| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 71 [0] | [0] 70 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1997111 | 0 (0.000) | 70 (0.640) | 50/98 | 0.1 | 100% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
| ? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA | |||||
TTATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGGTCGGCAAATAACGCTTTTGCGGCCCCCTGCTCGACTATCCGCCCCTG > NC_000913/1997062‑1997160 | ttattGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGGGGCTGCCCgg > 1:5382009/1‑50 (MQ=255) aTTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGt < 1:6475289‑M1/49‑2 (MQ=255) ttGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGGTGCTCGGttc > 1:7347094‑M1/1‑47 (MQ=255) ttGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttc < 1:2343048‑M1/50‑4 (MQ=255) gcagcaGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttcc < 1:7760309‑M1/49‑5 (MQ=255) gcagcaGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttcc < 1:4334025‑M1/49‑5 (MQ=255) cagcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgt < 1:1621388‑M1/50‑7 (MQ=255) cagcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccg < 1:1611136‑M1/49‑6 (MQ=255) cagcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccg < 1:2510850‑M1/49‑6 (MQ=255) cagcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGttccg > 1:4001271‑M1/1‑44 (MQ=255) cagcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGttccg > 1:6447341‑M1/1‑44 (MQ=255) agcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGGGGCTGCTCGGgtccgt > 1:5418061‑M1/1‑43 (MQ=255) agcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGgtccgt > 1:6084261‑M1/1‑43 (MQ=255) gcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGgtccgta > 1:7354391‑M1/1‑42 (MQ=255) cagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaac < 1:5893216‑M1/50‑10 (MQ=255) cagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaac < 1:6716288‑M1/50‑10 (MQ=255) agAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacg < 1:5824643‑M1/50‑11 (MQ=255) aaaCTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtt < 1:1121778‑M1/50‑13 (MQ=255) aCTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgttta < 1:4399730‑M1/50‑15 (MQ=255) aCTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgttta > 1:1646292‑M1/1‑36 (MQ=255) ttCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGgttcgtaacgtttat > 1:6069512‑M1/1‑34 (MQ=255) tctcGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGgttcgtaacggttatca > 1:3886047‑M1/1‑33 (MQ=255) ctcGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatca < 1:400088‑M1/49‑18 (MQ=255) ctcGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCCGCTCGGttccgtaacgtttatcat > 1:7549009‑M1/1‑32 (MQ=255) gAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatg < 1:7425634‑M1/48‑20 (MQ=255) gAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcat < 1:7939476‑M1/47‑19 (MQ=255) ggAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttat < 1:4002139‑M1/50‑24 (MQ=255) ggAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttat < 1:2613330‑M1/50‑24 (MQ=255) aaCTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcc > 1:5252963‑M1/1‑25 (MQ=255) aCTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcct < 1:5888228‑M1/50‑27 (MQ=255) cTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcct > 1:1262545‑M1/1‑23 (MQ=255) tGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcct > 1:4832830‑M1/1‑22 (MQ=255) tGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcct > 1:6054602‑M1/1‑22 (MQ=255) tGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcct > 1:8237428‑M1/1‑22 (MQ=255) gCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaagg < 1:5473675‑M1/50‑31 (MQ=255) gCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaagg < 1:1612487‑M1/50‑31 (MQ=255) gCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaag > 1:7460115‑M1/1‑20 (MQ=255) gCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaa < 1:8213144‑M1/48‑29 (MQ=255) cGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaagga < 1:1851409‑M1/50‑32 (MQ=255) gggTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggat > 1:974874‑M1/1‑18 (MQ=255) ggTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatt < 1:7036657‑M1/50‑34 (MQ=255) ggTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatt < 1:6927607‑M1/50‑34 (MQ=255) ggTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatt < 1:3036454‑M1/50‑34 (MQ=255) gTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatta < 1:5492497‑M1/50‑35 (MQ=255) gTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatta < 1:7854633‑M1/50‑35 (MQ=255) gTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatta < 1:2502083‑M1/50‑35 (MQ=255) gCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatc > 1:548186‑M1/1‑14 (MQ=255) cGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatcc < 1:5947882‑M1/50‑38 (MQ=255) cGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatcc > 1:164921‑M1/1‑13 (MQ=255) cGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatc < 1:7073935‑M1/49‑37 (MQ=255) gAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatcc > 1:5571441‑M1/1‑12 (MQ=255) aGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccga < 1:1784726‑M1/50‑40 (MQ=255) aGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccga < 1:7217365‑M1/50‑40 (MQ=255) ggCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaa < 1:5569591‑M1/50‑41 (MQ=255) ggCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccga > 1:6321688‑M1/1‑10 (MQ=255) gctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaa > 1:3068135‑M1/1‑9 (MQ=255) gctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaa > 1:1548499‑M1/1‑9 (MQ=255) ctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaa < 1:598936‑M1/50‑43 (MQ=255) ctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaa < 1:4147104‑M1/50‑43 (MQ=255) atgctcGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaa > 1:5385610‑M1/2‑8 (MQ=255) tgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaa > 1:7565150‑M1/1‑7 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaat < 1:442983‑M1/49‑45 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaat > 1:4410104‑M1/1‑5 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaat < 1:670870‑M1/49‑45 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaa < 1:1971012‑M1/48‑44 (MQ=255) tCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaactaa > 1:7644667‑M1/1‑4 (MQ=255) ggttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataat < 1:275982‑M1/49‑48 (MQ=255) gttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggcttatccgaaaaataatac > 1:1242611‑M1/1‑1 (MQ=255) gttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataatac < 1:2616893‑M1/50‑50 (MQ=255) gttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataatac > 1:1682853‑M1/1‑1 (MQ=255) gttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataatac > 1:987356‑M1/1‑1 (MQ=255) | TTATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGGTCGGCAAATAACGCTTTTGCGGCCCCCTGCTCGACTATCCGCCCCTG > NC_000913/1997062‑1997160 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |