| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,388,889 | Δ9,734 bp | ycjG–[uspE] | ycjG, mpaA, ymjC, ymjD, ycjY, pgrR, mppA, ynaI, insH‑4, ynaJ, [uspE] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1388889 | 1398622 | 9734 | 139 [0] | [0] 145 | ycjG–[uspE] | ycjG,mpaA,ymjC,ymjD,ycjY,pgrR,mppA,ynaI,insH‑4,ynaJ,[uspE] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1388888 | 0 (0.000) | 137 (1.290) | 68/96 | 0.0 | 100% | intergenic (‑77/‑42) | tpx/ycjG | lipid hydroperoxide peroxidase/L‑Ala‑D/L‑Glu epimerase |
| ? | NC_000913 | 1398623 = | 0 (0.000) | intergenic (‑1/+151) | uspE/fnr | universal stress protein with a role cellular motility/DNA‑binding transcriptional dual regulator FNR | |||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
ACGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1388840‑1388888‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAT > NC_000913/1398623‑1398670 ACGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTA > 1:6102318/1‑50 CGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTAC < 1:7746565/50‑1 CGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTAC < 1:1277751/50‑1 CGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTA > 1:6187375/1‑49 CGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTA > 1:76174/1‑49 CGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTA > 1:720651/1‑49 GTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTA > 1:7560645/1‑48 GTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTA > 1:4687520/1‑48 TCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAG < 1:4123332/50‑1 TCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAG > 1:6312487/1‑50 TCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAG > 1:6774054/1‑50 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> 1:4783028/1‑50 GTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCT > 1:7664553/1‑49 GTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCT > 1:1521809/1‑49 GTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCC < 1:3438407/48‑1 GTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCC < 1:8131521/48‑1 TTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTA > 1:4872587/1‑49 TATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTAC > 1:4672866/1‑49 TATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTAC > 1:1035534/1‑49 TATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTAC < 1:3721922/49‑1 TATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTAC < 1:3666784/49‑1 TATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTAC > 1:2782274/1‑49 TATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTAC > 1:2694960/1‑49 ATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTACAA > 1:1350576/1‑50 TGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTACAAC < 1:5667307/50‑1 TGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTACAA > 1:7313556/1‑49 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1:5644207/1‑49 CGCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTA > 1:2077174/1‑49 CGCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTA > 1:4006096/1‑49 GCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAA < 1:1867578/50‑1 GCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAA > 1:7343775/1‑49 GCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAA > 1:7982131/1‑49 GCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAA > 1:3154474/1‑49 GCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAA > 1:2782337/1‑49 TTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAT > 1:3811989/1‑50 TTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAT < 1:5712372/50‑1 TTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAT < 1:6609352/50‑1 TTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGA < 1:4258930/49‑1 TTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAG < 1:390103/48‑1 TTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAG < 1:5584442/48‑1 TTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAG < 1:2183796/48‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |