| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 30 [0] | [0] 31 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1997111 | 0 (0.000) | 30 (1.000) | 20/98 | 0.2 | 100% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
| ? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA | |||||
TATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGGTCGGCAAATAACGCTTTTGCGGCCCCCTGCTCGACTATCCGCCCC > NC_000913/1997063‑1997158 | tATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGt > 1:1384124‑M1/1‑49 (MQ=255) ttGCAGCAGGAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttc < 1:850977‑M1/50‑4 (MQ=255) agAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGgttcgtaacg > 1:1993315‑M1/1‑40 (MQ=255) aaCTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacggt > 1:945693‑M1/1‑37 (MQ=255) ttCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgttttt > 1:579251‑M1/1‑34 (MQ=255) gAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgtt < 1:1689367‑M1/50‑22 (MQ=255) gAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcat < 1:931268‑M1/47‑19 (MQ=255) aGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgtta < 1:117881‑M1/50‑23 (MQ=255) aGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgtta < 1:1327553‑M1/50‑23 (MQ=255) aGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGgttcgtaacgtttatcatgtta > 1:221337‑M1/1‑28 (MQ=255) tGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcct > 1:1362130‑M1/1‑22 (MQ=255) ggCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaag > 1:807753‑M1/1‑21 (MQ=255) gCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaagg < 1:1548501‑M1/50‑31 (MQ=255) gCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaagg < 1:493083‑M1/50‑31 (MQ=255) gCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaa < 1:1117424‑M1/48‑29 (MQ=255) gCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatattatcctaagg < 1:1055235‑M1/50‑31 (MQ=255) cGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaagga < 1:699333‑M1/50‑32 (MQ=255) gggTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggat > 1:223279‑M1/1‑18 (MQ=255) ggTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatt < 1:1820654‑M1/50‑34 (MQ=255) ggTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatt < 1:1714846‑M1/50‑34 (MQ=255) ggTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatt < 1:127227‑M1/50‑34 (MQ=255) ggTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatt < 1:1212585‑M1/50‑34 (MQ=255) ggTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatt < 1:1085673‑M1/50‑34 (MQ=255) gCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatc > 1:2114887‑M1/1‑14 (MQ=255) cGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatcc < 1:1956780‑M1/50‑38 (MQ=255) ggCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccga > 1:2103046‑M1/1‑10 (MQ=255) gctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaa < 1:1590382‑M1/50‑42 (MQ=255) ggttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataat < 1:1880255‑M1/49‑48 (MQ=255) ggttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataa < 1:1299560‑M1/48‑47 (MQ=255) ggttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataa < 1:11401‑M1/48‑47 (MQ=255) | TATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGGTCGGCAAATAACGCTTTTGCGGCCCCCTGCTCGACTATCCGCCCC > NC_000913/1997063‑1997158 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |