| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 389,898 | Δ9,908 bp | yaiT–[yaiZ] | yaiT, insF‑2, insE‑2, yaiT, iprA, ampH, sbmA, yaiW, yaiY, [yaiZ] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 389898 | 399805 | 9908 | 206 [0] | [0] 201 | yaiT–[yaiZ] | yaiT,insF‑2,insE‑2,yaiT,iprA,ampH,sbmA,yaiW,yaiY,[yaiZ] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 389897 | 0 (0.000) | 193 (1.790) | 75/98 | 0.0 | 100% | intergenic (‑170/‑354) | hemB/yaiT | porphobilinogen synthase/putative autotransporter YaiT |
| ? | NC_000913 | 399806 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/+23) | yaiZ/ddlA | DUF2754 domain‑containing protein YaiZ/D‑alanine‑‑D‑alanine ligase A | |||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
GGGTTGATTATTCGTCGTCGCGATGAAGAAACTGAAAACGCCCAATAAGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATGCGTTATC > NC_000913/399758‑399855 | aatagaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttg < 1:1147838‑M2/1‑1 (MQ=255)aatagaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttg < 1:6736374‑M2/1‑1 (MQ=255) atagaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGaa > 1:4209645‑M2/48‑50 (MQ=255) atagaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGaa > 1:4874343‑M2/48‑50 (MQ=255) atagaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGaa > 1:5886997‑M2/48‑50 (MQ=255) atagaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGaa < 1:2324928‑M2/3‑1 (MQ=255) atagaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGa < 1:4319375‑M2/2‑1 (MQ=255) tagaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAat < 1:6131661‑M2/4‑1 (MQ=255) agaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAata > 1:912659‑M2/46‑50 (MQ=255) gaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAatat < 1:3211258‑M2/6‑1 (MQ=255) gaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAatat < 1:3266083‑M2/6‑1 (MQ=255) gaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAatat < 1:2588160‑M2/6‑1 (MQ=255) gaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAatat < 1:6537928‑M2/6‑1 (MQ=255) gaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAatat < 1:2211450‑M2/6‑1 (MQ=255) gaaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAata < 1:6673859‑M2/5‑1 (MQ=255) aaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAatat > 1:1737170‑M2/44‑49 (MQ=255) aaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAatat > 1:2920563‑M2/44‑49 (MQ=255) aaacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAAtatt < 1:7852727‑M2/7‑1 (MQ=255) aacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAAtatta < 1:3147856‑M2/8‑1 (MQ=255) aacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAAtatta < 1:7222003‑M2/8‑1 (MQ=255) aacagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAAtatta > 1:2077992‑M2/43‑50 (MQ=255) cagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATc > 1:6811489‑M2/41‑50 (MQ=255) cagcaataattttatattcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATc < 1:3660769‑M2/10‑1 (MQ=255) 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ttcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATAtt < 1:7518203‑M2/25‑1 (MQ=255) ttcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTa < 1:7705067‑M2/26‑1 (MQ=255) ttcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTa < 1:5137407‑M2/26‑1 (MQ=255) tcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTa > 1:7203521‑M2/24‑49 (MQ=255) tcactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTa > 1:302719‑M2/24‑49 (MQ=255) cactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACa > 1:4368617‑M2/23‑50 (MQ=255) cactgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACa > 1:5353182‑M2/23‑50 (MQ=255) actgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACa < 1:7230865‑M2/28‑1 (MQ=255) actgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACa < 1:6071889‑M2/28‑1 (MQ=255) actgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACa < 1:2613576‑M2/28‑1 (MQ=255) actgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACAt > 1:1706528‑M2/22‑50 (MQ=255) actgaaaatatttttaatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACAt < 1:5021925‑M2/29‑1 (MQ=255) 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taatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAAt < 1:6917711‑M2/42‑1 (MQ=255) taatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAAt < 1:6503682‑M2/42‑1 (MQ=255) taatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAAt < 1:3519122‑M2/42‑1 (MQ=255) aatcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATGc > 1:491684‑M2/7‑50 (MQ=255) atcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATGc < 1:3003020‑M2/44‑1 (MQ=255) atcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATGc < 1:1985804‑M2/44‑1 (MQ=255) atcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATGc < 1:4483669‑M2/44‑1 (MQ=255) atcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATGc < 1:2149315‑M2/44‑1 (MQ=255) atcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATGCg < 1:3741252‑M2/45‑1 (MQ=255) atcttGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATGCg < 1:8191245‑M2/45‑1 (MQ=255) tGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATGCGTTAt > 1:5715945‑M2/2‑50 (MQ=255) gAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATGCGtt < 1:8128763/47‑1 (MQ=255) gAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATGCGtt < 1:7119231/47‑1 (MQ=255) gAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATGCGTTa < 1:1973068/48‑1 (MQ=255) gAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATGCGTTa < 1:3576744/48‑1 (MQ=255) gAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATGCGTTATc > 1:3934866/1‑50 (MQ=255) gAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATGCGTTATc > 1:5823046/1‑50 (MQ=255) | GGGTTGATTATTCGTCGTCGCGATGAAGAAACTGAAAACGCCCAATAAGAATATTATCGGGCGTTAAAATATTACATTGTGGTTTTCAATGCGTTATC > NC_000913/399758‑399855 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |