| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,388,889 | Δ9,734 bp | ycjG–[uspE] | ycjG, mpaA, ymjC, ymjD, ycjY, pgrR, mppA, ynaI, insH‑4, ynaJ, [uspE] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1388889 | 1398622 | 9734 | 89 [0] | [0] 90 | ycjG–[uspE] | ycjG,mpaA,ymjC,ymjD,ycjY,pgrR,mppA,ynaI,insH‑4,ynaJ,[uspE] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1388888 | 0 (0.000) | 88 (0.830) | 59/96 | 0.0 | 100% | intergenic (‑77/‑42) | tpx/ycjG | lipid hydroperoxide peroxidase/L‑Ala‑D/L‑Glu epimerase |
| ? | NC_000913 | 1398623 = | 0 (0.000) | intergenic (‑1/+151) | uspE/fnr | universal stress protein with a role cellular motility/DNA‑binding transcriptional dual regulator FNR | |||||
TCCTGGTTAGGATCGATAACAACGAGCATGTTCTGATACATAGCCATACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGATT > NC_000913/1398576‑1398671 | gtcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACa < 1:7238088‑M2/3‑1 (MQ=255) tcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAg < 1:5229863‑M2/4‑1 (MQ=255) tcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAg > 1:5547864‑M2/47‑50 (MQ=255) tcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAg > 1:407868‑M2/47‑50 (MQ=255) tcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAg > 1:3459559‑M2/47‑50 (MQ=255) tcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAg > 1:635846‑M2/47‑50 (MQ=255) tcacacctagtttatgctaactgtcaataacacaacaaacgctattACAg > 1:3006651‑M2/47‑50 (MQ=255) cacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAgg > 1:4566804‑M2/46‑50 (MQ=255) acacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAgg < 1:6041413‑M2/5‑1 (MQ=255) cacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGt < 1:1898238‑M2/7‑1 (MQ=255) cacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGt > 1:7360174‑M2/44‑50 (MQ=255) acctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctgttACAGGGtc > 1:5030622‑M2/43‑50 (MQ=255) acctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtc > 1:494241‑M2/43‑50 (MQ=255) cctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtct < 1:902392‑M2/9‑1 (MQ=255) cctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtct > 1:2148999‑M2/42‑50 (MQ=255) ctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtctc < 1:7922238‑M2/10‑1 (MQ=255) ctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtctc < 1:7057329‑M2/10‑1 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCtt < 1:477028‑M2/13‑1 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCtt < 1:7881385‑M2/13‑1 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt > 1:6905948‑M2/38‑49 (MQ=255) tttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTa < 1:4356540‑M2/14‑1 (MQ=255) ttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTa > 1:850839‑M2/36‑49 (MQ=255) ttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTa > 1:7252894‑M2/36‑49 (MQ=255) tatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTac < 1:4045599‑M2/15‑1 (MQ=255) atgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTaca < 1:4217474‑M2/16‑1 (MQ=255) tgctaactgtcaataacacagcaaacgctattGCAGGGTCTCCTTacaac < 1:4607579‑M2/18‑1 (MQ=255) tgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaac < 1:4217022‑M2/18‑1 (MQ=255) tgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaa > 1:4744151‑M2/33‑49 (MQ=255) tgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaa > 1:3927544‑M2/33‑49 (MQ=255) tgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaa > 1:198114‑M2/33‑49 (MQ=255) tgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaa < 1:4787565‑M2/17‑1 (MQ=255) gctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaac > 1:6279694‑M2/32‑49 (MQ=255) ctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaaca < 1:6733153‑M2/19‑1 (MQ=255) taactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACaacaac > 1:4714575‑M2/30‑50 (MQ=255) taactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACaacaac > 1:888498‑M2/30‑50 (MQ=255) aactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACt > 1:1529282‑M2/29‑50 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACaacaac < 1:714462‑M2/21‑1 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTg > 1:7218722‑M2/28‑50 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTg > 1:1545479‑M2/28‑50 (MQ=255) tgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGt > 1:993118‑M2/26‑49 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTc < 1:4995818‑M2/25‑1 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCaa > 1:5971853‑M2/24‑50 (MQ=255) caataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAAc > 1:1556153‑M2/23‑50 (MQ=255) caataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAAc > 1:3937553‑M2/23‑50 (MQ=255) aataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAAc < 1:7729798‑M2/28‑1 (MQ=255) aataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAAc < 1:2502666‑M2/28‑1 (MQ=255) ataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACg > 1:2167328‑M2/21‑49 (MQ=255) taacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACg > 1:3780063‑M2/20‑48 (MQ=255) taacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCa < 1:7876469‑M2/31‑1 (MQ=255) taacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCa < 1:2128579‑M2/31‑1 (MQ=255) aacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAg > 1:4928314‑M2/19‑50 (MQ=255) aacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAg > 1:4801142‑M2/19‑50 (MQ=255) acacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAg < 1:2798585‑M2/32‑1 (MQ=255) acacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAg < 1:2916425‑M2/32‑1 (MQ=255) acacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGt < 1:7866846‑M2/33‑1 (MQ=255) acacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGt < 1:7118789‑M2/33‑1 (MQ=255) acacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGt > 1:4551338‑M2/18‑50 (MQ=255) cacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGtt > 1:1186339‑M2/17‑50 (MQ=255) cacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGtt < 1:3066625‑M2/34‑1 (MQ=255) cacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGtt > 1:5398928‑M2/17‑50 (MQ=255) cacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGtt > 1:3373941‑M2/17‑50 (MQ=255) acagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGttt < 1:5221861‑M2/35‑1 (MQ=255) acagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGttt < 1:5312586‑M2/35‑1 (MQ=255) acagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGttt > 1:6596387‑M2/16‑50 (MQ=255) cagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTg > 1:5746893‑M2/15‑50 (MQ=255) cagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTg < 1:1277836‑M2/36‑1 (MQ=255) cagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTg < 1:4327596‑M2/36‑1 (MQ=255) cagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGAAGTTTg < 1:5642305‑M2/36‑1 (MQ=255) agcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTg > 1:7552552‑M2/14‑49 (MQ=255) agcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGt < 1:672417‑M2/37‑1 (MQ=255) gcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGt > 1:4391629‑M2/13‑49 (MQ=255) gcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGt > 1:1263169‑M2/13‑49 (MQ=255) gcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTa < 1:5737898‑M2/38‑1 (MQ=255) caaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTaa > 1:7767615‑M2/12‑50 (MQ=255) aaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAt < 1:5262125‑M2/40‑1 (MQ=255) aacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAtt < 1:5769451‑M2/41‑1 (MQ=255) aacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAt > 1:3110116‑M2/10‑49 (MQ=255) acgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTa < 1:4798783‑M2/42‑1 (MQ=255) acgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTa < 1:3009327‑M2/42‑1 (MQ=255) acgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTa < 1:5310461‑M2/42‑1 (MQ=255) cgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaa < 1:5205837‑M2/43‑1 (MQ=255) gctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaaa < 1:6641143‑M2/44‑1 (MQ=255) gctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaaa < 1:3264606‑M2/44‑1 (MQ=255) gctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaa > 1:7557237‑M2/7‑49 (MQ=255) ttACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAg < 1:6306915‑M2/46‑1 (MQ=255) ttACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGa < 1:6738689‑M2/47‑1 (MQ=255) ttACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAt < 1:1613339‑M2/48‑1 (MQ=255) ttACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAt < 1:798987‑M2/48‑1 (MQ=255) tACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAt > 1:1324997‑M2/2‑49 (MQ=255) aCAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAtt < 1:488590/49‑1 (MQ=255) | TCCTGGTTAGGATCGATAACAACGAGCATGTTCTGATACATAGCCATACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGATT > NC_000913/1398576‑1398671 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |