| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,129,397 | Δ11,591 bp | flgN–flgL | flgN, flgM, flgA, flgB, flgC, flgD, flgE, flgF, flgG, flgH, flgI, flgJ, flgK, flgL | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1129397 | 1140987 | 11591 | 95 [0] | [0] 97 | flgN–flgL | flgN,flgM,flgA,flgB,flgC,flgD,flgE,flgF,flgG,flgH,flgI,flgJ,flgK,flgL |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1129396 | 0 (0.000) | 94 (0.960) | 66/98 | 0.0 | 100% | intergenic (+22/+18) | murJ/flgN | putative lipid II flippase MurJ/flagellar biosynthesis protein FlgN |
| ? | NC_000913 | 1140988 = | 0 (0.000) | intergenic (+2/+194) | flgL/rne | flagellar hook‑filament junction protein 2/ribonuclease E | |||||
GCATTTACCGATATGCAGGGATTGTCGCTCTTCCAGCTCAGCAAATAATTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCT > NC_000913/1140939‑1141037 | aaagaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgt > 1:6700721‑M2/50‑50 (MQ=255) aagaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgtt > 1:4632401‑M2/49‑50 (MQ=255) aagaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgt < 1:2696613‑M2/1‑1 (MQ=255) aagaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgt < 1:4627215‑M2/1‑1 (MQ=255) aagaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgt < 1:3900930‑M2/1‑1 (MQ=255) agaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTc < 1:6318535‑M2/3‑1 (MQ=255) agaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTc > 1:6186247‑M2/48‑50 (MQ=255) gaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCg < 1:6862257‑M2/4‑1 (MQ=255) gaatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCg > 1:3121993‑M2/47‑50 (MQ=255) aatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGc < 1:2665009‑M2/5‑1 (MQ=255) aatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGc < 1:1275921‑M2/5‑1 (MQ=255) aatttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGc < 1:4411906‑M2/5‑1 (MQ=255) atttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCt < 1:1699768‑M2/6‑1 (MQ=255) atttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCt > 1:6255911‑M2/45‑50 (MQ=255) atttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCt > 1:1307262‑M2/45‑50 (MQ=255) tttgccctccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCtt > 1:7001184‑M2/44‑50 (MQ=255) tttgcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCtt > 1:3807818‑M2/44‑50 (MQ=255) gcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTa > 1:5348563‑M2/41‑49 (MQ=255) gcccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTa < 1:116452‑M2/9‑1 (MQ=255) cccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTaa > 1:3917214‑M2/40‑49 (MQ=255) cccgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTaa < 1:3035512‑M2/10‑1 (MQ=255) cgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTaaaa > 1:3465169‑M2/38‑49 (MQ=255) cgccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTaaaa > 1:4857514‑M2/38‑49 (MQ=255) gccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACa < 1:6048758‑M2/14‑1 (MQ=255) gccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACa < 1:1546418‑M2/14‑1 (MQ=255) ccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACat < 1:2347779‑M2/15‑1 (MQ=255) ccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACa > 1:6533387‑M2/36‑49 (MQ=255) ccggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACa > 1:1219556‑M2/36‑49 (MQ=255) cggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACata < 1:5464440‑M2/16‑1 (MQ=255) cggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACata > 1:3104746‑M2/35‑50 (MQ=255) cggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACata < 1:5897832‑M2/16‑1 (MQ=255) cggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACata > 1:4211441‑M2/35‑50 (MQ=255) cggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACata < 1:4041112‑M2/16‑1 (MQ=255) ggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACatat < 1:3766269‑M2/17‑1 (MQ=255) ggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACatat > 1:806310‑M2/34‑50 (MQ=255) ggacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACatat < 1:3168701‑M2/17‑1 (MQ=255) gacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATc < 1:4767780‑M2/18‑1 (MQ=255) gacggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATc < 1:6446606‑M2/18‑1 (MQ=255) acggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCa < 1:3888587‑M2/19‑1 (MQ=255) acggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCa > 1:3238462‑M2/32‑50 (MQ=255) acggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCa < 1:3216015‑M2/19‑1 (MQ=255) cggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCAt > 1:6954085‑M2/31‑50 (MQ=255) cggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCAt < 1:6585446‑M2/20‑1 (MQ=255) cggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCAt < 1:573243‑M2/20‑1 (MQ=255) ggtgtaacaatgcattccgggatgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATg < 1:1167514‑M2/21‑1 (MQ=255) ggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCAt > 1:6879822‑M2/30‑49 (MQ=255) ggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATg < 1:6038580‑M2/21‑1 (MQ=255) ggtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATg < 1:2538688‑M2/21‑1 (MQ=255) gtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATg > 1:4997952‑M2/29‑49 (MQ=255) gtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATg > 1:6151607‑M2/29‑49 (MQ=255) gtgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATg > 1:5303661‑M2/29‑49 (MQ=255) tgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGaa < 1:6075753‑M2/23‑1 (MQ=255) tgtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGa > 1:1800485‑M2/28‑49 (MQ=255) gtaacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGaaa > 1:1664907‑M2/27‑50 (MQ=255) taacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAAc > 1:4409738‑M2/26‑50 (MQ=255) aacaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACt > 1:3913124‑M2/25‑50 (MQ=255) acaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACt < 1:2391559‑M2/26‑1 (MQ=255) acaatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTg > 1:4621955‑M2/24‑50 (MQ=255) caatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTgg < 1:7192855‑M2/28‑1 (MQ=255) caatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTgg > 1:1871639‑M2/23‑50 (MQ=255) caatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTgg < 1:5714081‑M2/28‑1 (MQ=255) caatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTgg < 1:3665096‑M2/28‑1 (MQ=255) aatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTggg > 1:6339021‑M2/22‑50 (MQ=255) aatgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTggg > 1:2980697‑M2/22‑50 (MQ=255) atgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTggg > 1:5181542‑M2/21‑49 (MQ=255) atgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTggg > 1:754898‑M2/21‑49 (MQ=255) atgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGt < 1:6163302‑M2/30‑1 (MQ=255) tgcattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTa > 1:7086654‑M2/20‑50 (MQ=255) cattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTAt < 1:2680954‑M2/32‑1 (MQ=255) cattccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATg > 1:2517394‑M2/18‑50 (MQ=255) attccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGt < 1:6927119‑M2/34‑1 (MQ=255) attccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGt > 1:5015344‑M2/17‑50 (MQ=255) attccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGt < 1:3356810‑M2/34‑1 (MQ=255) ttccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGtt < 1:678559‑M2/35‑1 (MQ=255) ttccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGtt < 1:3147217‑M2/35‑1 (MQ=255) ttccgacctgcagggTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGtt < 1:3357111‑M2/35‑1 (MQ=255) tccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGttt > 1:4310412‑M2/15‑50 (MQ=255) ccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGtttt > 1:632022‑M2/14‑50 (MQ=255) ccggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGttt < 1:5747810‑M2/36‑1 (MQ=255) cggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGtttt < 1:1119663‑M2/37‑1 (MQ=255) cggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTg < 1:4539940‑M2/38‑1 (MQ=255) ggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGt > 1:6814910‑M2/12‑50 (MQ=255) ggcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGt < 1:1296528‑M2/39‑1 (MQ=255) gcctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTc < 1:3115503‑M2/40‑1 (MQ=255) cctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTct > 1:1421511‑M2/10‑50 (MQ=255) cctgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTct < 1:1947019‑M2/41‑1 (MQ=255) tgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTctgc > 1:4950133‑M2/8‑50 (MQ=255) tgcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTctgc > 1:5526080‑M2/8‑50 (MQ=255) gcagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTctgcc > 1:6024732‑M2/7‑50 (MQ=255) cagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTctgcct < 1:1310271‑M2/45‑1 (MQ=255) cagtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTctgc < 1:3142212‑M2/43‑1 (MQ=255) agtgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTctgcctg < 1:6122510‑M2/46‑1 (MQ=255) tgTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGct > 1:7448125‑M2/3‑50 (MQ=255) gTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGctc > 1:7221748‑M2/2‑50 (MQ=255) ttCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGctct < 1:4111830/50‑1 (MQ=255) ttCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGctc < 1:3272078/49‑1 (MQ=255) ttCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGctc < 1:362929/49‑1 (MQ=255) | GCATTTACCGATATGCAGGGATTGTCGCTCTTCCAGCTCAGCAAATAATTTCGCTTTAAAACATATCATGAAACTGGGTATGTTTTGTCTGCCTGCTCT > NC_000913/1140939‑1141037 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |