| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,388,889 | Δ9,734 bp | ycjG–[uspE] | ycjG, mpaA, ymjC, ymjD, ycjY, pgrR, mppA, ynaI, insH‑4, ynaJ, [uspE] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1388889 | 1398622 | 9734 | 83 [0] | [0] 85 | ycjG–[uspE] | ycjG,mpaA,ymjC,ymjD,ycjY,pgrR,mppA,ynaI,insH‑4,ynaJ,[uspE] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1388888 | 0 (0.000) | 83 (0.960) | 54/96 | 0.0 | 100% | intergenic (‑77/‑42) | tpx/ycjG | lipid hydroperoxide peroxidase/L‑Ala‑D/L‑Glu epimerase |
| ? | NC_000913 | 1398623 = | 0 (0.000) | intergenic (‑1/+151) | uspE/fnr | universal stress protein with a role cellular motility/DNA‑binding transcriptional dual regulator FNR | |||||
CGTCCTGGTTAGGATCGATAACAACGAGCATGTTCTGATACATAGCCATACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGATT > NC_000913/1398574‑1398671 | acgtcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctatta > 1:5941511‑M2/50‑50 (MQ=255) cgtcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctatta > 1:324931‑M2/49‑49 (MQ=255) cgtcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctatta > 1:6183895‑M2/49‑49 (MQ=255) cgtcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctatta > 1:2528283‑M2/49‑49 (MQ=255) cgtcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctatta > 1:2401904‑M2/49‑49 (MQ=255) gtcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctatta > 1:4721531‑M2/48‑48 (MQ=255) tcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAg > 1:851219‑M2/47‑50 (MQ=255) cacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAgg > 1:5926207‑M2/46‑50 (MQ=255) acacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAggg < 1:5398530‑M2/6‑1 (MQ=255) acacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAggg > 1:2703950‑M2/45‑50 (MQ=255) acacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAggg < 1:4834229‑M2/6‑1 (MQ=255) acctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtc < 1:3498243‑M2/8‑1 (MQ=255) acctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtc > 1:612504‑M2/43‑50 (MQ=255) ctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtctc < 1:1984293‑M2/10‑1 (MQ=255) tagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTcc > 1:4376788‑M2/40‑50 (MQ=255) tagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTcc > 1:2359921‑M2/40‑50 (MQ=255) agtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt > 1:4559274‑M2/39‑50 (MQ=255) agtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt > 1:2842796‑M2/39‑50 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTcc < 1:6339488‑M2/11‑1 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTcc < 1:5949204‑M2/11‑1 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTcc < 1:2912583‑M2/11‑1 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCtt < 1:4786579‑M2/13‑1 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt > 1:20058‑M2/38‑49 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt > 1:4965045‑M2/38‑49 (MQ=255) tatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTac > 1:421785‑M2/35‑49 (MQ=255) tatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTac < 1:3992191‑M2/15‑1 (MQ=255) atgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaa > 1:2343468‑M2/34‑50 (MQ=255) atgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTaca < 1:5917959‑M2/16‑1 (MQ=255) atgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTaca < 1:5753790‑M2/16‑1 (MQ=255) tgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaa < 1:1581092‑M2/17‑1 (MQ=255) tgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaa > 1:4726273‑M2/33‑49 (MQ=255) gctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaac > 1:239825‑M2/32‑49 (MQ=255) ctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTAcaacaa > 1:6258105‑M2/31‑50 (MQ=255) aactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACt > 1:6423044‑M2/29‑50 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACt < 1:1399732‑M2/22‑1 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACt < 1:4316238‑M2/22‑1 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTg < 1:5270605‑M2/23‑1 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTg < 1:2111753‑M2/23‑1 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTAAAACAACt < 1:1006462‑M2/22‑1 (MQ=255) tgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGt > 1:1883081‑M2/26‑49 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctcttACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCaa > 1:4923801‑M2/24‑50 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCa < 1:5406183‑M2/26‑1 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCa < 1:1295576‑M2/26‑1 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCa < 1:1936860‑M2/26‑1 (MQ=255) caataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAAc > 1:385361‑M2/23‑50 (MQ=255) caataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAAc > 1:3365768‑M2/23‑50 (MQ=255) aataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAAc < 1:4581256‑M2/28‑1 (MQ=255) aataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAAc < 1:4466204‑M2/28‑1 (MQ=255) aataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAAc < 1:352117‑M2/28‑1 (MQ=255) aataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACg < 1:1971124‑M2/29‑1 (MQ=255) ataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGc < 1:4016794‑M2/30‑1 (MQ=255) ataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGc < 1:1621116‑M2/30‑1 (MQ=255) ataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGc < 1:701561‑M2/30‑1 (MQ=255) ataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGc < 1:1504413‑M2/30‑1 (MQ=255) taacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCa < 1:6282321‑M2/31‑1 (MQ=255) taacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCa < 1:1228365‑M2/31‑1 (MQ=255) taacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGCCAACGCa < 1:5146267‑M2/31‑1 (MQ=255) aacacagcaaacgctattCCAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAg > 1:522102‑M2/19‑50 (MQ=255) acacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAg < 1:1578865‑M2/32‑1 (MQ=255) acacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGt > 1:1607064‑M2/18‑50 (MQ=255) cacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGtt < 1:5013234‑M2/34‑1 (MQ=255) cacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGtt > 1:2768882‑M2/17‑50 (MQ=255) acagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGttt < 1:5380594‑M2/35‑1 (MQ=255) acagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGttt < 1:1992675‑M2/35‑1 (MQ=255) acagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGttt < 1:3203862‑M2/35‑1 (MQ=255) cagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTg < 1:3691427‑M2/36‑1 (MQ=255) agcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTg > 1:5307466‑M2/14‑49 (MQ=255) gcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGt > 1:60068‑M2/13‑49 (MQ=255) caaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTaa > 1:4533282‑M2/12‑50 (MQ=255) aaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAt < 1:5740243‑M2/40‑1 (MQ=255) aacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAtt < 1:4388026‑M2/41‑1 (MQ=255) aacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAt > 1:5823463‑M2/10‑49 (MQ=255) aacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAt > 1:1291620‑M2/10‑49 (MQ=255) acgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAtt > 1:5513811‑M2/9‑49 (MQ=255) acgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAtt > 1:5419713‑M2/9‑49 (MQ=255) gctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaaa < 1:5729849‑M2/44‑1 (MQ=255) gctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaa > 1:6545704‑M2/7‑49 (MQ=255) ctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaa > 1:5026030‑M2/6‑48 (MQ=255) attACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaa > 1:3459381‑M2/4‑46 (MQ=255) ttACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAg < 1:196679‑M2/46‑1 (MQ=255) ttACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAg < 1:1961482‑M2/46‑1 (MQ=255) ttACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAg < 1:98511‑M2/46‑1 (MQ=255) ttACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAt < 1:4539653‑M2/48‑1 (MQ=255) aCAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAtt < 1:5884879/49‑1 (MQ=255) aCAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAtt < 1:6633979/49‑1 (MQ=255) | CGTCCTGGTTAGGATCGATAACAACGAGCATGTTCTGATACATAGCCATACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGATT > NC_000913/1398574‑1398671 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |