| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 389,898 | Δ9,908 bp | yaiT–[yaiZ] | yaiT, insF‑2, insE‑2, yaiT, iprA, ampH, sbmA, yaiW, yaiY, [yaiZ] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 389898 | 399805 | 9908 | 203 [0] | [0] 207 | yaiT–[yaiZ] | yaiT,insF‑2,insE‑2,yaiT,iprA,ampH,sbmA,yaiW,yaiY,[yaiZ] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 389897 | 0 (0.000) | 195 (1.310) | 82/98 | 0.0 | 100% | intergenic (‑170/‑354) | hemB/yaiT | porphobilinogen synthase/putative autotransporter YaiT |
| ? | NC_000913 | 399806 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/+23) | yaiZ/ddlA | DUF2754 domain‑containing protein YaiZ/D‑alanine‑‑D‑alanine ligase A | |||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
GGGTTGATTATTCGTCGTCGCGATGAAGAAACTGAAAACGCCCAATAAGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATGCGTTATC > NC_000913/399758‑399855 | aatagaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttg > 2:2356172‑M2/49‑49 (MQ=255) atagaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGaa > 1:4911505‑M2/48‑50 (MQ=255) atagaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGaa > 1:110113‑M2/48‑50 (MQ=255) atagaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGaa > 2:4575433‑M2/48‑50 (MQ=255) atagaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGa < 2:2921012‑M2/2‑1 (MQ=255) tagaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGaa > 2:5638806‑M2/47‑49 (MQ=255) tagaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAat < 2:5623249‑M2/4‑1 (MQ=255) tagaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAat < 1:3792604‑M2/4‑1 (MQ=255) tagaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAat < 1:3066757‑M2/4‑1 (MQ=255) tagaaacagcaataatattatattcactgaaaatatttttaatcttGAat < 1:678501‑M2/4‑1 (MQ=255) agaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAata > 1:1242210‑M2/46‑50 (MQ=255) gaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAatat > 1:565627‑M2/45‑50 (MQ=255) aaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAatat > 2:1341322‑M2/44‑49 (MQ=255) aaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAatat > 2:1656461‑M2/44‑49 (MQ=255) aaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAatat > 1:2545793‑M2/44‑49 (MQ=255) aaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAAtatt < 2:199005‑M2/7‑1 (MQ=255) aacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAAtatta > 2:4125582‑M2/43‑50 (MQ=255) aacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAAtatta < 2:1622777‑M2/8‑1 (MQ=255) aacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAAtatta < 2:5430043‑M2/8‑1 (MQ=255) aacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAAtatta > 1:3690908‑M2/43‑50 (MQ=255) acagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAAtattat < 2:3663865‑M2/9‑1 (MQ=255) acagcaataatgttatattcactgaaaatatttttaatcttGAAtattat < 2:2315867‑M2/9‑1 (MQ=255) agcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCg > 1:4462410‑M2/40‑50 (MQ=255) agcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCg > 1:4033588‑M2/40‑50 (MQ=255) agcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCg > 1:3897508‑M2/40‑50 (MQ=255) gcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCgg > 2:3616516‑M2/39‑50 (MQ=255) caataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCggg > 1:2763360‑M2/38‑50 (MQ=255) caataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCggg < 1:4241678‑M2/13‑1 (MQ=255) caataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCggg > 1:4081895‑M2/38‑50 (MQ=255) aataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGc > 1:2207858‑M2/37‑50 (MQ=255) aataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGc > 2:2178911‑M2/37‑50 (MQ=255) aataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGc > 2:4486584‑M2/37‑50 (MQ=255) ataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGATTATTATCGGGCg > 1:5339198‑M2/36‑50 (MQ=255) ataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCg > 2:192158‑M2/36‑50 (MQ=255) ataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCg > 1:2124459‑M2/36‑50 (MQ=255) 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tatattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTaaaa > 1:2355659‑M2/29‑49 (MQ=255) tatattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTaaaa > 1:550276‑M2/29‑49 (MQ=255) tattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAatat > 1:2934217‑M2/27‑50 (MQ=255) tattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAatat > 2:784717‑M2/27‑50 (MQ=255) tattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAatat < 1:330006‑M2/24‑1 (MQ=255) tattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAata < 1:1416554‑M2/23‑1 (MQ=255) cactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTAc < 1:2656536‑M2/27‑1 (MQ=255) cactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACa > 2:286163‑M2/23‑50 (MQ=255) cactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACa > 1:3199054‑M2/23‑50 (MQ=255) actgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACa < 1:3424309‑M2/28‑1 (MQ=255) actgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACa < 1:726766‑M2/28‑1 (MQ=255) actgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACAt < 1:4780334‑M2/29‑1 (MQ=255) ctgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACAtt > 2:5305582‑M2/21‑50 (MQ=255) tgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATtg > 1:169152‑M2/20‑50 (MQ=255) gaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATtgt > 2:4314350‑M2/19‑50 (MQ=255) aaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATtgtg > 2:3982677‑M2/18‑50 (MQ=255) aaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATtgtg < 1:5152154‑M2/33‑1 (MQ=255) aaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATtgtg < 1:4783573‑M2/33‑1 (MQ=255) aaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATtgtg < 2:1126337‑M2/33‑1 (MQ=255) aaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATtgt < 2:3336606‑M2/32‑1 (MQ=255) aaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATtg < 1:4235760‑M2/31‑1 (MQ=255) aaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTgg > 1:2880420‑M2/17‑50 (MQ=255) aatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGt < 2:5668568‑M2/35‑1 (MQ=255) aatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGt < 2:1786174‑M2/35‑1 (MQ=255) aatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGt < 1:4974207‑M2/35‑1 (MQ=255) aatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGt > 1:2701469‑M2/16‑50 (MQ=255) aatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGt < 1:1277111‑M2/35‑1 (MQ=255) atatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGtt > 1:926689‑M2/15‑50 (MQ=255) atatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGtt < 2:1413560‑M2/36‑1 (MQ=255) tttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGtttt < 2:881629‑M2/38‑1 (MQ=255) tttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCaa > 1:2061324‑M2/10‑50 (MQ=255) ttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCaa < 1:2457367‑M2/41‑1 (MQ=255) taatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATg > 2:2535742‑M2/8‑50 (MQ=255) taatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATg > 1:2955030‑M2/8‑50 (MQ=255) taatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATg > 1:4332812‑M2/8‑50 (MQ=255) taatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATg > 2:4839861‑M2/8‑50 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |