| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 200 [0] | [0] 200 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 193 (1.320) | 78/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
TCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137669‑2137766 | attaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatg > 2:3347063‑M2/50‑50 (MQ=255) ttaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatg < 1:5035588‑M2/1‑1 (MQ=255) ttaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGt > 1:123333‑M2/49‑50 (MQ=255) taaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtc > 1:4187226‑M2/48‑50 (MQ=255) taaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtc > 1:1889412‑M2/48‑50 (MQ=255) aaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtc < 2:2884121‑M2/3‑1 (MQ=255) aagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc > 2:1291947‑M2/46‑50 (MQ=255) aagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc > 2:4509464‑M2/46‑50 (MQ=255) aagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc > 2:1529878‑M2/46‑50 (MQ=255) agtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc > 1:1379242‑M2/45‑49 (MQ=255) agtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc > 2:4026130‑M2/45‑49 (MQ=255) agtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTcc < 2:5161220‑M2/6‑1 (MQ=255) gtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCca < 1:3677286‑M2/7‑1 (MQ=255) gtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCca > 2:4602451‑M2/44‑50 (MQ=255) gtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCca < 1:2527159‑M2/7‑1 (MQ=255) tataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcac < 2:1126735‑M2/8‑1 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcaca < 1:2887735‑M2/9‑1 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACAt < 1:5112820‑M2/10‑1 (MQ=255) aaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg > 2:3427950‑M2/40‑50 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg < 2:364078‑M2/11‑1 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg < 2:2789566‑M2/11‑1 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg < 2:2177411‑M2/11‑1 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg < 1:1802029‑M2/11‑1 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGc < 2:3280557‑M2/12‑1 (MQ=255) atagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGc > 2:4813698‑M2/38‑49 (MQ=255) atagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCg < 2:4204531‑M2/13‑1 (MQ=255) atagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCg < 1:3578733‑M2/13‑1 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 2:5381445‑M2/37‑50 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 2:1420392‑M2/37‑50 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:1499808‑M2/37‑50 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 2:3237344‑M2/37‑50 (MQ=255) agcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:1066487‑M2/36‑49 (MQ=255) gcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGat < 1:2763076‑M2/15‑1 (MQ=255) gcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGat < 2:42474‑M2/15‑1 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat < 2:1665736‑M2/17‑1 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat < 1:4048264‑M2/17‑1 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat > 1:1316106‑M2/34‑50 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat < 2:2015874‑M2/17‑1 (MQ=255) ttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAtt > 2:862367‑M2/33‑50 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt < 1:1660002‑M2/19‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt < 2:3057767‑M2/19‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt < 1:1579611‑M2/19‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAtt < 2:2226858‑M2/18‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTc > 2:3690092‑M2/31‑50 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTc > 2:488220‑M2/31‑50 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTc > 1:3937909‑M2/31‑50 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTc > 1:2637451‑M2/31‑50 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTc < 2:2647551‑M2/20‑1 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTc < 2:5305252‑M2/20‑1 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTa < 2:4640822‑M2/23‑1 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTa < 1:2944879‑M2/23‑1 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTa < 2:3786793‑M2/23‑1 (MQ=255) catgcttatatgcttacagctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCtt < 1:1452422‑M2/22‑1 (MQ=255) atgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaa < 1:234335‑M2/24‑1 (MQ=255) atgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaa < 1:3707545‑M2/24‑1 (MQ=255) atgcttatatgcttacggctttatatGTATCCACATGCGATATTTCTTa > 1:4902100‑M2/27‑49 (MQ=255) gcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa > 1:4276630‑M2/25‑49 (MQ=255) cttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaata < 1:3003238‑M2/27‑1 (MQ=255) cttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaata < 1:183991‑M2/27‑1 (MQ=255) cttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaat < 1:5184400‑M2/26‑1 (MQ=255) cttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaat > 2:4656547‑M2/24‑49 (MQ=255) ttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa > 1:699110‑M2/23‑50 (MQ=255) ttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa > 1:3466956‑M2/23‑50 (MQ=255) atatgcttactgctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataat < 2:4931294‑M2/29‑1 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataat < 2:5277451‑M2/29‑1 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataat < 2:664792‑M2/29‑1 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataat < 2:2578094‑M2/29‑1 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATg > 2:1483028‑M2/21‑50 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGt > 2:1007053‑M2/20‑50 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGt < 1:90929‑M2/31‑1 (MQ=255) atgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtt > 1:2090858‑M2/19‑50 (MQ=255) atgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtt > 1:2276531‑M2/19‑50 (MQ=255) tgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtt < 1:1199149‑M2/32‑1 (MQ=255) cttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtttt < 1:687349‑M2/34‑1 (MQ=255) tacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttat > 2:2970500‑M2/14‑49 (MQ=255) tacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttat > 2:475354‑M2/14‑49 (MQ=255) tacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttat > 1:512927‑M2/14‑49 (MQ=255) acggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatta > 1:5575374‑M2/13‑50 (MQ=255) acggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatt < 1:4770597‑M2/37‑1 (MQ=255) acggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatt < 1:5427115‑M2/37‑1 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat < 2:2442705‑M2/39‑1 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat < 1:2830111‑M2/39‑1 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatta < 1:5242759‑M2/38‑1 (MQ=255) ggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattatt < 2:3936924‑M2/40‑1 (MQ=255) ggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattatt < 1:4425669‑M2/40‑1 (MQ=255) ggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat > 2:4126665‑M2/11‑49 (MQ=255) gctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattatta < 2:566460‑M2/41‑1 (MQ=255) gctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattatta < 1:4524027‑M2/41‑1 (MQ=255) ctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAc < 1:174606‑M2/42‑1 (MQ=255) tatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTCCCa < 2:5045521‑M2/44‑1 (MQ=255) tatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCa < 1:239312‑M2/44‑1 (MQ=255) tatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCa < 2:3358173‑M2/44‑1 (MQ=255) atatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAc < 1:1282523‑M2/45‑1 (MQ=255) atatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAc < 1:4629719‑M2/45‑1 (MQ=255) atatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAc < 2:2126468‑M2/45‑1 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACtt > 1:3384048‑M2/4‑50 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACtt < 1:4946088‑M2/47‑1 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACt < 1:4839263‑M2/46‑1 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACt < 1:739653‑M2/46‑1 (MQ=255) tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt < 2:2386315‑M2/48‑1 (MQ=255) | TCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137669‑2137766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |