BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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MC JC	NC_000913	1,299,499	Δ1,199 bp		insH21	insH21

Missing coverage evidence...
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*	*	÷	NC_000913	1299499	1300697	1199	37 [0]	[0] 37	insH21	insH21

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	NC_000913	= 1299498	0 (0.000)	36 (1.290)	28/90	0.0	100%	intergenic (+253/‑33)	ychE/insH21	putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator
*	?	NC_000913	1300698 =	0 (0.000)	36 (1.290)	28/90	0.0	100%	intergenic (+151/‑484)	insH21/oppA	IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein

GACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAA  >  NC_000913/1300649‑1300746

ttgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaa                                                  <  1:434829‑M2/1‑1 (MQ=255)

  gaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat                                                 >  1:1022069‑M2/48‑49 (MQ=255)

  gaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat                                                 <  1:196425‑M2/2‑1 (MQ=255)

   aaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa                                               <  1:2361554‑M2/4‑1 (MQ=255)

   aaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa                                               <  1:1414879‑M2/4‑1 (MQ=255)

    aatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataat                                              <  1:2660278‑M2/5‑1 (MQ=255)

        atattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataat                                           >  1:1549927‑M2/42‑49 (MQ=255)

        atattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATc                                          <  1:1696639‑M2/9‑1 (MQ=255)

         tattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCa                                         <  1:188579‑M2/10‑1 (MQ=255)

         tattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCa                                         <  1:997714‑M2/10‑1 (MQ=255)

             attaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAtt                                      <  1:866697‑M2/13‑1 (MQ=255)

             actaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAtt                                      <  1:48171‑M2/13‑1 (MQ=255)

               taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt                                    >  1:2346033‑M2/35‑49 (MQ=255)

                 attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaa                                 <  1:1254552‑M2/18‑1 (MQ=255)

                  ttccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaaa                                >  1:168475‑M2/32‑50 (MQ=255)

                    ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAat                               <  1:391537‑M2/20‑1 (MQ=255)

                    ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAat                               <  1:1209869‑M2/20‑1 (MQ=255)

                     cactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatta                             <  1:620263‑M2/22‑1 (MQ=255)

                     cactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatta                             >  1:846138‑M2/29‑50 (MQ=255)

                     cactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatt                              <  1:1650812‑M2/21‑1 (MQ=255)

                     cactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatt                              <  1:1817110‑M2/21‑1 (MQ=255)

                        tgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtg                          >  1:23040‑M2/26‑50 (MQ=255)

                         gcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt                         >  1:2451620‑M2/25‑50 (MQ=255)

                          cctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt                         <  1:2666009‑M2/26‑1 (MQ=255)

                          cctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtg                          <  1:2556400‑M2/25‑1 (MQ=255)

                              tggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCa                      <  1:1364572‑M2/29‑1 (MQ=255)

                              tggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCa                      <  1:1107946‑M2/29‑1 (MQ=255)

                               ggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt                    <  1:500161‑M2/31‑1 (MQ=255)

                                gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAttt                   <  1:2429672‑M2/32‑1 (MQ=255)

                                gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc                  <  1:2356766‑M2/33‑1 (MQ=255)

                                gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc                  <  1:164815‑M2/33‑1 (MQ=255)

                                      gaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact            >  1:589411‑M2/12‑50 (MQ=255)

                                      gaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact            >  1:131951‑M2/12‑50 (MQ=255)

                                        aagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTg           >  1:1947613‑M2/10‑49 (MQ=255)

                                         agtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTCCACTACTgg          >  1:1876826‑M2/9‑49 (MQ=255)

                                           tgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAAc       <  1:1934427‑M2/44‑1 (MQ=255)

                                                aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTaa  >  1:733270‑M2/2‑50 (MQ=255)

GACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAA  >  NC_000913/1300649‑1300746

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 33 ≤` `ATCG/ATCG` `< 34 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 39 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`