| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 687,860 | Δ1,185 bp | IS5‑mediated | insH‑3 | insH‑3 |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 687860–687996 | 689044 | 1049–1185 | 98 [0] | [0] 97 | insH‑3 | insH‑3 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 687859 | 0 (0.000) | 94 (1.080) | 58/96 | 0.0 | 100% | noncoding (1187/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 689045 = | 0 (0.000) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/687810‑687859‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAT > NC_000913/689045‑689092 TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC < 1:4258798/50‑1TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC > 1:6051571/1‑50TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC > 1:4023031/1‑50 TATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCC > 1:6162330/1‑50 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT < 1:4859319/49‑1 CGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT > 1:2154583/1‑48 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTA < 1:2987194/49‑1 TCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGG < 1:1409505/50‑1 TCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGG > 1:4924389/1‑50 CTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGG > 1:618775/1‑49 CTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGG > 1:2066131/1‑49 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TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/687810‑687859‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAT > NC_000913/689045‑689092 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |