‑1
                                   CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT                 <  1:3523152/49‑1
                                     TACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT               >  2:2970500/1‑49
                                     TACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT               >  2:475354/1‑49
                                      ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATT              <  1:4609367/49‑1
                                      ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT               <  1:4045890/48‑1
                                        GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT            >  2:4126665/1‑49
                                         GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA          <  2:566460/50‑1
                                          CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC         <  1:174606/50‑1
                                             TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTCCCA       <  2:5045521/49‑1
                                             TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA       <  2:3358173/49‑1
                                             TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA       <  1:239312/49‑1
                                              ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC      <  2:2039060/49‑1
                                              ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC      <  1:1282523/49‑1
                                               TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTg    <  1:2846928/50‑2
                                               TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT    <  2:2152332/50‑1
                                                ATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT   >  1:5012209/1‑50
                                                                                                   
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  NC_000913/2101347‑2101396
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT  >  NC_000913/2137718‑2137766

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.