| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,293,008 | IS1 (+) +9 bp | intergenic (‑86/‑511) | hns ← / → tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1050545 | NA (NA) | 168 (0.930) | 96/198 | 0.5 | 97.5% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 1293008 = | 4 (0.020) | intergenic (‑86/‑519) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 1293016 | 4 (0.020) | 171 (0.950) | 98/198 | 0.4 | 97.5% | intergenic (‑94/‑511) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| ? | NC_000913 | = 1979270 | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
Only 100 of 348 total aligned reads displayed.
GCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGC > NC_000913/1292917‑1293115 | gCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCa > 2:3036987/1‑100 (MQ=255) cATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAggt < 2:705509‑M1/100‑4 (MQ=255) tcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGGAATTCAAAAt < 2:1680915‑M2/13‑1 (MQ=255) tcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGGAATTCAAAAt < 2:1516102‑M2/13‑1 (MQ=255) ctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGGAATTCAAAATTGTTc < 1:706025‑M2/18‑1 (MQ=255) agtaATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAggtgatgct < 1:3582941‑M1/100‑10 (MQ=255) agtaATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAggtgatgct < 1:3674671‑M1/100‑10 (MQ=255) caaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGGAATTCAAAATTGTTCtt > 1:1719209‑M2/81‑100 (MQ=255) aaTCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAggtgatgctgcc > 2:3726560‑M1/1‑88 (MQ=255) aTCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAggtgatgctgcca < 1:2778433‑M1/100‑14 (MQ=255) ctcAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAggtgatgctgccaac < 1:3272201‑M1/100‑16 (MQ=255) ggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTtg > 1:1948418‑M2/74‑100 (MQ=255) aaaCTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAggtgatgctgccaactta < 1:3959681‑M1/100‑19 (MQ=255) tggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTtgtg < 1:454431‑M2/29‑1 (MQ=255) aCTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAggtgatgctgccaacttact < 1:2415471‑M1/100‑21 (MQ=255) ggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGGAATTGAAAATTGTTCTTTATTTTGTgc < 1:3824690‑M2/30‑1 (MQ=255) gagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTgcc > 1:626‑M2/70‑100 (MQ=255) tataTTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAggtgatgctgccaacttactgat > 2:252898‑M1/1‑77 (MQ=255) tgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGTAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCaataa < 2:4209280‑M2/39‑1 (MQ=255) ggtggtTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgta < 1:1251459‑M1/100‑32 (MQ=255) gacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCaataaa < 1:105980‑M2/40‑1 (MQ=255) gacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCaataaa < 1:341041‑M2/40‑1 (MQ=255) caaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCaataaata > 2:3481924‑M2/59‑100 (MQ=255) caaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCaataaata > 1:3100016‑M2/59‑100 (MQ=255) ggtTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga > 1:979028‑M1/1‑66 (MQ=255) ggtTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga > 1:4131167‑M1/1‑66 (MQ=255) gtTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgat > 1:1165520‑M1/1‑65 (MQ=255) agtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaatgagttggagtcattaccAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTAGTGCCGCCAATAAATATCt > 1:4053035‑M2/56‑100 (MQ=255) gttgAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtg < 1:2683758‑M1/100‑40 (MQ=255) catcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCtttt > 2:410827‑M2/53‑100 (MQ=255) atcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTc < 1:2739868‑M2/49‑1 (MQ=255) atcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTc < 1:373386‑M2/49‑1 (MQ=255) atcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTc > 1:775300‑M2/52‑100 (MQ=255) tcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCa < 2:2905675‑M2/50‑1 (MQ=255) cgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCAt > 2:2194440‑M2/50‑100 (MQ=255) aGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt < 2:137200‑M1/100‑44 (MQ=255) ggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATaa > 1:2808363‑M2/48‑100 (MQ=255) ggTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:1081304‑M1/1‑56 (MQ=255) taataaTAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga < 2:1868715‑M1/100‑47 (MQ=255) aataatAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag < 1:234637‑M1/100‑48 (MQ=255) ataataGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg < 1:161944‑M1/100‑49 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |