| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 79 [0] | [0] 80 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1997111 | 0 (0.000) | 78 (0.780) | 52/98 | 0.1 | 100% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
| ? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA | |||||
TTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1997065‑1997111‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC > NC_000913/2023679‑2023727 TTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTC < 1:6345847/50‑1TTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTT < 1:367788/49‑1 GCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCC < 1:4769304/49‑1 CAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGT < 1:980783/50‑1 CAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGT < 1:5469503/50‑1 CAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCG > 1:6455352/1‑49 CAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCG < 1:91413/49‑1 CAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGCGCGAGGCTGCTCCGTTCCG > 1:1202527/1‑49 AGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTA < 1:884318/50‑1 AGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGTCCGT > 1:2936937/1‑49 GCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAA < 1:6282663/50‑1 CAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAAC < 1:2149880/50‑1 AGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGTCCGTAACG > 1:2502703/1‑50 AAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTT < 1:985817/50‑1 AAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTT < 1:3817448/50‑1 AACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTT > 1:2980505/1‑49 CTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCA < 1:5260482/49‑1 CTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATC < 1:1376825/48‑1 TCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAAAGTTTATCATG > 1:1990391/1‑50 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTT < 1:3600594/50‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTT < 1:3120846/50‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGT < 1:7524051/49‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGT > 1:2141147/1‑49 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATG < 1:2766453/48‑1 GAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTT > 1:2240486/1‑50 AGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTA < 1:2506699/50‑1 AGGAAATGGCGGGTGCGAGACTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTA < 1:2733583/50‑1 AACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCC < 1:477536/50‑1 AACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCC < 1:5941364/50‑1 ACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCT < 1:1316764/50‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 1:4311914/49‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 1:5591601/49‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 1:2001771/49‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAA < 1:4069463/48‑1 CGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGA < 1:6121764/50‑1 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT > 1:5094023/1‑50 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTGCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT < 1:5576501/50‑1 GGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT > 1:1518492/1‑49 GTGCTAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTA < 1:7581208/50‑1 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCC > 1:6129409/1‑50 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCC < 1:7430363/50‑1 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATC < 1:198061/49‑1 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATC < 1:6448388/49‑1 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCG < 1:2384937/50‑1 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCG < 1:2149275/50‑1 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCG < 1:762323/50‑1 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCC > 1:2498133/1‑49 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCC > 1:6341450/1‑49 AGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGA < 1:5158990/50‑1 AGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCG > 1:7571305/1‑49 GGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGA > 1:2915513/1‑49 GGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGA > 1:7266946/1‑49 GCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAA < 1:3481896/50‑1 GCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAA < 1:416511/50‑1 GCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAA < 1:4247040/50‑1 GCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAA > 1:6381574/1‑49 CTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAA < 1:6770544/50‑1 CTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAA > 1:2323742/1‑49 GCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAA > 1:2140997/1‑49 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAAT < 1:6560380/49‑1 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAAT < 1:7241299/49‑1 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAAT < 1:3141592/49‑1 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAAT > 1:4088011/1‑49 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAAT < 1:5401690/49‑1 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAA < 1:4744847/48‑1 TCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA > 1:127181/1‑50 CGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAACTAA > 1:1492748/1‑49 CGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA > 1:6549501/1‑49 CGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA > 1:6375165/1‑49 CGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA > 1:3649290/1‑49 CGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA > 1:137830/1‑49 GGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATA < 1:7039207/50‑1 GGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATA < 1:2544632/50‑1 GGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAAT < 1:6416422/49‑1 GTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC > 1:6892462/1‑50 GTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC > 1:6257416/1‑50 GTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC < 1:305754/50‑1 GTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC > 1:919823/1‑50 TTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1997065‑1997111‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC > NC_000913/2023679‑2023727 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |