Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 687,860 | Δ1,185 bp | IS5‑mediated | insH‑3 | insH‑3 |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 687860 | 689044 | 1185 | 142 [0] | [0] 145 | insH‑3 | insH‑3 |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 687859 | 0 (0.000) | 135 (1.280) | 74/96 | 0.0 | 100% | noncoding (1187/1195 nt) | IS5 | repeat region |
? | NC_000913 | 689045 = | 0 (0.000) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
TATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTC > NC_000913/687811‑687908 | tATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCc > 1:7784882‑M1/1‑49 (MQ=255) cGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTCGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCct > 1:6700779‑M1/1‑46 (MQ=255) gTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttag > 1:2703150‑M1/1‑45 (MQ=255) gTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttag > 1:1391096‑M1/1‑45 (MQ=255) gTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttag < 1:4737999‑M1/50‑6 (MQ=255) gTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttag < 1:6247673‑M1/50‑6 (MQ=255) gTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCctta < 1:94922‑M1/49‑5 (MQ=255) gTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCctta < 1:4049289‑M1/49‑5 (MQ=255) tCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttagg < 1:7466150‑M1/50‑7 (MQ=255) tGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggt > 1:1662751‑M1/1‑42 (MQ=255) tGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggt > 1:2709264‑M1/1‑42 (MQ=255) 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gttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaat > 1:7110938‑M1/1‑23 (MQ=255) gttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaat > 1:7287621‑M1/1‑23 (MQ=255) ttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatg > 1:1010649‑M1/1‑22 (MQ=255) ttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatg < 1:2357112‑M1/50‑29 (MQ=255) ttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatg < 1:7657988‑M1/50‑29 (MQ=255) ttgtGCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatg < 1:115633‑M1/50‑29 (MQ=255) tgtgCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatg > 1:6755534‑M1/1‑21 (MQ=255) gtgCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgt > 1:2096935‑M1/1‑20 (MQ=255) tgCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgtaa < 1:7432784‑M1/50‑32 (MQ=255) tgCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgta > 1:2074136‑M1/1‑19 (MQ=255) gCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgta > 1:3920879‑M1/1‑18 (MQ=255) gCCTGTTAGGGAAGGTGCcttaggtaacatttagtttggctaaatgta > 1:2824689‑M1/1‑18 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |