| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 106 [0] | [0] 105 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 101 (1.160) | 61/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137669‑2137766 | attaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatg > 1:342793‑M2/50‑50 (MQ=255) ttaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatg < 1:5329663‑M2/1‑1 (MQ=255) ttaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatg < 1:5692851‑M2/1‑1 (MQ=255) ttaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGt < 1:4664525‑M2/2‑1 (MQ=255) aaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtct > 1:2976687‑M2/47‑50 (MQ=255) aaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtc < 1:5619551‑M2/3‑1 (MQ=255) aagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtct < 1:3479304‑M2/4‑1 (MQ=255) agtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc > 1:2926723‑M2/45‑49 (MQ=255) agtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc > 1:4441409‑M2/45‑49 (MQ=255) agtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTcc < 1:6061337‑M2/6‑1 (MQ=255) agtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTcc < 1:6153387‑M2/6‑1 (MQ=255) gtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCca > 1:1560920‑M2/44‑50 (MQ=255) gtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCca > 1:6121056‑M2/44‑50 (MQ=255) gtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCca > 1:4280650‑M2/44‑50 (MQ=255) gtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCca < 1:4015686‑M2/7‑1 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcaca < 1:5933702‑M2/9‑1 (MQ=255) taaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACAt < 1:3479648‑M2/10‑1 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg < 1:3776434‑M2/11‑1 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg < 1:5904405‑M2/11‑1 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGc < 1:3238332‑M2/12‑1 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGc < 1:5560229‑M2/12‑1 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGc < 1:4604132‑M2/12‑1 (MQ=255) aatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGc < 1:723304‑M2/12‑1 (MQ=255) atagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGc > 1:3099749‑M2/38‑49 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:561364‑M2/37‑50 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:129779‑M2/37‑50 (MQ=255) tagcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:1552892‑M2/37‑50 (MQ=255) agcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:1489221‑M2/36‑49 (MQ=255) gcttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGata > 1:5039338‑M2/35‑50 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat > 1:3399436‑M2/34‑50 (MQ=255) tatccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt > 1:1635726‑M2/32‑50 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAtt < 1:3826614‑M2/18‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAtt < 1:5400775‑M2/18‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTc > 1:3155734‑M2/31‑50 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt < 1:2783840‑M2/21‑1 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt < 1:3577155‑M2/21‑1 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt > 1:5219176‑M2/30‑50 (MQ=255) ccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt > 1:4145998‑M2/29‑49 (MQ=255) ccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt > 1:5359693‑M2/29‑49 (MQ=255) ccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt > 1:3379171‑M2/29‑49 (MQ=255) ccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt > 1:5951075‑M2/29‑49 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCtt > 1:3518338‑M2/28‑49 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCtt > 1:1535658‑M2/28‑49 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCtt > 1:2724730‑M2/28‑49 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCtt < 1:2694202‑M2/22‑1 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCtt > 1:2509663‑M2/28‑49 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTa < 1:5433868‑M2/23‑1 (MQ=255) atgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaa < 1:4841848‑M2/24‑1 (MQ=255) atgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaa < 1:6700001‑M2/24‑1 (MQ=255) tgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa < 1:131603‑M2/25‑1 (MQ=255) tgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa > 1:1336813‑M2/26‑50 (MQ=255) gcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa > 1:5178565‑M2/25‑49 (MQ=255) gcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa > 1:3520169‑M2/25‑49 (MQ=255) cttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaat > 1:5529264‑M2/24‑49 (MQ=255) ttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa > 1:5142613‑M2/23‑50 (MQ=255) ttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa > 1:4338763‑M2/23‑50 (MQ=255) ttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa > 1:5759033‑M2/23‑50 (MQ=255) tatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataat > 1:6458985‑M2/22‑50 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataat < 1:6161590‑M2/29‑1 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa < 1:3508000‑M2/28‑1 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa < 1:4798929‑M2/28‑1 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATg > 1:6305442‑M2/21‑50 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATg > 1:78806‑M2/21‑50 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATg > 1:3026212‑M2/21‑50 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATg < 1:1694254‑M2/30‑1 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGt > 1:4256701‑M2/20‑50 (MQ=255) atgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtt > 1:1394515‑M2/19‑50 (MQ=255) atgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtt > 1:2168750‑M2/19‑50 (MQ=255) tgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGttt > 1:6337220‑M2/18‑50 (MQ=255) tgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtt < 1:3141759‑M2/32‑1 (MQ=255) tgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtt < 1:76321‑M2/32‑1 (MQ=255) cttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtttt < 1:4927279‑M2/34‑1 (MQ=255) tacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttat > 1:838594‑M2/14‑49 (MQ=255) tacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttat > 1:4713226‑M2/14‑49 (MQ=255) tacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttat > 1:5357370‑M2/14‑49 (MQ=255) acggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatta > 1:5910000‑M2/13‑50 (MQ=255) acggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatt < 1:2438162‑M2/37‑1 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat < 1:1068246‑M2/39‑1 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat < 1:3047997‑M2/39‑1 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat > 1:5699033‑M2/12‑50 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatta < 1:6699890‑M2/38‑1 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttatta < 1:1937156‑M2/38‑1 (MQ=255) ggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTttattat > 1:2620760‑M2/11‑49 (MQ=255) ctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAc > 1:1537871‑M2/9‑50 (MQ=255) tttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAc > 1:4225119‑M2/8‑49 (MQ=255) tatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCa < 1:3674213‑M2/44‑1 (MQ=255) tatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCa < 1:2052981‑M2/44‑1 (MQ=255) tatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAc > 1:1316022‑M2/6‑50 (MQ=255) tatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAc > 1:3700251‑M2/6‑50 (MQ=255) atatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAc < 1:2035430‑M2/45‑1 (MQ=255) atatGTCCCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAc < 1:3728222‑M2/45‑1 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACtt > 1:3078681‑M2/4‑50 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACtt < 1:1069520‑M2/47‑1 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACtt > 1:5273048‑M2/4‑50 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACt < 1:3534750‑M2/46‑1 (MQ=255) atGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt > 1:333020‑M2/3‑50 (MQ=255) tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt > 1:1994179‑M2/2‑49 (MQ=255) tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt < 1:3278309‑M2/48‑1 (MQ=255) tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACttt > 1:4411519‑M2/2‑49 (MQ=255) gtCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACtttt > 1:2766111/1‑49 (MQ=255) | TCAATATGGTTTTTAGGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137669‑2137766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |