Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 1,299,499 | Δ1,199 bp | insH21 | insH21 |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 1299499 | 1300697 | 1199 | 37 [0] | [0] 37 | insH21 | insH21 |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 36 (1.290) | 28/90 | 0.0 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
TTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAG > NC_000913/1299450‑1299547 | ttGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAa < 1:434829‑M1/50‑2 (MQ=255) gAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAat > 1:1022069‑M1/1‑47 (MQ=255) gAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAat < 1:196425‑M1/49‑3 (MQ=255) aaaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataa < 1:2361554‑M1/50‑5 (MQ=255) aaaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataa < 1:1414879‑M1/50‑5 (MQ=255) aaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataat < 1:2660278‑M1/50‑6 (MQ=255) atatTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatc < 1:1696639‑M1/50‑10 (MQ=255) atatTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataat > 1:1549927‑M1/1‑41 (MQ=255) tattatTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatca < 1:188579‑M1/50‑11 (MQ=255) tattatTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatca < 1:997714‑M1/50‑11 (MQ=255) attaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaatt < 1:866697‑M1/49‑14 (MQ=255) actaatTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaatt < 1:48171‑M1/47‑14 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgt > 1:2346033‑M1/1‑34 (MQ=255) aTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaa < 1:1254552‑M1/50‑19 (MQ=255) ttCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaa > 1:168475‑M1/1‑31 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat < 1:391537‑M1/49‑21 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat < 1:1209869‑M1/49‑21 (MQ=255) cACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaatta < 1:620263‑M1/50‑23 (MQ=255) cACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaatta > 1:846138‑M1/1‑28 (MQ=255) cACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaatt < 1:1650812‑M1/49‑22 (MQ=255) cACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaatt < 1:1817110‑M1/49‑22 (MQ=255) tGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattg > 1:23040‑M1/1‑25 (MQ=255) gCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgt > 1:2451620‑M1/1‑24 (MQ=255) ccTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgt < 1:2666009‑M1/49‑27 (MQ=255) ccTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattg < 1:2556400‑M1/48‑26 (MQ=255) tGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgca < 1:1364572‑M1/48‑30 (MQ=255) tGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgca < 1:1107946‑M1/48‑30 (MQ=255) ggTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:500161‑M1/49‑32 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc < 1:2356766‑M1/50‑34 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc < 1:164815‑M1/50‑34 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcattt < 1:2429672‑M1/49‑33 (MQ=255) gAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact > 1:589411‑M1/1‑11 (MQ=255) gAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact > 1:131951‑M1/1‑11 (MQ=255) aaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactg > 1:1947613‑M1/1‑9 (MQ=255) aGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcattccactactgg > 1:1876826‑M1/1‑8 (MQ=255) tGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaac < 1:1934427‑M1/50‑45 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaa > 1:733270‑M1/1‑1 (MQ=255) | TTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAG > NC_000913/1299450‑1299547 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |