| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,299,499 | Δ1,199 bp | insH21 | insH21 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1299499 | 1300697 | 1199 | 110 [0] | [0] 116 | insH21 | insH21 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 100 (1.120) | 59/90 | 0.0 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAG > NC_000913/1299449‑1299547 | atTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA < 1:200235‑M1/50‑1 (MQ=255) ttGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAa < 1:1343108‑M1/50‑2 (MQ=255) tGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGTTAAa > 1:879600‑M1/1‑48 (MQ=255) tGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAa > 1:868114‑M1/1‑48 (MQ=255) tGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAa > 1:6069039‑M1/1‑48 (MQ=255) tGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAa > 1:3999286‑M1/1‑48 (MQ=255) gAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAat < 1:5933950‑M1/49‑3 (MQ=255) aaaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataa < 1:3194308‑M1/50‑5 (MQ=255) aaaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataa < 1:1682062‑M1/50‑5 (MQ=255) aaaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataa > 1:579503‑M1/1‑46 (MQ=255) aaaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataa > 1:5064930‑M1/1‑46 (MQ=255) aaaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata < 1:4073528‑M1/49‑4 (MQ=255) aaaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata < 1:627885‑M1/49‑4 (MQ=255) aaaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata < 1:1722107‑M1/49‑4 (MQ=255) aaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataa > 1:7395645‑M1/1‑45 (MQ=255) aaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataa > 1:2974242‑M1/1‑45 (MQ=255) tGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataa > 1:4961104‑M1/1‑43 (MQ=255) tGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataa > 1:2431764‑M1/1‑43 (MQ=255) tGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataa < 1:3710168‑M1/50‑8 (MQ=255) atatTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataat < 1:2247364‑M1/49‑9 (MQ=255) tattatTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatca < 1:2301403‑M1/50‑11 (MQ=255) tattatTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatc > 1:5191333‑M1/1‑40 (MQ=255) tattatTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatc > 1:838933‑M1/1‑40 (MQ=255) attattAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaa > 1:6891383‑M1/1‑39 (MQ=255) attattAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaa > 1:1924943‑M1/1‑39 (MQ=255) ttattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaat > 1:6658588‑M1/1‑38 (MQ=255) ttattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaat > 1:539221‑M1/1‑38 (MQ=255) ttattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaa < 1:2800012‑M1/49‑12 (MQ=255) attaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattg > 1:1601646‑M1/1‑36 (MQ=255) attaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaatt < 1:2906‑M1/49‑14 (MQ=255) attaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaatt < 1:4089206‑M1/49‑14 (MQ=255) ttaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgt < 1:4915895‑M1/50‑16 (MQ=255) ttaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgt < 1:635483‑M1/50‑16 (MQ=255) ttaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgt > 1:4397001‑M1/1‑35 (MQ=255) ttaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattg < 1:5067125‑M1/49‑15 (MQ=255) ttaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattg < 1:2283287‑M1/49‑15 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgt > 1:2401395‑M1/1‑34 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgt > 1:1935022‑M1/1‑34 (MQ=255) aaTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgtt > 1:4083994‑M1/1‑33 (MQ=255) aaTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgtt > 1:4181408‑M1/1‑33 (MQ=255) aTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgtta < 1:1970936‑M1/49‑18 (MQ=255) aTTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgtta > 1:1405970‑M1/1‑32 (MQ=255) ttCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaa > 1:2432728‑M1/1‑31 (MQ=255) ttCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaa < 1:4277911‑M1/50‑20 (MQ=255) ttCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaa > 1:6691484‑M1/1‑31 (MQ=255) tCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat > 1:4125511‑M1/1‑30 (MQ=255) tCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat > 1:7471145‑M1/1‑30 (MQ=255) tCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat > 1:1061792‑M1/1‑30 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat < 1:2434001‑M1/49‑21 (MQ=255) cACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaatta > 1:6916370‑M1/1‑28 (MQ=255) aCTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattat < 1:1567909‑M1/50‑24 (MQ=255) aCTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattat < 1:1187205‑M1/50‑24 (MQ=255) cTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattatt > 1:2312105‑M1/1‑26 (MQ=255) cTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattatt > 1:2848491‑M1/1‑26 (MQ=255) gCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgt > 1:1253192‑M1/1‑24 (MQ=255) ccTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtg > 1:5763120‑M1/1‑23 (MQ=255) ccTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtg < 1:4361699‑M1/50‑28 (MQ=255) ccTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtg > 1:3270058‑M1/1‑23 (MQ=255) cTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgc < 1:4776105‑M1/50‑29 (MQ=255) cTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtg > 1:5639785‑M1/1‑22 (MQ=255) cTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtg > 1:226391‑M1/1‑22 (MQ=255) tGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcat < 1:3234354‑M1/49‑31 (MQ=255) ggTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcattt > 1:1855754‑M1/1‑18 (MQ=255) ggTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 1:3619424‑M1/49‑32 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc < 1:711447‑M1/50‑34 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc < 1:1327934‑M1/50‑34 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc < 1:3078663‑M1/50‑34 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcattt > 1:7462169‑M1/1‑17 (MQ=255) tAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca < 1:46144‑M1/50‑35 (MQ=255) tAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca > 1:743999‑M1/1‑16 (MQ=255) tAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca < 1:3761201‑M1/50‑35 (MQ=255) agagGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcac > 1:1406771‑M1/1‑15 (MQ=255) agagGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcac > 1:890648‑M1/1‑15 (MQ=255) agagGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcac > 1:1708167‑M1/1‑15 (MQ=255) agagGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcac > 1:3891639‑M1/1‑15 (MQ=255) gagGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcact < 1:4446846‑M1/50‑37 (MQ=255) gagGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcac < 1:1745895‑M1/49‑36 (MQ=255) gagGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcac < 1:5272523‑M1/49‑36 (MQ=255) gagGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcac < 1:6485472‑M1/49‑36 (MQ=255) gagGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcac < 1:2331443‑M1/49‑36 (MQ=255) gagGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcac > 1:2840586‑M1/1‑14 (MQ=255) gAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact < 1:1121858‑M1/50‑40 (MQ=255) gAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact < 1:5812179‑M1/50‑40 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactg < 1:4392701‑M1/50‑41 (MQ=255) aaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactgg < 1:6314614‑M1/50‑42 (MQ=255) aGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactgga < 1:3944989‑M1/50‑43 (MQ=255) aGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactgg > 1:4902729‑M1/1‑8 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaa < 1:6137073‑M1/50‑44 (MQ=255) gTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaa > 1:4935264‑M1/1‑7 (MQ=255) tGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaac > 1:6793703‑M1/1‑6 (MQ=255) gCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaact > 1:5474589‑M1/1‑5 (MQ=255) cTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactg > 1:4278540‑M1/1‑4 (MQ=255) cTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactg < 1:805038‑M1/50‑47 (MQ=255) tAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactg > 1:5997637‑M1/1‑3 (MQ=255) tAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactg > 1:5879872‑M1/1‑3 (MQ=255) aaataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgt > 1:4790526‑M1/1‑2 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaa > 1:5678116‑M1/1‑1 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgta < 1:4242334‑M1/49‑49 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgta < 1:821850‑M1/49‑49 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgta < 1:1075534‑M1/49‑49 (MQ=255) | ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAG > NC_000913/1299449‑1299547 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |