| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,509,562 | Δ46,201 bp | [hicB]–maeA | 43 genes [hicB], ydcR, ydcS, ydcT, ydcU, ydcV, patD, yncL, ortT, ydcY, ydcZ, mnaT, curA, mcbR, yncD, yncE, ansP, yncG, yncH, rhsE, ydcD, yncO, yncI, ydcC, pptA, yddH, nhoA, yddE, narV, narW, narY, narZ, narU, yddJ, yddK, yddL, yddG, fdnG, fdnH, fdnI, yddM, adhP, maeA |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1509562 | 1555762 | 46201 | 95 [0] | [0] 95 | [hicB]–maeA | [hicB],ydcR,ydcS,ydcT,ydcU,ydcV,patD,yncL,ortT,ydcY,ydcZ,mnaT,curA,mcbR,yncD,yncE,ansP,yncG,yncH,rhsE,ydcD,yncO,yncI,ydcC,pptA,yddH,nhoA,yddE,narV,narW,narY,narZ,narU,yddJ,yddK,yddL,yddG,fdnG,fdnH,fdnI,yddM,adhP,maeA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1509561 | 0 (0.000) | 95 (1.070) | 56/98 | 0.0 | 100% | coding (54/417 nt) | hicB | antitoxin of the HicA‑HicB toxin‑antitoxin system |
| ? | NC_000913 | 1555763 = | 0 (0.000) | intergenic (‑94/+63) | maeA/sra | malate dehydrogenase, NAD‑requiring/30S ribosomal subunit protein S22 | |||||
GTCTTTGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAG > NC_000913/1555715‑1555809 | tatcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttcta > 1:186764‑M2/49‑49 (MQ=255) atcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaaa > 1:3663916‑M2/48‑50 (MQ=255) atcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaa < 1:2178638‑M2/2‑1 (MQ=255) atcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaa < 1:3628149‑M2/2‑1 (MQ=255) atcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaa < 1:5125465‑M2/2‑1 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaaa > 1:6474857‑M2/47‑49 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaaa < 1:1810741‑M2/3‑1 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctaaa > 1:3426909‑M2/47‑49 (MQ=255) tcccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAAc < 1:165444‑M2/4‑1 (MQ=255) ccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACa < 1:6443067‑M2/5‑1 (MQ=255) ccgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACa < 1:783549‑M2/5‑1 (MQ=255) cgtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaa > 1:2817268‑M2/44‑49 (MQ=255) gtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaaa < 1:5370862‑M2/8‑1 (MQ=255) gtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaaa < 1:755612‑M2/8‑1 (MQ=255) gtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaa > 1:706085‑M2/43‑49 (MQ=255) gtcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaa > 1:4482481‑M2/43‑49 (MQ=255) tcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaaaa > 1:3112783‑M2/42‑50 (MQ=255) tcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaaaa < 1:201752‑M2/9‑1 (MQ=255) tcactcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACaaaaa < 1:4825893‑M2/9‑1 (MQ=255) actcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAaca < 1:1837995‑M2/11‑1 (MQ=255) actcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAaca > 1:4490224‑M2/40‑50 (MQ=255) actcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAac < 1:799529‑M2/10‑1 (MQ=255) tcttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAacac > 1:2863792‑M2/38‑49 (MQ=255) cttacacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCa > 1:1862723‑M2/37‑50 (MQ=255) acacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCAtt < 1:5035137‑M2/16‑1 (MQ=255) acacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTg > 1:3824533‑M2/34‑50 (MQ=255) cacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgc < 1:4066305‑M2/18‑1 (MQ=255) cacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgc < 1:73757‑M2/18‑1 (MQ=255) cacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgc < 1:3940877‑M2/18‑1 (MQ=255) cacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgc < 1:3928095‑M2/18‑1 (MQ=255) cacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgc < 1:333871‑M2/18‑1 (MQ=255) cacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTg < 1:5947844‑M2/17‑1 (MQ=255) cacccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTg < 1:1431425‑M2/17‑1 (MQ=255) acccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgcg > 1:1078218‑M2/32‑50 (MQ=255) ccgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTgcg > 1:5986623‑M2/30‑48 (MQ=255) cgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAg < 1:3935103‑M2/22‑1 (MQ=255) cgcgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAg < 1:3743228‑M2/22‑1 (MQ=255) cgccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGc < 1:519474‑M2/24‑1 (MQ=255) gccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGc > 1:360158‑M2/26‑49 (MQ=255) ccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCaa > 1:1372392‑M2/25‑50 (MQ=255) ccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCaa < 1:4723264‑M2/26‑1 (MQ=255) ccggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCaa > 1:171158‑M2/25‑50 (MQ=255) cggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAAt > 1:1513431‑M2/24‑50 (MQ=255) cggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAAt > 1:2553422‑M2/24‑50 (MQ=255) cggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAAt > 1:2676846‑M2/24‑50 (MQ=255) ggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATg > 1:5788592‑M2/23‑50 (MQ=255) ggaaggcggttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATg < 1:5416975‑M2/28‑1 (MQ=255) 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ttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAAt < 1:4162592‑M2/37‑1 (MQ=255) ttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAAt < 1:2236432‑M2/37‑1 (MQ=255) ttatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAAt > 1:4061103‑M2/14‑50 (MQ=255) tatatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATc > 1:3486453‑M2/13‑50 (MQ=255) atatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATc < 1:2398648‑M2/38‑1 (MQ=255) atatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATc < 1:284355‑M2/38‑1 (MQ=255) atatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATc < 1:1538669‑M2/38‑1 (MQ=255) atatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCg > 1:1301707‑M2/12‑50 (MQ=255) atatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCg > 1:3647956‑M2/12‑50 (MQ=255) atatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCg > 1:3437785‑M2/12‑50 (MQ=255) tatggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGt < 1:5035646‑M2/40‑1 (MQ=255) atggtttctAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGt > 1:6632987‑M2/10‑49 (MQ=255) 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GTCTTTGCTTTACCGCCAGGGCGTCGGCCTCAAGTATAAAGCAGATAAAAACAAAAACACCATTGCGCAGGCAATGGTGTTTAATCGTCATTGAG > NC_000913/1555715‑1555809 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |