| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3187424 | NA (NA) | 50 (1.140) | 37/276 | NT | 100% | intergenic (+11/‑1) | insD1/yqiG | IS2 transposase TnpB/pseudogene; fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative membrane protein |
| ? | NC_000913 | = 3485937 | 0 (0.000) | intergenic (‑121/‑181) | yhfA/crp | OsmC family protein/cAMP‑activated global transcription factor, mediator of catabolite repression | |||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TTCGACCCACTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATCCAGAGACAGCGGCGTTATCTGGCTC > NC_000913/3485790‑3486085 | ttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcttctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtttggggattcagggggccagtctaCTATg < 1:584878‑M2/5‑1 (MQ=255)ttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcaggggggcagtctaCGATg > 1:559499‑M2/145‑149 (MQ=255)ttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATg > 2:157902‑M2/145‑149 (MQ=255) ttcctgtgtggtacgacgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgtctagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCt > 2:493885‑M2/143‑149 (MQ=255) tgtgtggtgcgccgtctgcgtttctccgggcctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagagaaattggttgtcgggagattcaggggcgaagtataCTATGCTacaa > 2:222794‑M2/139‑149 (MQ=255) gtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagggagttgttttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAAc > 1:644260‑M2/138‑149 (MQ=255) gctTCACTCGCGCGTGCATTTTTGCTACCCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgc > 2:276247‑M2/2‑140 (MQ=255) aCTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgc < 2:729716‑M2/149‑10 (MQ=255) aCTTCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgc > 2:704342‑M2/1‑140 (MQ=255) ttCACTCGCGCTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATACTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgccc > 2:651583‑M2/1‑138 (MQ=255) tacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctcaaaactaatattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggcccgtctgCTATGCTAAAACAGTCAg > 1:136873‑M2/132‑149 (MQ=255) tacgccgtctgcgtttccccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAg < 2:255879‑M2/18‑1 (MQ=255) cgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccaggccaCTATGCTAAAACAGTCAGGa > 1:63615‑M2/130‑149 (MQ=255) gcgcTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGCCACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatt > 2:4340‑M2/1‑131 (MQ=255) gcgcTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACCCCAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatt < 1:78376‑M2/149‑19 (MQ=255) gcgcTTGCATTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatt < 1:545373‑M2/149‑19 (MQ=255) ccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATg < 1:524032‑M2/22‑1 (MQ=255) gggcaTTTTCGCTACTCCACTGCGTCAATTTCCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttcca > 1:45617‑M2/3‑127 (MQ=255) gCATTTTTGCTGCTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccaga > 2:747400‑M2/1‑125 (MQ=255) gtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTa < 1:493885‑M2/30‑1 (MQ=255) aTTTTTGCTACTCCACTGCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAGACGAACGCTATGtggatttgcgcctatatttccgccca < 1:251948‑M2/149‑27 (MQ=255) tccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACa < 2:491354‑M2/35‑1 (MQ=255) ggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTg < 2:236796‑M2/38‑1 (MQ=255) ggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTg < 2:344785‑M2/38‑1 (MQ=255) taagatatcattcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTa < 2:188632‑M2/43‑1 (MQ=255) taagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTa < 2:105474‑M2/43‑1 (MQ=255) gCGTCAATTTTCCTGACAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacc > 2:730922‑M2/1‑106 (MQ=255) tcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattcagactatcacttatttaagggatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCCAAAACAGTCATGATGCTACAGTAATACCTTGATGGCCTGCATg > 1:133129‑M2/100‑149 (MQ=255) caatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATTTACTGCATGt > 2:18792‑M2/99‑149 (MQ=255) caatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcactgatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTATAGTAATACATTGATGTACTGCATGt > 1:477286‑M2/99‑149 (MQ=255) atcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTAt < 2:174595‑M2/53‑1 (MQ=255) tcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATTTATg > 1:91856‑M2/96‑149 (MQ=255) tcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATg > 1:779052‑M2/96‑149 (MQ=255) 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cAGAGTACGCGTACTAACCAAATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctg > 1:302419‑M2/1‑90 (MQ=255) aatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTcac < 1:260708‑M2/67‑1 (MQ=255) aatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTcac < 1:648296‑M2/67‑1 (MQ=255) tACGCGTACTAACCAACGCGCGCAACGGACGGCCCCCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTCTTtggatttgcccctatatttccagtcatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgca > 1:203090‑M2/1‑85 (MQ=255) cgcgTACTAACCAGATCGCGCAACGGAAGGCGACCTGGG‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGTATACTCAATGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatttcaagcccgctgccgcaga > 2:523543‑M2/1‑83 (MQ=255) 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gg‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcg > 1:734980‑M2/1‑46 (MQ=255) gg‑TCATGCTGAAGCGAGACACCAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagaaattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatccg < 1:145214‑M2/149‑104 (MQ=255) aagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAACGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCGCTTCCCAGGTAGCgg > 2:760945‑M2/41‑149 (MQ=255) agtgatattggttgtcgggagattcagggtgccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTACCCAGGTAGCggg > 2:189164‑M2/40‑149 (MQ=255) gatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAg < 1:120269‑M2/113‑1 (MQ=255) 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tctggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGc > 2:749838‑M2/26‑149 (MQ=255) tggagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCaa > 2:483381‑M2/24‑149 (MQ=255) gagattcagggggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATATTTCGGCAATc < 1:265789‑M2/128‑1 (MQ=255) cagcagACACAACCCGAAAGCTATGtggacttgcccctatatttccagacatcggttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagacattcccaccacaagcgataacccaccgcactatgcggatgccattcgttataatgct > 2:516452‑M2/1‑25 (MQ=255) cAGGAGACACAAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgct > 1:616288‑M2/1‑25 (MQ=255) acaAAGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatccggatgcccttcggtataatgcccgcacgcc < 2:413973‑M2/149‑133 (MQ=255) ggccagtctaCTATGCTAAAACAGTCAGGATGCTACAGTAATACATTGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCACATTACCGTGCAGTACAGTTGATAGCCCCTTCCCAGGTAGCGGGAAGCATGTTTCGGCAATCCAGAGACAacg > 1:192188‑M2/11‑149 (MQ=255) aaaGCGAAAGCTATGtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctc > 1:204649‑M2/1‑15 (MQ=255) gCGAAAGCTATGtggagttgcccctatatttccagacatctgttatcacctaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgc > 1:125874‑M2/1‑12 (MQ=255) gagtggttatgtgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattgcaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaa > 2:646963‑M2/8‑11 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |