| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 106 [0] | [0] 105 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 101 (1.160) | 61/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATTACGGGTGAAAAACTGATGAAATTCGATCAAAGTTGCGATTTGATAAA > NC_000913/2101347‑2101444 | tattaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:3224826‑M1/1‑50 (MQ=255) attaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg > 1:342793‑M1/1‑49 (MQ=255) attaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT < 1:5984976‑M1/49‑1 (MQ=255) ttaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgt < 1:4664525‑M1/50‑3 (MQ=255) ttaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg < 1:5692851‑M1/49‑2 (MQ=255) ttaAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg < 1:5329663‑M1/49‑2 (MQ=255) aaaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtct > 1:2976687‑M1/1‑46 (MQ=255) aaaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtc < 1:5619551‑M1/49‑4 (MQ=255) aaGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtct < 1:3479304‑M1/49‑5 (MQ=255) aGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcc < 1:6153387‑M1/50‑7 (MQ=255) aGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcc < 1:6061337‑M1/50‑7 (MQ=255) aGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc > 1:4441409‑M1/1‑44 (MQ=255) aGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc > 1:2926723‑M1/1‑44 (MQ=255) gTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca > 1:1560920‑M1/1‑43 (MQ=255) gTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca > 1:6121056‑M1/1‑43 (MQ=255) gTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca < 1:4015686‑M1/50‑8 (MQ=255) gTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca > 1:4280650‑M1/1‑43 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat < 1:3479648‑M1/50‑11 (MQ=255) taAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca < 1:5933702‑M1/49‑10 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc < 1:5560229‑M1/50‑13 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc < 1:723304‑M1/50‑13 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc < 1:4604132‑M1/50‑13 (MQ=255) aaTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg < 1:5904405‑M1/49‑12 (MQ=255) aTAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc > 1:3099749‑M1/1‑37 (MQ=255) tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga > 1:129779‑M1/1‑36 (MQ=255) tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga > 1:561364‑M1/1‑36 (MQ=255) tAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga > 1:1552892‑M1/1‑36 (MQ=255) aGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga > 1:1489221‑M1/1‑35 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgata > 1:5039338‑M1/1‑34 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat > 1:3399436‑M1/1‑33 (MQ=255) tATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt > 1:1635726‑M1/1‑31 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttc > 1:3429440‑M1/1‑30 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttc > 1:3155734‑M1/1‑30 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatt < 1:2509649‑M1/48‑19 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatt < 1:5400775‑M1/48‑19 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatt < 1:3826614‑M1/48‑19 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct < 1:2783840‑M1/50‑22 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct > 1:5219176‑M1/1‑29 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct < 1:3577155‑M1/50‑22 (MQ=255) ccATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct > 1:3379171‑M1/1‑28 (MQ=255) ccATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct > 1:4145998‑M1/1‑28 (MQ=255) ccATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct > 1:5359693‑M1/1‑28 (MQ=255) ccATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct > 1:5951075‑M1/1‑28 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctta < 1:5433868‑M1/50‑24 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt > 1:3518338‑M1/1‑27 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt > 1:2724730‑M1/1‑27 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt < 1:2694202‑M1/49‑23 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt > 1:2509663‑M1/1‑27 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt > 1:1535658‑M1/1‑27 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt > 1:456790‑M1/1‑27 (MQ=255) aTGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaa < 1:4841848‑M1/50‑25 (MQ=255) aTGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaa < 1:6700001‑M1/50‑25 (MQ=255) aTGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaa < 1:5621879‑M1/50‑25 (MQ=255) tGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa > 1:1336813‑M1/1‑25 (MQ=255) tGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa < 1:131603‑M1/50‑26 (MQ=255) gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa > 1:3520169‑M1/1‑24 (MQ=255) gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa > 1:5178565‑M1/1‑24 (MQ=255) cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaat > 1:5529264‑M1/1‑23 (MQ=255) ttATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa > 1:4338763‑M1/1‑22 (MQ=255) ttATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa > 1:5759033‑M1/1‑22 (MQ=255) tataTGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataat > 1:6458985‑M1/1‑21 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatg > 1:78806‑M1/1‑20 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatg > 1:3026212‑M1/1‑20 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatg > 1:6305442‑M1/1‑20 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataat < 1:6161590‑M1/49‑30 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa < 1:3508000‑M1/48‑29 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa < 1:4798929‑M1/48‑29 (MQ=255) tatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgt > 1:4256701‑M1/1‑19 (MQ=255) tatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatg < 1:1694254‑M1/49‑31 (MQ=255) atGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt > 1:2168750‑M1/1‑18 (MQ=255) atGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt > 1:1394515‑M1/1‑18 (MQ=255) tGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt > 1:6337220‑M1/1‑17 (MQ=255) tGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt < 1:76321‑M1/49‑33 (MQ=255) tGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt < 1:3141759‑M1/49‑33 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttt < 1:4927279‑M1/49‑35 (MQ=255) tACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttat > 1:838594‑M1/1‑13 (MQ=255) tACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttat > 1:4713226‑M1/1‑13 (MQ=255) tACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttat > 1:5357370‑M1/1‑13 (MQ=255) aCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatt < 1:2438162‑M1/49‑38 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat < 1:1068246‑M1/50‑40 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat < 1:3047997‑M1/50‑40 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat > 1:5699033‑M1/1‑11 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatta < 1:6699890‑M1/49‑39 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttatta < 1:1937156‑M1/49‑39 (MQ=255) ggCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattat > 1:2620760‑M1/1‑10 (MQ=255) cTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattac > 1:1537871‑M1/1‑8 (MQ=255) tttATATgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattac > 1:4225119‑M1/1‑7 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccac > 1:1316022‑M1/1‑5 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccac > 1:3700251‑M1/1‑5 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattacca < 1:3674213‑M1/49‑45 (MQ=255) atatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccac < 1:2035430‑M1/49‑46 (MQ=255) atatgtccccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccac < 1:3728222‑M1/49‑46 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccactt < 1:1069520‑M1/50‑48 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccactt > 1:3078681‑M1/1‑3 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccactt > 1:5273048‑M1/1‑3 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccact < 1:3534750‑M1/49‑47 (MQ=255) atgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt > 1:333020‑M1/1‑2 (MQ=255) tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt > 1:1994179‑M1/1‑1 (MQ=255) tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt < 1:3278309‑M1/49‑49 (MQ=255) tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttttattattaccacttt > 1:4411519‑M1/1‑1 (MQ=255) | TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATTACGGGTGAAAAACTGATGAAATTCGATCAAAGTTGCGATTTGATAAA > NC_000913/2101347‑2101444 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |