| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3248538 | 282 (1.150) | 9 (0.040) | 8/318 | 12.2 | 3.3% | coding (100/384 nt) | mzrA | modulator of EnvZ/OmpR regulon |
| ? | NC_000913 | = 3248548 | 267 (1.140) | coding (110/384 nt) | mzrA | modulator of EnvZ/OmpR regulon | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
ATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTCATGCCTGATGCTGCTCCCGGTGGTGCTGCTGGTGTTTGGCCTGGCAGGTTCTCTGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCTTGACGCTCATGGCATTCCTTTCAAAAGTATCACCCCCAAAAACGACACTCTGTTAATTACATTTGACTCCAGCGACCAGAGCGCCGCCGCAAAAGCGGTCCTCGACAGAACATTGCCCCATGGCTACATCATTGCGCAGCAGGACAATAACAGTCAGGCTATGCAGTGGC > NC_000913/3248312‑3248784 | cGAGGACCAGCTGATGTCATGCCTGATGCTGCTCCCGGTGGTGCTGCTGGTGTTTGGCCTGGCAGGTTCTCTGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTCCGCTGGCGATTCGt > 2:3254236/1‑238 (MQ=255) gAGGACCAGCTGATGTCATGCCTGATGCTGCTCCCGGTGGTGCTGCTGGTGTTTGGCCTGGCAGGTTCTCTGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTg > 2:2764921/1‑238 (MQ=255) tGATGTCATGCCTGATGCTGCTCCCGGTGGTGCTGCTGGTGTTTGGCCTGGCAGGTTCTCTGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTtcat < 1:1019897/236‑1 (MQ=255) ggATGTCATGTCTGATTGTGCTGGCGGTGGTGGTGGTGGTGTAGGGCCTGGCATGTTCTCTGGTCGTGTGATGGAAAAAGAAATATGGAAAGCGGGGGTAAGGGATGAAAAATTCTTGCATGGCGCTTCGCCAGCTAGGCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGCGACGCTTTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGGAAGATTCTGCGCTGGCGATTCGTGCCGTtcatc < 2:2672871/236‑1 (MQ=255) gTCATGCCTGATGCTGCTCCCGGTGGTGCTGCTGGTGTTTGGCCTGGCAGGTTCTCTGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACg < 2:2854229/211‑1 (MQ=255) gCCTGATGCTGCTCCCGGTGGTGCTGCTGGTGTTTGGCCTGGCAGGTTCTCTGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACg > 1:1596364/1‑239 (MQ=255) tgttattgtcctgctgcTGGTGTTTGGCCTGGCAGGTTCTCTGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACg < 1:356361/228‑1 (MQ=255) gctCCCGGTGGTGCTGCTGGTGTTTGGCCTGGCAGGTTCTCTGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACg > 1:613086/1‑239 (MQ=255) ggtggtGCTGCTGGTGTTTGGCCTGGCAGGTTCTCTGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGtttt > 1:3054778/1‑238 (MQ=255) gctgctGGTGTTTGGCCTGGCAGGTTCTCTGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATc < 1:1153937/238‑1 (MQ=255) tgGTGTTTGGCCTGGCAGGTTCTCTGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCAt < 2:893678/239‑1 (MQ=255) ttGGCCTGGCAGGTTCTCTGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCtt < 1:2562053/239‑1 (MQ=255) ttGGCCTGGCAGGTTCTCTGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCtt < 1:845584/239‑1 (MQ=255) tGGCCTGGCAGGTTCTCTGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCTTg < 2:169444/239‑1 (MQ=255) gCCTGGCAGGTTCTCTGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACg < 2:2890410/170‑1 (MQ=255) ccTGGCAGGTTCTCTGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCTTGAc > 1:176200/1‑238 (MQ=255) cgggCAGGTTCTCTGGTCGTGTTAGGGAAAAAGAAATAGGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGGTGCTGGCCGGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTGCAATCTGGCATCACCTTGACGc < 2:1251226/237‑1 (MQ=255) tGGCAGGTTCTCTGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCTTGACGCt < 1:2764921/239‑1 (MQ=255) tGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGAc < 1:2863987/197‑1 (MQ=255) gtgtTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGAAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCTTGACGCTCATGGCATTCCTTTCaa > 1:2918606/1‑239 (MQ=255) gtgtTAGGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAACGGATGAAAATACCTCGCATGTCGCTTCGACAACTAGGCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCAGTTCATCAAGGCCCAACGATGCCAGACGGTTTTTCCTACTGGCATCACCTCGACGCTCATGGCATTCCTTTcca > 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aGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCTTGACGCTCATGGCATTCCTTTCAAAAGTATCAccccc < 2:2478639/239‑1 (MQ=255) aGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCTTGACGCTCATGGCATTCCTTTCAAAAGTATCAccccc < 2:608416/239‑1 (MQ=255) ggAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCTTGACGCTCATGGCATTCCTTTCAAAAGTATCACCCCCAAAAACGa < 2:158257/239‑1 (MQ=255) 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2:1040783/143‑1 (MQ=255) cTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCTTGACGCTCATGGCATTCCTTTCAAAAGTATCACCCCCAAAAACGACACTCTGTTAATTACATTTGACTCCAGCGACCAGAGCGCCGCCGCAAAAGCGGTCCTCGACAGAACATTGcccc > 2:1448911/1‑215 (MQ=255) cTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCTTGACGCTCATGGCATTCCTTTCAAAAGTATCACCCCCAAAAACGACACTCTGTTAATTACATTTGACTCCAGCGACCAGAGCGCCGCCGCAAAAGCGGTCCTCGACAGAACATTGcccc < 1:1448911/215‑1 (MQ=255) cTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCTTGACGCTCATGGCATTCCTTTCAAAAGTATCACCCCCAAAAACGACACTCTGTTAATTACATTTGACTCCAGCGACCAGAGCGCCGCCGCAAAAGCGGTCCTCGACAGAACATTGCCCCATGGCTACATCATTGCgcagc < 2:3563022/236‑1 (MQ=255) 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cGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCTTGACGCTCATGGCATTCCTTTCAAAAGTATCACCCCCAAAAACGacac > 2:3417486/1‑115 (MQ=255) | ATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTCATGCCTGATGCTGCTCCCGGTGGTGCTGCTGGTGTTTGGCCTGGCAGGTTCTCTGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCTTGACGCTCATGGCATTCCTTTCAAAAGTATCACCCCCAAAAACGACACTCTGTTAATTACATTTGACTCCAGCGACCAGAGCGCCGCCGCAAAAGCGGTCCTCGACAGAACATTGCCCCATGGCTACATCATTGCGCAGCAGGACAATAACAGTCAGGCTATGCAGTGGC > NC_000913/3248312‑3248784 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |