| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,320,144 | Δ16,489 bp | [atoS]–[yfaA] | [atoS], atoC, atoD, atoA, atoE, atoB, yfaP, yfaQ, yfaS, yfaT, [yfaA] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2320144 | 2336632 | 16489 | 109 [0] | [0] 105 | [atoS]–[yfaA] | [atoS],atoC,atoD,atoA,atoE,atoB,yfaP,yfaQ,yfaS,yfaT,[yfaA] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2320143 | 0 (0.000) | 103 (1.080) | 67/96 | 0.0 | 100% | coding (101/1827 nt) | atoS | sensory histidine kinase AtoS |
| ? | NC_000913 | 2336633 = | 0 (0.000) | coding (12/1689 nt) | yfaA | DUF2138 domain‑containing protein YfaA | |||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TTGCGCCAAAACCTACAAGACCATAGAACCGCCAGCCTTTCGCCTTTTTTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTACG > NC_000913/2336584‑2336681 | tgatggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatt > 1:4995632‑M2/50‑50 (MQ=255) gatggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatattt > 1:2153284‑M2/49‑50 (MQ=255) gatggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatattt > 1:6184524‑M2/49‑50 (MQ=255) atggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatattt > 1:4453221‑M2/48‑49 (MQ=255) atggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatattt < 1:3056149‑M2/2‑1 (MQ=255) tggcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTca < 1:1930034‑M2/4‑1 (MQ=255) gcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcacc < 1:2148378‑M2/6‑1 (MQ=255) gcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcac > 1:116449‑M2/45‑49 (MQ=255) gcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcac < 1:3885132‑M2/5‑1 (MQ=255) gcaatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcac < 1:2947330‑M2/5‑1 (MQ=255) caatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcacca > 1:4799645‑M2/44‑50 (MQ=255) caatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcacca < 1:7479528‑M2/7‑1 (MQ=255) caatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcacca < 1:2413193‑M2/7‑1 (MQ=255) caatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcacca < 1:7248272‑M2/7‑1 (MQ=255) caatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggtatatTTcaccac > 1:3737486‑M2/43‑50 (MQ=255) aatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcaccac > 1:1416527‑M2/43‑50 (MQ=255) aatcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTcaccac < 1:1092372‑M2/8‑1 (MQ=255) atcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACt > 1:4817750‑M2/42‑50 (MQ=255) tcctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTc < 1:3110887‑M2/10‑1 (MQ=255) ctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCa < 1:4460275‑M2/11‑1 (MQ=255) ctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCa < 1:2518915‑M2/11‑1 (MQ=255) ctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCa < 1:6006865‑M2/11‑1 (MQ=255) ctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCa < 1:2941123‑M2/11‑1 (MQ=255) ctgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAt < 1:6818586‑M2/12‑1 (MQ=255) tgatggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAtt > 1:4071449‑M2/38‑50 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCAtt < 1:669444‑M2/13‑1 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTg < 1:7443776‑M2/14‑1 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTg < 1:4896731‑M2/14‑1 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTg < 1:4049154‑M2/14‑1 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGc < 1:2810786‑M2/15‑1 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGc < 1:3618035‑M2/15‑1 (MQ=255) atggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGc > 1:3095897‑M2/36‑50 (MQ=255) tggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGcc < 1:5609480‑M2/16‑1 (MQ=255) tggtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGc > 1:6884719‑M2/35‑49 (MQ=255) gtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCca < 1:3825203‑M2/17‑1 (MQ=255) gtcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCca > 1:6170531‑M2/33‑49 (MQ=255) tcattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCcaca < 1:2810320‑M2/19‑1 (MQ=255) cattgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACAt > 1:6194304‑M2/31‑50 (MQ=255) attgtcccgacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACAt < 1:1541626‑M2/20‑1 (MQ=255) attgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACAtt > 1:2419287‑M2/30‑50 (MQ=255) attgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACAtt < 1:3735419‑M2/21‑1 (MQ=255) attgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACAt < 1:6590366‑M2/20‑1 (MQ=255) ttgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTc < 1:2609580‑M2/22‑1 (MQ=255) ttgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTc > 1:4721318‑M2/29‑50 (MQ=255) ttgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTc < 1:1616999‑M2/22‑1 (MQ=255) ttgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTc > 1:2915822‑M2/29‑50 (MQ=255) tgtcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTcc > 1:3287381‑M2/28‑50 (MQ=255) tcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCtt < 1:4698525‑M2/25‑1 (MQ=255) tcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCtt < 1:2603993‑M2/25‑1 (MQ=255) tcccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCtt < 1:2030449‑M2/25‑1 (MQ=255) ccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtgt > 1:4854599‑M2/24‑50 (MQ=255) ccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtgt > 1:1669892‑M2/24‑50 (MQ=255) ccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtgt > 1:3989795‑M2/24‑50 (MQ=255) ccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtgt < 1:4267963‑M2/27‑1 (MQ=255) ccaacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtg < 1:1839427‑M2/26‑1 (MQ=255) caacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtgtg < 1:6691207‑M2/28‑1 (MQ=255) caacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtgtg < 1:6400899‑M2/28‑1 (MQ=255) caacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTCCCACATTCCTtgtg > 1:7307887‑M2/23‑50 (MQ=255) aacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtgtg > 1:4486702‑M2/22‑49 (MQ=255) aacgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTtgtg > 1:2949323‑M2/22‑49 (MQ=255) acgcttactattggttatatTTCACCGCTCATTGCCACATTCCTTGTGta < 1:84992‑M2/30‑1 (MQ=255) acgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGta < 1:6633670‑M2/30‑1 (MQ=255) acgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGta < 1:1033749‑M2/30‑1 (MQ=255) acgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGta > 1:868334‑M2/21‑50 (MQ=255) cgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGtat < 1:1099063‑M2/31‑1 (MQ=255) cgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGtat < 1:1848699‑M2/31‑1 (MQ=255) cgcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGta > 1:4439503‑M2/20‑49 (MQ=255) gcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGtata < 1:3587‑M2/32‑1 (MQ=255) gcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGta > 1:3973551‑M2/19‑48 (MQ=255) gcttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGta > 1:2182023‑M2/19‑48 (MQ=255) cttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATag > 1:244993‑M2/18‑50 (MQ=255) ttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagc > 1:5425784‑M2/17‑50 (MQ=255) ttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagc > 1:5500472‑M2/17‑50 (MQ=255) ttactattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagc > 1:5910105‑M2/17‑50 (MQ=255) actattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagc < 1:289586‑M2/34‑1 (MQ=255) tattggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccagc > 1:6719342‑M2/13‑50 (MQ=255) attggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccagc > 1:7151525‑M2/12‑49 (MQ=255) ttggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccagcc < 1:4543231‑M2/39‑1 (MQ=255) ttggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccagcc < 1:7400201‑M2/39‑1 (MQ=255) ttggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATagccagc < 1:6186333‑M2/38‑1 (MQ=255) tggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAt > 1:179209‑M2/10‑50 (MQ=255) ggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtt > 1:3216216‑M2/9‑50 (MQ=255) ggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtt > 1:5562927‑M2/9‑50 (MQ=255) ggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtt > 1:3499138‑M2/9‑50 (MQ=255) ggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAt < 1:1267744‑M2/41‑1 (MQ=255) ggttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAt < 1:2128294‑M2/41‑1 (MQ=255) gttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttt < 1:3378903‑M2/43‑1 (MQ=255) ttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtttt < 1:2752555‑M2/44‑1 (MQ=255) ttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtttt > 1:6187215‑M2/7‑50 (MQ=255) ttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtttt > 1:6775736‑M2/7‑50 (MQ=255) ttatatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAtttt > 1:7279546‑M2/7‑50 (MQ=255) tatatTTCACCACTCCTTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttttt > 1:69702‑M2/6‑50 (MQ=255) atatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttttt < 1:2875546‑M2/45‑1 (MQ=255) atatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCAttttt > 1:2470073‑M2/5‑49 (MQ=255) tatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTa > 1:6684079‑M2/4‑50 (MQ=255) tatTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTa < 1:1460456‑M2/47‑1 (MQ=255) atTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTAc > 1:6632029‑M2/3‑50 (MQ=255) atTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTAc > 1:5314497‑M2/3‑50 (MQ=255) tTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTACg > 1:3372505‑M2/2‑50 (MQ=255) tTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTACg > 1:1781878‑M2/2‑50 (MQ=255) | TTGCGCCAAAACCTACAAGACCATAGAACCGCCAGCCTTTCGCCTTTTTTTCACCACTCATTGCCACATTCCTTGTGTATAGCCAGCCATTTTTTACG > NC_000913/2336584‑2336681 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |