| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,320,144 | Δ16,489 bp | [atoS]–[yfaA] | [atoS], atoC, atoD, atoA, atoE, atoB, yfaP, yfaQ, yfaS, yfaT, [yfaA] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2320144 | 2336632 | 16489 | 115 [0] | [0] 114 | [atoS]–[yfaA] | [atoS],atoC,atoD,atoA,atoE,atoB,yfaP,yfaQ,yfaS,yfaT,[yfaA] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2320143 | 0 (0.000) | 111 (1.280) | 69/96 | 0.0 | 100% | coding (101/1827 nt) | atoS | sensory histidine kinase AtoS |
| ? | NC_000913 | 2336633 = | 0 (0.000) | coding (12/1689 nt) | yfaA | DUF2138 domain‑containing protein YfaA | |||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
TTGCGCCAAAACCTACAAGACCATAGAACCGCCAGCCTTTCGCCTTTTTTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTACG > NC_000913/2336584‑2336681 | tgatggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatt > 1:6093380‑M2/50‑50 (MQ=255)tgatggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatt > 1:5960057‑M2/50‑50 (MQ=255)tgatggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatt > 1:131483‑M2/50‑50 (MQ=255) atggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatattt < 1:2909201‑M2/2‑1 (MQ=255) atggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatattt < 1:1317087‑M2/2‑1 (MQ=255) atggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatt < 1:5382716‑M2/1‑1 (MQ=255) atggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattagttatatTTc < 1:6425730‑M2/3‑1 (MQ=255) tggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTca < 1:3885507‑M2/4‑1 (MQ=255) tggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTca > 1:3632288‑M2/47‑50 (MQ=255) tggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTca < 1:3926633‑M2/4‑1 (MQ=255) tggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTca > 1:3467414‑M2/47‑50 (MQ=255) tggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTca > 1:667585‑M2/47‑50 (MQ=255) gcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcacc < 1:3908499‑M2/6‑1 (MQ=255) gcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcacc < 1:2180597‑M2/6‑1 (MQ=255) gcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcac > 1:1410261‑M2/45‑49 (MQ=255) gcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcac < 1:5953951‑M2/5‑1 (MQ=255) gcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcac > 1:4782229‑M2/45‑49 (MQ=255) caatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcacca > 1:243416‑M2/44‑50 (MQ=255) aatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcaccac > 1:1587612‑M2/43‑50 (MQ=255) aatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcaccac > 1:513131‑M2/43‑50 (MQ=255) aatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcaccac > 1:6567482‑M2/43‑50 (MQ=255) atcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACt > 1:2791212‑M2/42‑50 (MQ=255) atcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACt < 1:4646370‑M2/9‑1 (MQ=255) atcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACt > 1:5957100‑M2/42‑50 (MQ=255) tcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACt > 1:242651‑M2/41‑49 (MQ=255) tcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACt > 1:866887‑M2/41‑49 (MQ=255) tcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTc < 1:813754‑M2/10‑1 (MQ=255) ctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCa < 1:4179997‑M2/11‑1 (MQ=255) tgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAtt > 1:1489821‑M2/38‑50 (MQ=255) gatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTg > 1:3687718‑M2/37‑50 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAtt < 1:2757349‑M2/13‑1 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAtt < 1:4644023‑M2/13‑1 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAtt < 1:5256756‑M2/13‑1 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTg < 1:19147‑M2/14‑1 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTg < 1:1119122‑M2/14‑1 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGc > 1:804966‑M2/36‑50 (MQ=255) gtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCcac < 1:4196511‑M2/18‑1 (MQ=255) gtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCca < 1:174222‑M2/17‑1 (MQ=255) gtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCca < 1:4988878‑M2/17‑1 (MQ=255) tcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCcaca > 1:5905415‑M2/32‑50 (MQ=255) tcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCcaca < 1:4319150‑M2/19‑1 (MQ=255) tcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCcaca < 1:3919516‑M2/19‑1 (MQ=255) cattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACAt > 1:1828925‑M2/31‑50 (MQ=255) cattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACAt > 1:5975638‑M2/31‑50 (MQ=255) attgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACAtt > 1:4828689‑M2/30‑50 (MQ=255) attgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACAt < 1:5124242‑M2/20‑1 (MQ=255) attgtcccaacgcttactatgggttatatTTCACCACTCATTGCCACAtt < 1:5839535‑M2/21‑1 (MQ=255) ttgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTc > 1:3702282‑M2/29‑50 (MQ=255) ttgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTc < 1:3516881‑M2/22‑1 (MQ=255) tcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCtt < 1:1299163‑M2/25‑1 (MQ=255) tcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCt < 1:6427101‑M2/24‑1 (MQ=255) tcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCt < 1:3803617‑M2/24‑1 (MQ=255) tcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCt < 1:860432‑M2/24‑1 (MQ=255) cccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtg > 1:5591220‑M2/25‑50 (MQ=255) ccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtgt > 1:4189785‑M2/24‑50 (MQ=255) ccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtgt < 1:1870040‑M2/27‑1 (MQ=255) caacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtgtg > 1:4096273‑M2/23‑50 (MQ=255) caacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtgtg < 1:2229596‑M2/28‑1 (MQ=255) aacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtgtg > 1:6746187‑M2/22‑49 (MQ=255) aacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTgtgt < 1:4651672‑M2/29‑1 (MQ=255) acgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGta > 1:4656561‑M2/21‑50 (MQ=255) cgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGta > 1:3541397‑M2/20‑49 (MQ=255) gcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGtata < 1:2255360‑M2/32‑1 (MQ=255) gcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGtata < 1:2636948‑M2/32‑1 (MQ=255) cttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATag > 1:692266‑M2/18‑50 (MQ=255) cttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATag > 1:5502714‑M2/18‑50 (MQ=255) cttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATag < 1:539829‑M2/33‑1 (MQ=255) cttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATag > 1:3367159‑M2/18‑50 (MQ=255) cttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATag < 1:4569834‑M2/33‑1 (MQ=255) tactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagc > 1:3299680‑M2/16‑49 (MQ=255) actattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagcc < 1:1487926‑M2/35‑1 (MQ=255) actattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagcc < 1:6252051‑M2/35‑1 (MQ=255) actattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagc > 1:314547‑M2/15‑48 (MQ=255) actattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagc > 1:1973840‑M2/15‑48 (MQ=255) ctattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagcca < 1:1052658‑M2/36‑1 (MQ=255) ctattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagcca < 1:4198638‑M2/36‑1 (MQ=255) ctattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagcca < 1:3446542‑M2/36‑1 (MQ=255) tattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccagc > 1:3885383‑M2/13‑50 (MQ=255) ttggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccagcc < 1:1884456‑M2/39‑1 (MQ=255) ttggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccagcc < 1:1219095‑M2/39‑1 (MQ=255) ttggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccagcc < 1:608665‑M2/39‑1 (MQ=255) ttggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAgccagcca < 1:279531‑M2/40‑1 (MQ=255) tggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAt > 1:2501836‑M2/10‑50 (MQ=255) tggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAt > 1:169014‑M2/10‑50 (MQ=255) ggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCTAGCCAtt > 1:3938528‑M2/9‑50 (MQ=255) ggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtt > 1:3207938‑M2/9‑50 (MQ=255) gttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttt > 1:108208‑M2/8‑50 (MQ=255) gttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtt < 1:6580699‑M2/42‑1 (MQ=255) ttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtttt < 1:4676266‑M2/44‑1 (MQ=255) ttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtttt > 1:4070219‑M2/7‑50 (MQ=255) tatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttttt > 1:5086474‑M2/6‑50 (MQ=255) tatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttttt > 1:5011998‑M2/6‑50 (MQ=255) atatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttttt < 1:4914414‑M2/45‑1 (MQ=255) tatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtttttt < 1:3532259‑M2/46‑1 (MQ=255) tatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTa > 1:5767793‑M2/4‑50 (MQ=255) atTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTAc > 1:5564051‑M2/3‑50 (MQ=255) atTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTAc > 1:4023868‑M2/3‑50 (MQ=255) tTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTACg < 1:6143442‑M2/49‑1 (MQ=255) tTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTACg < 1:3112345‑M2/49‑1 (MQ=255) tTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTACg > 1:1526828‑M2/2‑50 (MQ=255) | TTGCGCCAAAACCTACAAGACCATAGAACCGCCAGCCTTTCGCCTTTTTTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTACG > NC_000913/2336584‑2336681 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |