BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
MC JC	NC_000913	687,860	Δ1,185 bp	IS5‑mediated	insH‑3	insH‑3

Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	NC_000913	687860–687996	689044	1049–1185	98 [0]	[0] 97	insH‑3	insH‑3

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	NC_000913	= 687859	0 (0.000)	94 (1.080)	58/96	0.0	100%	noncoding (1187/1195 nt)	IS5	repeat region
*	?	NC_000913	689045 =	0 (0.000)	94 (1.080)	58/96	0.0	100%	noncoding (1/1195 nt)	IS5	repeat region

GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTG  >  NC_000913/688996‑689094

tatcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcc                                                   >  1:6162330‑M2/50‑50 (MQ=255)

  tcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCt                                                  <  1:4859319‑M2/2‑1 (MQ=255)

   cgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCt                                                  >  1:2154583‑M2/47‑48 (MQ=255)

    gtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTa                                                <  1:2987194‑M2/4‑1 (MQ=255)

     tctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAgg                                              <  1:1409505‑M2/6‑1 (MQ=255)

     tctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAgg                                              >  1:4924389‑M2/45‑50 (MQ=255)

      ctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAgg                                              >  1:2066131‑M2/44‑49 (MQ=255)

      ctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAgg                                              >  1:618775‑M2/44‑49 (MQ=255)

       tgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGt                                             >  1:1502256‑M2/43‑49 (MQ=255)

        gcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTaa                                           >  1:3761025‑M2/42‑50 (MQ=255)

         caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGt                                             <  1:5074697‑M2/7‑1 (MQ=255)

         caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTaa                                           >  1:4289962‑M2/41‑49 (MQ=255)

         caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTaa                                           <  1:953163‑M2/9‑1 (MQ=255)

         caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTa                                            <  1:5206846‑M2/8‑1 (MQ=255)

          aactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACa                                         <  1:6649333‑M2/11‑1 (MQ=255)

          aactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACa                                         <  1:2630115‑M2/11‑1 (MQ=255)

          aactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACa                                         <  1:5605929‑M2/11‑1 (MQ=255)

          aactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACa                                         >  1:1387710‑M2/40‑50 (MQ=255)

          aactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACa                                         <  1:4593065‑M2/11‑1 (MQ=255)

           actttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAt                                        >  1:538095‑M2/39‑50 (MQ=255)

           actttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAt                                        >  1:1047972‑M2/39‑50 (MQ=255)

            ctttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAtt                                       >  1:5170195‑M2/38‑50 (MQ=255)

            ctttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAtt                                       >  1:963326‑M2/38‑50 (MQ=255)

             tttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAtt                                       >  1:5811246‑M2/37‑49 (MQ=255)

              ttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAtt                                       >  1:2286327‑M2/36‑48 (MQ=255)

               tattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTa                                     <  1:4179755‑M2/15‑1 (MQ=255)

               tattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTa                                     <  1:1136173‑M2/15‑1 (MQ=255)

                 ttgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGtt                                  <  1:5159826‑M2/18‑1 (MQ=255)

                 ttgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGtt                                  <  1:460891‑M2/18‑1 (MQ=255)

                 ttgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGtt                                  >  1:4617693‑M2/33‑50 (MQ=255)

                 ttgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGt                                   <  1:778484‑M2/17‑1 (MQ=255)

                  tgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGttt                                 >  1:5637180‑M2/32‑50 (MQ=255)

                   gtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGttt                                 <  1:1689275‑M2/19‑1 (MQ=255)

                   gtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGttt                                 <  1:4085618‑M2/19‑1 (MQ=255)

                   gtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTg                                >  1:5769287‑M2/31‑50 (MQ=255)

                   gtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTg                                >  1:6524394‑M2/31‑50 (MQ=255)

                    tgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTgg                               >  1:2811093‑M2/30‑50 (MQ=255)

                    tgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTgg                               <  1:3186941‑M2/21‑1 (MQ=255)

                    tgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTgg                               >  1:2685173‑M2/30‑50 (MQ=255)

                      cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGc                              >  1:1136610‑M2/28‑49 (MQ=255)

                      cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGc                              >  1:1831529‑M2/28‑49 (MQ=255)

                      cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCt                             <  1:4777611‑M2/23‑1 (MQ=255)

                      cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCt                             <  1:6552250‑M2/23‑1 (MQ=255)

                      cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCt                             <  1:2593980‑M2/23‑1 (MQ=255)

                         tgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTaaa                          <  1:496949‑M2/26‑1 (MQ=255)

                          gttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAAt                         >  1:1425811‑M2/24‑50 (MQ=255)

                           ttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATg                        <  1:5210485‑M2/28‑1 (MQ=255)

                           ttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATg                        <  1:3269785‑M2/28‑1 (MQ=255)

                            tgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATg                        >  1:3496167‑M2/22‑49 (MQ=255)

                            tgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATg                        >  1:165364‑M2/22‑49 (MQ=255)

                             gtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGt                       >  1:3378027‑M2/21‑49 (MQ=255)

                              tgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTa                      >  1:3369069‑M2/20‑49 (MQ=255)

                                cctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTa                      >  1:773663‑M2/18‑47 (MQ=255)

                                cctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAg                   <  1:6540735‑M2/33‑1 (MQ=255)

                                cctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAg                   <  1:2147047‑M2/33‑1 (MQ=255)

                                cctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAg                   <  1:2457377‑M2/33‑1 (MQ=255)

                                cctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAg                   <  1:5393211‑M2/33‑1 (MQ=255)

                                 ctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTa                      >  1:979705‑M2/17‑46 (MQ=255)

                                  tgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGa                  >  1:4036862‑M2/16‑49 (MQ=255)

                                    ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGatat               <  1:2371730‑M2/37‑1 (MQ=255)

                                    ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGatat               >  1:300634‑M2/14‑50 (MQ=255)

                                    ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGatat               <  1:506262‑M2/37‑1 (MQ=255)

                                    ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGatat               <  1:3545053‑M2/37‑1 (MQ=255)

                                    ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGat                 <  1:2430646‑M2/35‑1 (MQ=255)

                                    ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGat                 <  1:1748758‑M2/35‑1 (MQ=255)

                                    ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGat                 <  1:3196373‑M2/35‑1 (MQ=255)

                                    ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGat                 <  1:932984‑M2/35‑1 (MQ=255)

                                    ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGAAAAGata                <  1:5049349‑M2/36‑1 (MQ=255)

                                      agggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAtt              <  1:1607075‑M2/38‑1 (MQ=255)

                                      agggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAtt              <  1:4400440‑M2/38‑1 (MQ=255)

                                      agggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTg             >  1:422771‑M2/12‑50 (MQ=255)

                                      agggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTg             >  1:2547094‑M2/12‑50 (MQ=255)

                                       gggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGc            <  1:6556572‑M2/40‑1 (MQ=255)

                                       gggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGc            <  1:2504009‑M2/40‑1 (MQ=255)

                                        ggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCt           <  1:38928‑M2/41‑1 (MQ=255)

                                        ggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCt           >  1:1361478‑M2/10‑50 (MQ=255)

                                        ggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCt           >  1:2908089‑M2/10‑50 (MQ=255)

                                        ggaaggcgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCt           >  1:1952986‑M2/10‑50 (MQ=255)

                                         gaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTg          <  1:4156841‑M2/42‑1 (MQ=255)

                                          aaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGt         <  1:3752969‑M2/43‑1 (MQ=255)

                                          aaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGt         <  1:400224‑M2/43‑1 (MQ=255)

                                          aaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGt         <  1:2640137‑M2/43‑1 (MQ=255)

                                           aggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtt        >  1:4730241‑M2/7‑50 (MQ=255)

                                           aggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtt        <  1:5809680‑M2/44‑1 (MQ=255)

                                            ggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt       <  1:6316163‑M2/45‑1 (MQ=255)

                                            ggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt       <  1:848493‑M2/45‑1 (MQ=255)

                                            ggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt       >  1:5274411‑M2/6‑50 (MQ=255)

                                            ggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt       >  1:3454567‑M2/6‑50 (MQ=255)

                                            ggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGttt       <  1:4033057‑M2/45‑1 (MQ=255)

                                              tgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTa     <  1:5701334‑M2/47‑1 (MQ=255)

                                              tgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTa     <  1:2038207‑M2/47‑1 (MQ=255)

                                              tgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTa     <  1:5538964‑M2/47‑1 (MQ=255)

                                              tgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTa     >  1:1714344‑M2/4‑50 (MQ=255)

                                               gcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAt    >  1:714450‑M2/3‑50 (MQ=255)

                                                cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAt    <  1:2726681‑M2/48‑1 (MQ=255)

                                                 cttAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttg  >  1:2457814/1‑50 (MQ=255)

                                                 cttAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttg  >  1:2390229/1‑50 (MQ=255)

GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTG  >  NC_000913/688996‑689094

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 33 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 39 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`