| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,184,782 | Δ6,916 bp | ubiK–yqiI | ubiK, ygiL, yqiG, insC‑5, insD‑5, yqiG, yqiH, yqiI | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3184782 | 3191697 | 6916 | 96 [0] | [0] 96 | ubiK–yqiI | ubiK,ygiL,yqiG,insC‑5,insD‑5,yqiG,yqiH,yqiI |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3184781 | 0 (0.000) | 91 (1.050) | 60/96 | 0.0 | 100% | intergenic (‑315/‑59) | ribB/ubiK | 3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase/ubiquinone biosynthesis accessory factor UbiK |
| ? | NC_000913 | 3191698 = | 0 (0.000) | intergenic (+2/+41) | yqiI/glgS | putative fimbrial protein YqiI/surface composition regulator | |||||
GAGGGACCGTTTAGTAAAGACGTAATCCTGAAAATCACCTATAACTAGTATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGCCCGTTATATCAGTGCTC > NC_000913/3191649‑3191747 | gctaatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttata > 1:904198‑M2/50‑50 (MQ=255) ctaatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatat < 1:890447‑M2/2‑1 (MQ=255) ctaatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatat < 1:3907122‑M2/2‑1 (MQ=255) ctaatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatat > 1:4619999‑M2/49‑50 (MQ=255) ctaatgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatat > 1:186911‑M2/49‑50 (MQ=255) atgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATc < 1:79409‑M2/3‑1 (MQ=255) atgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATc < 1:1820647‑M2/3‑1 (MQ=255) atgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCt < 1:3118154‑M2/4‑1 (MQ=255) atgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCt < 1:5747020‑M2/4‑1 (MQ=255) atgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCt < 1:5043981‑M2/4‑1 (MQ=255) tgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTaa < 1:3867158‑M2/6‑1 (MQ=255) tgattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTaa > 1:6680388‑M2/45‑50 (MQ=255) gattagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTaa > 1:1757585‑M2/44‑49 (MQ=255) attagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAAt < 1:1263699‑M2/7‑1 (MQ=255) attagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa < 1:3434987‑M2/8‑1 (MQ=255) attagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa < 1:6526541‑M2/8‑1 (MQ=255) attagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa > 1:6220927‑M2/43‑50 (MQ=255) attagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa > 1:3314009‑M2/43‑50 (MQ=255) ttagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATa > 1:4127219‑M2/42‑49 (MQ=255) tagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATAc > 1:492902‑M2/41‑49 (MQ=255) tagcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATAc > 1:3526122‑M2/41‑49 (MQ=255) agcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACa < 1:3958214‑M2/10‑1 (MQ=255) agcggcagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACa > 1:1523056‑M2/40‑49 (MQ=255) 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cagcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACt < 1:474937‑M2/16‑1 (MQ=255) agcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACt > 1:3489103‑M2/34‑49 (MQ=255) agcaacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTa < 1:991922‑M2/17‑1 (MQ=255) caacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTaaa < 1:6480490‑M2/19‑1 (MQ=255) aacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTaaaa < 1:3487100‑M2/20‑1 (MQ=255) aacgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTaaaa < 1:6494490‑M2/20‑1 (MQ=255) acgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAAc < 1:564552‑M2/21‑1 (MQ=255) acgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAAc < 1:5288502‑M2/21‑1 (MQ=255) cgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACg > 1:3827928‑M2/29‑50 (MQ=255) cgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACg < 1:598337‑M2/22‑1 (MQ=255) cgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACg > 1:3333497‑M2/29‑50 (MQ=255) cgcatagcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACg > 1:1774871‑M2/29‑50 (MQ=255) 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gcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCAt > 1:3554038‑M2/23‑50 (MQ=255) gcttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCAt < 1:4465582‑M2/28‑1 (MQ=255) cttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCAt > 1:4704651‑M2/22‑49 (MQ=255) cttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCAt > 1:641524‑M2/22‑49 (MQ=255) cttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATc < 1:6313837‑M2/29‑1 (MQ=255) ttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCAt > 1:5462081‑M2/21‑48 (MQ=255) ttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCAt > 1:76064‑M2/21‑48 (MQ=255) ttcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCAt > 1:2991044‑M2/21‑48 (MQ=255) tcacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAg > 1:1187120‑M2/20‑50 (MQ=255) cacataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAgg > 1:1781601‑M2/19‑50 (MQ=255) acataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAgg < 1:2899743‑M2/32‑1 (MQ=255) acataattctggtttatATCTAATACAAACACTAAAACGGGCCATCAGGc > 1:5920360‑M2/18‑50 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |