| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 71 [0] | [0] 70 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1997111 | 0 (0.000) | 70 (0.640) | 50/98 | 0.1 | 100% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
| ? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA | |||||
ATTTTTAATTTGCTGGCTGATATTATTAGTGAATTGCCATTAATATAATTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC > NC_000913/2023631‑2023727 | attgcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggt < 1:6475289‑M2/1‑1 (MQ=255) ttgcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgagggtgctcggTTc > 1:7347094‑M2/48‑50 (MQ=255) ttgcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTc < 1:2343048‑M2/3‑1 (MQ=255) gcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTcc < 1:7760309‑M2/4‑1 (MQ=255) gcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTcc < 1:4334025‑M2/4‑1 (MQ=255) cagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCg < 1:2510850‑M2/5‑1 (MQ=255) cagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCg < 1:1611136‑M2/5‑1 (MQ=255) cagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGt < 1:1621388‑M2/6‑1 (MQ=255) cagcagaaacttctcgaggaactggcgggggcgaggctgctcggTTCCg > 1:4001271‑M2/45‑49 (MQ=255) cagcagaaacttctcgaggaactggcgggggcgaggctgctcggTTCCg > 1:6447341‑M2/45‑49 (MQ=255) agcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcggggctgctcggGTCCGt > 1:5418061‑M2/44‑49 (MQ=255) agcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggGTCCGt > 1:6084261‑M2/44‑49 (MQ=255) gcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggGTCCGTa > 1:7354391‑M2/43‑49 (MQ=255) cagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAAc < 1:5893216‑M2/9‑1 (MQ=255) cagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAAc < 1:6716288‑M2/9‑1 (MQ=255) agaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACg < 1:5824643‑M2/10‑1 (MQ=255) aaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGtt < 1:1121778‑M2/12‑1 (MQ=255) acttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTa < 1:4399730‑M2/14‑1 (MQ=255) acttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTa > 1:1646292‑M2/37‑50 (MQ=255) ttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggGTTCGTAACGTTTAt > 1:6069512‑M2/35‑49 (MQ=255) tctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggGTTCGTAACGGTTATCa > 1:3886047‑M2/34‑50 (MQ=255) ctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCa < 1:400088‑M2/17‑1 (MQ=255) ctcgaggaactggcgggggcgaggccgctcggTTCCGTAACGTTTATCAt > 1:7549009‑M2/33‑50 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCAt < 1:7939476‑M2/18‑1 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATg < 1:7425634‑M2/19‑1 (MQ=255) ggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTAt < 1:2613330‑M2/23‑1 (MQ=255) ggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTAt < 1:4002139‑M2/23‑1 (MQ=255) aactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATcc > 1:5252963‑M2/26‑50 (MQ=255) actggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCt < 1:5888228‑M2/26‑1 (MQ=255) ctggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCt > 1:1262545‑M2/24‑49 (MQ=255) tggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCt > 1:6054602‑M2/23‑48 (MQ=255) tggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCt > 1:8237428‑M2/23‑48 (MQ=255) tggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCt > 1:4832830‑M2/23‑48 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTaa < 1:8213144‑M2/28‑1 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAgg < 1:5473675‑M2/30‑1 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAgg < 1:1612487‑M2/30‑1 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAg > 1:7460115‑M2/21‑49 (MQ=255) cgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGa < 1:1851409‑M2/31‑1 (MQ=255) gggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAt > 1:974874‑M2/19‑50 (MQ=255) ggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAtt < 1:7036657‑M2/33‑1 (MQ=255) ggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAtt < 1:6927607‑M2/33‑1 (MQ=255) ggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAtt < 1:3036454‑M2/33‑1 (MQ=255) gtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTa < 1:5492497‑M2/34‑1 (MQ=255) gtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTa < 1:2502083‑M2/34‑1 (MQ=255) gtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTa < 1:7854633‑M2/34‑1 (MQ=255) gcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATc > 1:548186‑M2/15‑50 (MQ=255) cgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATcc < 1:5947882‑M2/37‑1 (MQ=255) cgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATcc > 1:164921‑M2/14‑50 (MQ=255) cgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATc < 1:7073935‑M2/36‑1 (MQ=255) gaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATcc > 1:5571441‑M2/13‑49 (MQ=255) aggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGa < 1:1784726‑M2/39‑1 (MQ=255) aggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGa < 1:7217365‑M2/39‑1 (MQ=255) ggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaa < 1:5569591‑M2/40‑1 (MQ=255) ggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGa > 1:6321688‑M2/11‑49 (MQ=255) gctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaa > 1:3068135‑M2/10‑49 (MQ=255) gctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaa > 1:1548499‑M2/10‑49 (MQ=255) ctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaaaa < 1:598936‑M2/42‑1 (MQ=255) ctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaaaa < 1:4147104‑M2/42‑1 (MQ=255) atgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaaa > 1:5385610‑M2/9‑49 (MQ=255) tgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaaaaa > 1:7565150‑M2/8‑50 (MQ=255) ctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGaaaaa < 1:1971012‑M2/43‑1 (MQ=255) ctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaat > 1:4410104‑M2/6‑49 (MQ=255) ctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaat < 1:442983‑M2/44‑1 (MQ=255) ctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaat < 1:670870‑M2/44‑1 (MQ=255) tcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAactaa > 1:7644667‑M2/5‑50 (MQ=255) ggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaataat < 1:275982‑M2/47‑1 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGCTTATCCGAAAAATAATAc > 1:1242611‑M2/2‑50 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc < 1:2616893‑M2/49‑1 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc > 1:1682853‑M2/2‑50 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc > 1:987356‑M2/2‑50 (MQ=255) | ATTTTTAATTTGCTGGCTGATATTATTAGTGAATTGCCATTAATATAATTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC > NC_000913/2023631‑2023727 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |