| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,197,137 | 25956 bp→CAGATAATTCAA | [ymfD]–[ymgI] | 42 genes [ymfD], ymfE, lit, intE, xisE, ymfH, ymfI, ymfJ, ymfK, ymfT, ymfL, ymfM, oweE, ymfN, aaaE, ymfR, beeE, jayE, ymfQ, ycfK, tfaP, tfaE, stfE, pinE, mcrA, icdC, iraM, ymgK, ymgL, ycgX, bluR, bluF, ycgZ, ymgA, ariR, ymgC, pdeG, ymgF, ycgH, ymgD, ymgG, [ymgI] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1197137 | 1223092 | 25956 | 114 [0] | [0] 125 | [ymfD]–[ymgI] | [ymfD],ymfE,lit,intE,xisE,ymfH,ymfI,ymfJ,ymfK,ymfT,ymfL,ymfM,oweE,ymfN,aaaE,ymfR,beeE,jayE,ymfQ,ycfK,tfaP,tfaE,stfE,pinE,mcrA,icdC,iraM,ymgK,ymgL,ycgX,bluR,bluF,ycgZ,ymgA,ariR,ymgC,pdeG,ymgF,ycgH,ymgD,ymgG,[ymgI] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1197136 | 0 (0.000) | 91 (1.240) +CAGATAATTCAA |
46/74 | 0.0 | 100% | coding (397/666 nt) | ymfD | e14 prophage; putative SAM‑dependent methyltransferase |
| ? | NC_000913 | 1223093 = | 0 (0.000) | coding (71/174 nt) | ymgI | uncharacterized protein YmgI | |||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
ATAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATTTTGTCGATTGTATCCCGACAAGGAACGGCAGAGAGAACATTAGAGCAA > NC_000913/1197087‑1197185 | aTAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt < 1:6757548/50‑1 (MQ=255)aTAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 1:3277952/1‑50 (MQ=255) tAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTAt > 1:1675945/1‑49 (MQ=255) agTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagat < 1:6975268‑M1/50‑6 (MQ=255) agTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcaga > 1:5195068‑M1/1‑45 (MQ=255) gTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagata < 1:1054379‑M1/50‑7 (MQ=255) gTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagata < 1:1402931‑M1/50‑7 (MQ=255) tctcACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataa > 1:3107856‑M1/1‑43 (MQ=255) tctcACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataa > 1:2827230‑M1/1‑43 (MQ=255) ctcACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataat > 1:7402136‑M1/1‑42 (MQ=255) tcACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataatt > 1:6085014‑M1/1‑41 (MQ=255) tcACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataatt > 1:4561339‑M1/1‑41 (MQ=255) cACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataatt > 1:7490364‑M1/1‑40 (MQ=255) aCCTCCTGATTTTAGTATTCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattc < 1:5928483‑M1/49‑11 (MQ=255) aCCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattca < 1:6818686‑M1/50‑12 (MQ=255) aCCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattca < 1:2728058‑M1/50‑12 (MQ=255) aCCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattc > 1:3834405‑M1/1‑39 (MQ=255) aCCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattc > 1:5059593‑M1/1‑39 (MQ=255) cctcctGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattca > 1:409303‑M1/1‑38 (MQ=255) cctcctGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattca > 1:1400133‑M1/1‑38 (MQ=255) ctcctGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaa < 1:1538107‑M1/50‑14 (MQ=255) ctcctGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaa < 1:2795216‑M1/50‑14 (MQ=255) tcctGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaag > 1:664847‑M1/1‑36 (MQ=255) tcctGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaag > 1:4668629‑M1/1‑36 (MQ=255) tcctGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaag > 1:6270458‑M1/1‑36 (MQ=255) tcctGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaag > 1:6427938‑M1/1‑36 (MQ=255) ctGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcg < 1:4570932‑M1/50‑17 (MQ=255) gATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAATTATcagataattccaagcgcg > 1:3492728‑M1/1‑32 (MQ=255) gATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtg > 1:5487779‑M1/1‑32 (MQ=255) ttttAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggc > 1:4538005‑M1/1‑30 (MQ=255) tttAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggct > 1:5488733‑M1/1‑29 (MQ=255) tttAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggct > 1:7049404‑M1/1‑29 (MQ=255) ttAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctg > 1:3571331‑M1/1‑28 (MQ=255) ttAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctg > 1:1584651‑M1/1‑28 (MQ=255) ttAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctg > 1:158458‑M1/1‑28 (MQ=255) ttAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctg > 1:2304419‑M1/1‑28 (MQ=255) ttAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctg > 1:4428312‑M1/1‑28 (MQ=255) tAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgt > 1:43522‑M1/1‑27 (MQ=255) tAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctg < 1:7280592‑M1/49‑23 (MQ=255) aGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgt > 1:6589951‑M1/1‑26 (MQ=255) aGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgt < 1:5468563‑M1/49‑24 (MQ=255) tAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgat > 1:7488758‑M1/1‑24 (MQ=255) tAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgat < 1:2479406‑M1/50‑27 (MQ=255) tAATCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgat > 1:752846‑M1/1‑24 (MQ=255) tAATCTCTTGACGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgat < 1:517556‑M1/50‑27 (MQ=255) aTCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatga > 1:1253899‑M1/1‑22 (MQ=255) aTCTCTTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatg < 1:5028367‑M1/49‑28 (MQ=255) tctTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatag > 1:4605901‑M1/1‑19 (MQ=255) ctTGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatag > 1:4918477‑M1/1‑18 (MQ=255) ttGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatagg > 1:894888‑M1/1‑17 (MQ=255) ttGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatag < 1:3889004‑M1/48‑32 (MQ=255) ttGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatag < 1:2956472‑M1/48‑32 (MQ=255) ttGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatag < 1:3498515‑M1/48‑32 (MQ=255) ttGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgata < 1:395213‑M1/47‑31 (MQ=255) tGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaa > 1:4385537‑M1/1‑16 (MQ=255) tGATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaa > 1:5111614‑M1/1‑16 (MQ=255) gATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaat > 1:1321306‑M1/1‑15 (MQ=255) gATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaat > 1:3560845‑M1/1‑15 (MQ=255) gATGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgatagga < 1:3387329‑M1/48‑34 (MQ=255) aTGCTAAGAACTATcagctaattcaaagcgtggctgtgatgataggaat > 1:3922086‑M1/1‑14 (MQ=255) aTGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaatt < 1:3320148‑M1/50‑37 (MQ=255) aTGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaatt < 1:1720298‑M1/50‑37 (MQ=255) aTGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaat < 1:2182836‑M1/49‑36 (MQ=255) aTGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaat > 1:5838586‑M1/1‑14 (MQ=255) tGCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaatta > 1:3644604‑M1/1‑13 (MQ=255) gCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattat > 1:2490244‑M1/1‑12 (MQ=255) gCTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgacaggaattat > 1:1941666‑M1/1‑12 (MQ=255) cTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatg > 1:6303584‑M1/1‑11 (MQ=255) cTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatg < 1:5978836‑M1/50‑40 (MQ=255) cTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatg > 1:4505202‑M1/1‑11 (MQ=255) cTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatg > 1:645675‑M1/1‑11 (MQ=255) cTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattat < 1:3152312‑M1/49‑39 (MQ=255) cTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattat < 1:1951846‑M1/49‑39 (MQ=255) cTAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattat < 1:435931‑M1/49‑39 (MQ=255) tAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgt > 1:1849213‑M1/1‑10 (MQ=255) tAAGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgt > 1:6553026‑M1/1‑10 (MQ=255) aaGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtt > 1:3289269‑M1/1‑9 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttt < 1:1534180‑M1/50‑43 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttt > 1:4414323‑M1/1‑8 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttt < 1:483312‑M1/50‑43 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtt < 1:812308‑M1/49‑42 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgt < 1:4126216‑M1/48‑41 (MQ=255) aGAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgt < 1:3061551‑M1/48‑41 (MQ=255) gAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtttt > 1:2649025‑M1/1‑7 (MQ=255) gAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtttt < 1:138811‑M1/50‑44 (MQ=255) gAACTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtttt > 1:7061014‑M1/1‑7 (MQ=255) aaCTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttttt > 1:1059881‑M1/1‑6 (MQ=255) aaCTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttttt < 1:7034263‑M1/50‑45 (MQ=255) aaCTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttttt < 1:4761623‑M1/50‑45 (MQ=255) aaCTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttttt > 1:4276092‑M1/1‑6 (MQ=255) aaCTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttttt < 1:160013‑M1/50‑45 (MQ=255) aCTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtttttt < 1:1343036‑M1/50‑46 (MQ=255) aCTATcagataatgcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtttttt < 1:4227070‑M1/50‑46 (MQ=255) cTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtttttta < 1:3195306‑M1/50‑47 (MQ=255) cTATcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgtttttta < 1:7404543‑M1/50‑47 (MQ=255) tcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttttttacgt < 1:3405158‑M1/50‑50 (MQ=255) tcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttttttacgt < 1:2395997‑M1/50‑50 (MQ=255) tcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttttttac < 1:4238224‑M1/48‑48 (MQ=255) tcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattatgttttttac < 1:2627171‑M1/48‑48 (MQ=255) tcagataattcaaagcgtggctgtgatgataggaattacgttttttacgt < 1:2127979‑M1/50‑50 (MQ=255) | ATAAGAGTCTCACCTCCTGATTTTAGTAATCTCTTGATGCTAAGAACTATTTTGTCGATTGTATCCCGACAAGGAACGGCAGAGAGAACATTAGAGCAA > NC_000913/1197087‑1197185 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |