| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 79 [0] | [0] 80 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1997111 | 0 (0.000) | 78 (0.780) | 52/98 | 0.1 | 100% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
| ? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA | |||||
TTATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGGTCGGCAAATAACGCTTTTGCGGCCCCCTGCTCGACTATCCGCCCCTG > NC_000913/1997062‑1997160 | ttattGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCgg < 1:2992047/50‑1 (MQ=255) ttGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttc < 1:6345847‑M1/50‑4 (MQ=255) ttGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGtt < 1:367788‑M1/49‑3 (MQ=255) gcagcaGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttcc < 1:4769304‑M1/49‑5 (MQ=255) cagcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgt < 1:980783‑M1/50‑7 (MQ=255) cagcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgt < 1:5469503‑M1/50‑7 (MQ=255) cagcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccg < 1:91413‑M1/49‑6 (MQ=255) cagcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccg > 1:6455352‑M1/1‑44 (MQ=255) cagcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGCGCGAGGCTGCTCCGttccg > 1:1202527‑M1/1‑44 (MQ=255) agcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgta < 1:884318‑M1/50‑8 (MQ=255) agcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGgtccgt > 1:2936937‑M1/1‑43 (MQ=255) gcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaa < 1:6282663‑M1/50‑9 (MQ=255) cagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaac < 1:2149880‑M1/50‑10 (MQ=255) agAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGgtccgtaacg > 1:2502703‑M1/1‑40 (MQ=255) aaaCTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtt < 1:985817‑M1/50‑13 (MQ=255) aaaCTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtt < 1:3817448‑M1/50‑13 (MQ=255) aaCTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtt > 1:2980505‑M1/1‑37 (MQ=255) ctcGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatca < 1:5260482‑M1/49‑18 (MQ=255) ctcGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatc < 1:1376825‑M1/48‑17 (MQ=255) tcGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaaagtttatcatg > 1:1990391‑M1/1‑31 (MQ=255) gAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgtt < 1:3600594‑M1/50‑22 (MQ=255) gAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgtt < 1:3120846‑M1/50‑22 (MQ=255) gAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgt > 1:2141147‑M1/1‑29 (MQ=255) 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cGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaagga < 1:6121764‑M1/50‑32 (MQ=255) gggTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggat > 1:5094023‑M1/1‑18 (MQ=255) gggTGCGAGGCTGCTCGGtgccgtaacgtttatcatgttatcctaaggat < 1:5576501‑M1/50‑33 (MQ=255) ggTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggat > 1:1518492‑M1/1‑17 (MQ=255) gTGCTAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatta < 1:7581208‑M1/50‑35 (MQ=255) cGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatcc > 1:6129409‑M1/1‑13 (MQ=255) cGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatcc < 1:7430363‑M1/50‑38 (MQ=255) cGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatc < 1:6448388‑M1/49‑37 (MQ=255) cGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatc < 1:198061‑M1/49‑37 (MQ=255) gAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccg < 1:762323‑M1/50‑39 (MQ=255) gAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccg < 1:2384937‑M1/50‑39 (MQ=255) gAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccg < 1:2149275‑M1/50‑39 (MQ=255) gAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatcc > 1:2498133‑M1/1‑12 (MQ=255) gAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatcc > 1:6341450‑M1/1‑12 (MQ=255) aGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccga < 1:5158990‑M1/50‑40 (MQ=255) aGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccg > 1:7571305‑M1/1‑11 (MQ=255) ggCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccga > 1:2915513‑M1/1‑10 (MQ=255) ggCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccga > 1:7266946‑M1/1‑10 (MQ=255) gctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaa < 1:4247040‑M1/50‑42 (MQ=255) gctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaa < 1:416511‑M1/50‑42 (MQ=255) gctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaa < 1:3481896‑M1/50‑42 (MQ=255) gctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaa > 1:6381574‑M1/1‑9 (MQ=255) ctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaa < 1:6770544‑M1/50‑43 (MQ=255) ctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaa > 1:2323742‑M1/1‑8 (MQ=255) gctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaa > 1:2140997‑M1/1‑6 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaat > 1:4088011‑M1/1‑5 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaat < 1:3141592‑M1/49‑45 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaat < 1:6560380‑M1/49‑45 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaat < 1:5401690‑M1/49‑45 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaat < 1:7241299‑M1/49‑45 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaa < 1:4744847‑M1/48‑44 (MQ=255) tCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataa > 1:127181‑M1/1‑4 (MQ=255) cGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaactaa > 1:1492748‑M1/1‑3 (MQ=255) cGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataa > 1:3649290‑M1/1‑3 (MQ=255) cGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataa > 1:6549501‑M1/1‑3 (MQ=255) cGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataa > 1:6375165‑M1/1‑3 (MQ=255) cGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataa > 1:137830‑M1/1‑3 (MQ=255) ggttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataata < 1:7039207‑M1/50‑49 (MQ=255) ggttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataata < 1:2544632‑M1/50‑49 (MQ=255) ggttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataat < 1:6416422‑M1/49‑48 (MQ=255) gttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataatac > 1:6257416‑M1/1‑1 (MQ=255) gttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataatac > 1:6892462‑M1/1‑1 (MQ=255) gttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataatac < 1:305754‑M1/50‑50 (MQ=255) gttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataatac > 1:919823‑M1/1‑1 (MQ=255) | TTATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGGTCGGCAAATAACGCTTTTGCGGCCCCCTGCTCGACTATCCGCCCCTG > NC_000913/1997062‑1997160 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |