| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,293,008 | IS1 (+) +9 bp | intergenic (‑86/‑511) | hns ← / → tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1050545 | NA (NA) | 168 (0.930) | 96/198 | 0.5 | 97.5% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 1293008 = | 4 (0.020) | intergenic (‑86/‑519) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 1293016 | 4 (0.020) | 171 (0.950) | 98/198 | 0.4 | 97.5% | intergenic (‑94/‑511) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| ? | NC_000913 | = 1979270 | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
CTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1292918‑1293016‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGA < NC_000913/1979270‑1979172 CTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAG > 2:588556/1‑100 CATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAGGT < 2:2678279/100‑1 ATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAGGTG < 2:2392580/100‑1 GTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAGGTGATG < 2:2341462/100‑1 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ACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAGGTGATGCTGCCAACTTACT < 1:3111115/100‑1 ACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAGGTGATGCTGCCAACTTACT < 2:391865/100‑1 CTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGATCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAGGTGATGCTGCCAACTTACTG > 2:2383480/1‑100 CTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAGGTGATGCTGCCAACTTACTG > 1:1392417/1‑100 TTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGACTTCAGGTGATGCTGCCAACTTACTGA < 2:476455/100‑1 TATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAGGTGATGCTGCCAACTTACTGAT < 1:473291/100‑1 ATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATT < 2:3238287/100‑1 TATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTT < 2:208884/100‑1 ATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATCGCCAGGAATGTAAGGAATTCAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTA < 1:4083240/100‑1 ATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTA > 1:1045807/1‑100 TTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAG < 1:2997869/100‑1 GGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG > 1:2740642/1‑100 GGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG < 2:1815532/100‑1 GGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGGGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG < 2:3544846/100‑1 GGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGT > 1:3843637/1‑100 GGTGGTTTGGTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTA < 1:1841975/100‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |