New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 3110452 = | 62 (1.090) | 8 (0.150) | 6/278 | 7.2 | 12.4% | intergenic (+13/+136) | pheV/yghD | tRNA‑Phe/putative membrane‑anchored secretion pathway M‑type protein |
? | NC_000913 | 3110473 = | 54 (1.000) | intergenic (+34/+115) | pheV/yghD | tRNA‑Phe/putative membrane‑anchored secretion pathway M‑type protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CAGTAAATTGAAGAAATTTGATTGACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTTACCCCCGTCCA > NC_000913/3110304‑3110600 | cAGTAAATTGAAGAAATTTGATTGACGAGACGAGGCGCATCACGTTTAATGCGCCCCGTCGGCCGGCTCGCTCAGTCGGTAAAGCAAGGGAATACAAATCCCAGTGTCCGAGTTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAGGa > 2:388760/1‑149 (MQ=21) cAGTAAATTGAAGAAATTTGATTGACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTCAGa > 1:117331/1‑149 (MQ=255) cAGTAAATTGAAGAAATTTGATTGACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGACCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGa > 1:522308/1‑149 (MQ=255) gTAAATTGAAGAAATTTGATTGACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTAGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAAc > 1:405163/1‑149 (MQ=255) aaaTTGAAGAAATTTGATTGACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAAccc < 1:160580/149‑1 (MQ=255) ttGAAGAAATTTGATTGACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGcc > 1:76033/1‑149 (MQ=255) aagaaATTTGATTGACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCcac > 2:240500/1‑149 (MQ=255) aagaaATTTGATTGACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTAAGTAGGTTTAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCcac > 1:883166/1‑149 (MQ=255) gaaATTTGATTGACGGGACGAGGCCAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACaa < 1:116653/149‑1 (MQ=255) aaTTTGATTGACGAGAGGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAgg < 2:840422/149‑1 (MQ=255) aaTTTGATTGACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAgg > 2:728556/1‑149 (MQ=255) aTTTGATTGACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGc > 1:732717/1‑149 (MQ=255) aTTTGATTGACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCATTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGc > 1:732709/1‑149 (MQ=255) gattggCGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCGCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGt < 1:337787/149‑1 (MQ=255) acgagGCGATTCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCGGGCTTGCTCTGTGGGTGGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCtttt < 1:72612/149‑1 (MQ=21) cgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTg < 2:835054/149‑1 (MQ=255) gagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTgg > 1:478103/1‑149 (MQ=255) agGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGGTTTTGCTTTTGGa > 2:178954/1‑149 (MQ=255) ggCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGAt < 1:419943/149‑1 (MQ=255) gCGAATCAGGTTTAATGCGGCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATc < 1:456748/149‑1 (MQ=255) tCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACa > 1:704152/1‑149 (MQ=255) tttAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGGACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAAc > 1:72907/1‑149 (MQ=255) aTGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTc < 2:732709/149‑1 (MQ=255) aTGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTc < 2:732717/149‑1 (MQ=255) cgcgcCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCa < 1:408465/148‑1 (MQ=255) gcgcCCCTTTGTCGGGACAGCTCAGTCGGGAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGCCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCAc < 1:35844/149‑1 (MQ=25) gcgcCCCGTTGCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAACGGGGGCTTGACAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCAGGCACCCCTAATCCTTAAGAACCCGCCCACAGGACGCGCGCTTCCCTTTGGACCTGACAATAAcgggcca > 2:901510/1‑143 (MQ=17) tGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAAt < 1:42041/149‑1 (MQ=255) gCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATaa > 2:889855/1‑149 (MQ=255) cTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCGTATaaa > 1:431901/1‑149 (MQ=255) cTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTACTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCATGAAAAAAATTAGCTTATaaa < 2:580962/149‑1 (MQ=255) tCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAg > 2:925595/1‑149 (MQ=255) tCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAg > 1:107367/1‑149 (MQ=255) tCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTATTTGGTTCGATTCCGAGTACGGGCACAACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGGTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACATTCACGAAGAGAAGTAGCTTGTAAAg > 1:149469/1‑149 (MQ=25) ggTAGAGCAGGGGATGGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAACGTCTggg > 2:481213/1‑149 (MQ=255) tAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTTGTTCTATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTggggg > 1:601170/1‑149 (MQ=255) cAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTa > 1:787696/1‑149 (MQ=255) cAGCGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTa < 2:682581/149‑1 (MQ=255) 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cctgtgtCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAAc < 2:742786/146‑1 (MQ=255) cccGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGTATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAAc < 2:405163/149‑1 (MQ=255) cccGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGTAAAAAATTAGCTTATAAGGTCTGGGGGAAATCCTCTCGCCACCTTAAc > 1:685014/1‑149 (MQ=39) ccGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACg > 1:409510/1‑149 (MQ=255) cggtgccTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGCACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACga < 1:299271/144‑1 (MQ=255) cGTGTCCTGGGTTCGATCCCGAGTCCGGGCACTACTAATTCTTAAGAACCCGTCTACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCTCGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACga < 2:522308/149‑1 (MQ=255) ccTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTa < 1:774036/149‑1 (MQ=255) gTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCCCGTTAACGAGAGTAAtttt > 2:456499/1‑149 (MQ=255) cGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTAtt < 1:240500/149‑1 (MQ=255) cacTAATTCTTAAGAACCCGCCCACCAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATAc > 1:565960/1‑149 (MQ=255) cacTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATAc > 1:105834/1‑149 (MQ=255) cacTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATATCCTGATAc > 2:749500/1‑149 (MQ=255) ttCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACCTTTcc < 2:820490/149‑1 (MQ=255) gAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTTACCCCCGTcc < 2:654306/149‑1 (MQ=255) aaCCCGCCCACAAGTCGGGTTGTGGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTCGCTTATTAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTCAACGAGAGTAATTTTATTGATATTCATCTCGTGATACTTTACCCCCGTCCa < 2:694698/149‑1 (MQ=255) aaCCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTTTTTTTTTTTCTGTCACTAGCCTGCACGAAAAAAATTAGCTTATCAAGTCTGGGGGCACTACTCTCGCCACTCTCACGAGAGTAATTTCAGTGCTCGTACTCTCCTGTTTCTTTATCTCGGTCCa > 2:135145/1‑149 (MQ=255) | CAGTAAATTGAAGAAATTTGATTGACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTTACCCCCGTCCA > NC_000913/3110304‑3110600 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |