| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,994,992 | Δ3,877 bp | [ygeL]–ygeQ | [ygeL], ygeN, ygeO, insD‑4, insC‑4, ygeP, ygeQ | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2994992 | 2998868 | 3877 | 144 [0] | [0] 144 | [ygeL]–ygeQ | [ygeL],ygeN,ygeO,insD‑4,insC‑4,ygeP,ygeQ |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2994991 | 0 (0.000) | 138 (1.440) | 70/94 | 0.0 | 100% | pseudogene (102/156 nt) | ygeL | protein YgeL |
| ? | NC_000913 | 2998869 = | 0 (0.000) | intergenic (‑41/+115) | ygeQ/glyU | protein YgeQ/tRNA‑Gly | |||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
CCCTTTCATAAAATATTCCATCAATCGTTTGTTAAAAGCGTAGATAACCACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTACAAA > NC_000913/2998820‑2998917 | tgtagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagccca > 1:6023526‑M2/50‑50 (MQ=255) tagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccAc < 1:6643947‑M2/2‑1 (MQ=255) tagatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACt > 1:2796887‑M2/48‑50 (MQ=255) agatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACt > 1:3791593‑M2/47‑49 (MQ=255) gatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTa > 1:6569209‑M2/46‑50 (MQ=255) gatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTa > 1:2478289‑M2/46‑50 (MQ=255) gatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTa < 1:2040847‑M2/5‑1 (MQ=255) gatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTa < 1:935838‑M2/5‑1 (MQ=255) gatttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTa < 1:4793142‑M2/5‑1 (MQ=255) atttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTAt > 1:2386893‑M2/45‑50 (MQ=255) tttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTAtt < 1:2032196‑M2/7‑1 (MQ=255) tttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTAtt < 1:2351312‑M2/7‑1 (MQ=255) ttgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTAtt > 1:7519128‑M2/43‑49 (MQ=255) tgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTAttt > 1:1959387‑M2/42‑49 (MQ=255) tgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTAttt < 1:1292083‑M2/8‑1 (MQ=255) tgttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTAttt < 1:2737994‑M2/8‑1 (MQ=255) gttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaa > 1:4689950‑M2/41‑50 (MQ=255) gttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTa < 1:5762520‑M2/9‑1 (MQ=255) gttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTa < 1:4325838‑M2/9‑1 (MQ=255) ttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaac < 1:1591802‑M2/11‑1 (MQ=255) ttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaac < 1:1400188‑M2/11‑1 (MQ=255) ttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaa < 1:3045174‑M2/10‑1 (MQ=255) ttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaa < 1:3805408‑M2/10‑1 (MQ=255) ttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaa < 1:5087991‑M2/10‑1 (MQ=255) ttacactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaa > 1:4720002‑M2/40‑49 (MQ=255) acactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATttaaaa < 1:1134158‑M2/12‑3 (MQ=255) acactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaaca < 1:6945753‑M2/12‑1 (MQ=255) acactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaaca < 1:4618265‑M2/12‑1 (MQ=255) acactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaaca < 1:5293059‑M2/12‑1 (MQ=255) cactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaacaa < 1:6068946‑M2/13‑1 (MQ=255) cactccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTaacaa < 1:351653‑M2/13‑1 (MQ=255) actccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACt < 1:100011‑M2/15‑1 (MQ=255) actccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACt < 1:6817085‑M2/15‑1 (MQ=255) actccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACt > 1:217785‑M2/36‑50 (MQ=255) ctccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACtt < 1:410187‑M2/16‑1 (MQ=255) tccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACtt > 1:7075769‑M2/34‑49 (MQ=255) tccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACtt > 1:1458844‑M2/34‑49 (MQ=255) ccgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTg > 1:6507526‑M2/33‑49 (MQ=255) cgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTg < 1:4385143‑M2/17‑1 (MQ=255) cgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTg < 1:3988717‑M2/17‑1 (MQ=255) cgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGaa < 1:4872445‑M2/19‑1 (MQ=255) cgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGaa < 1:1519846‑M2/19‑1 (MQ=255) cgctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGa < 1:1758674‑M2/18‑1 (MQ=255) gctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGaaa < 1:3790344‑M2/20‑1 (MQ=255) gctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGaaa < 1:5659913‑M2/20‑1 (MQ=255) gctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGaaa < 1:6396533‑M2/20‑1 (MQ=255) gctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGaa > 1:2795145‑M2/31‑49 (MQ=255) gctatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGaa > 1:6195735‑M2/31‑49 (MQ=255) tatagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGaaaa > 1:5856509‑M2/29‑49 (MQ=255) atagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAAt > 1:778957‑M2/28‑49 (MQ=255) tagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAAt < 1:6397340‑M2/22‑1 (MQ=255) tagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAAt > 1:5952197‑M2/27‑48 (MQ=255) tagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAAt < 1:6020015‑M2/22‑1 (MQ=255) tagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAAt > 1:5241240‑M2/27‑48 (MQ=255) tagctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATa < 1:3292453‑M2/23‑1 (MQ=255) agctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAg > 1:3527933‑M2/26‑50 (MQ=255) gctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAgg > 1:6698391‑M2/25‑50 (MQ=255) gctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAgg > 1:1012323‑M2/25‑50 (MQ=255) gctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAgg > 1:3424424‑M2/25‑50 (MQ=255) ctttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGgt < 1:5903640‑M2/27‑1 (MQ=255) ttcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTTAAAATAAGgtgt > 1:6798158‑M2/22‑50 (MQ=255) tcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGgtgt < 1:94225‑M2/29‑1 (MQ=255) tcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGgtgt < 1:4237475‑M2/29‑1 (MQ=255) tcttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGtt > 1:1674905‑M2/21‑50 (MQ=255) ttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGttt > 1:499813‑M2/19‑49 (MQ=255) ttcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGCGttt > 1:4343644‑M2/19‑49 (MQ=255) tcagatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTa > 1:3867097‑M2/18‑50 (MQ=255) agatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTAcc > 1:3678085‑M2/16‑50 (MQ=255) agatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTAcc > 1:1970667‑M2/16‑50 (MQ=255) agatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTAcc > 1:2566851‑M2/16‑50 (MQ=255) agatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTAcc > 1:4652366‑M2/16‑50 (MQ=255) gatctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCt > 1:6876953‑M2/15‑50 (MQ=255) atctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTg > 1:3634654‑M2/14‑50 (MQ=255) tctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTgg > 1:4715962‑M2/13‑50 (MQ=255) tctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTgg > 1:2892970‑M2/13‑50 (MQ=255) tctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTgg > 1:4141536‑M2/13‑50 (MQ=255) ctttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTggg > 1:5037987‑M2/12‑50 (MQ=255) tttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgt > 1:2905717‑M2/11‑50 (MQ=255) tttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgt > 1:3375788‑M2/11‑50 (MQ=255) tttatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgt > 1:2366835‑M2/11‑50 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGtttt < 1:267569‑M2/32‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTgg < 1:5671864‑M2/38‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTg < 1:6497097‑M2/37‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTg < 1:4807921‑M2/37‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTg < 1:4042216‑M2/37‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgtt < 1:3686194‑M2/41‑1 (MQ=255) tatagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgt < 1:2143342‑M2/40‑1 (MQ=255) atagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgttgt > 1:5481366‑M2/8‑50 (MQ=255) tagcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGgttgt < 1:4432154‑M2/43‑1 (MQ=255) agcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTa > 1:7025980‑M2/6‑50 (MQ=255) gcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTAc < 1:3420250‑M2/46‑1 (MQ=255) gcccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTAc < 1:7246902‑M2/46‑1 (MQ=255) cccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTAc > 1:512556‑M2/4‑49 (MQ=255) cccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTAc > 1:4951840‑M2/4‑49 (MQ=255) ccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTACaa < 1:4871565‑M2/48‑1 (MQ=255) ccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTACa > 1:7061237‑M2/3‑49 (MQ=255) ccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTACa > 1:7154811‑M2/3‑49 (MQ=255) ccACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTACa > 1:5391500‑M2/3‑49 (MQ=255) cACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTACaaa < 1:543203‑M2/49‑1 (MQ=255) aCTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGCGTTTTACCTGGGTTGTTACaa > 1:6172552/1‑48 (MQ=255) | CCCTTTCATAAAATATTCCATCAATCGTTTGTTAAAAGCGTAGATAACCACTTATTTAACAACTTGAAAATAAGGTGTTTTACCTGGGTTGTTACAAA > NC_000913/2998820‑2998917 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |