| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2929267 | 124 (1.180) | 4 (0.040) | 3/516 | 10.9 | 3.2% | coding (1039/1290 nt) | sdaC | putative serine transporter |
| ? | NC_000913 | = 2929276 | 119 (1.130) | coding (1048/1290 nt) | sdaC | putative serine transporter | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
TGCTGACCGTAATGTTCTTCGTCTTCAGCTGTGTACTGAGCCTGACTCCGGCAGACCTGGCTGCGGCTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCAACGGTATGGTGATTAAATCTCTGCGTGGTAAAGGTAAGTCTATCGAAATCAACAAGCTGAACCGTATCACTGCGCTGTTCATGCTGGTAACGACCTGGATTGTTGCCACCCTGAACCCGAGCATCCTGGGTATGATTGAAACCCTGGGCGGTCCAATCATCGCGATGATCCTGTTCCTGATGCCGATGTACGCAATTCAGAAAGTACCGGCAATGCGTAAGTACAGCGGTCACATCAGCAACGTATTCGTTGTCGTGATGGGTCTGATTGCAATCTCCGCAATCTTCTACTCTCTGTTCAGCTAAGTCCTTTCGCGCCGCTTTCGGGCGGCGCT > NC_000913/2929004‑2929547 | tGCTGACCGTAATGTTCTTCGTCTTCAGCTGTGTACTGAGCCTGACTCCGGCAGACCTGGCTGCGGCTACAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCAACGGTACGGTGATTAAATCTCTCCGTGGTAAAGGTAAGTCTATCGAAACCAACAAGCTGATcct > 3:352157/1‑273 (MQ=255)tGCTGACCGTAATGTTCTTCGTCTTCAGCTGTGTACTGAGCCTGACTCCGGCAGACCTGGCTGCGGCTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTTGGCGCCCGTGACGGCTTCAACGGTATGGTTATTAAATCCCTGCGTGGTAAAGGTAAGTCTATCGAAATCAACAAGCTGAACCg > 1:216712/1‑274 (MQ=255) cTGACCGTAATGTTCTTCGTCTTCAGCTGTGTACTGAGCCTGACTCCGGCAGACCTGGCTGCGGCTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCGCCGGTTATCGCGTGGCTGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCAACGGTATGGTGATTAAATCTCTGCGTGGTAAAGGTAAGTCTATCGAAATCAACAAGCTGAACCGTATc > 2:116224/1‑276 (MQ=255) cTGACCGTAATGTTCTTCGTCTTCAGCTGTGTACTGAGCCTGACTCCGGCAGACCTGGCTGCGGCTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCCCTACCTGGGCGCACGTGACTGCTTCACCGGTATGGTGATTAAATCTCTTCGTCGTAACTGTAAGTCTATCGAAATCAATAAGCTGAACCGTaac > 2:190657/1‑274 (MQ=255) ttgccGTAATTGTCTTCGGTGTCAGTTGTGTAATGAGCCGTACACCGGCAGACCTGGCTGCGGTTAAAGAGAAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCAACGGTATGGTGATTAAATCTCTGCGTGGTAAAGGTAAGTCTATCGAAATCAACAAGCTGAACCGTATCa < 4:537809/273‑1 (MQ=255) gACCGTAATGTTTTTCGTCTTCAGCTGTGGACTGGACCTGACTCCGGCCAACCTGGCTGCGGCTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCAACGGTATGGTGATTAAATCTCTGCGTGGTAAAGGTAAGTCTATCGAAATCAACAAGCTGAACCGTATCa < 1:177589/275‑1 (MQ=255) aCCGTAATGGTCTTCGTCTTCAGCTGTGTACTGAGCCTGACTCCGGCAGACCTGGCTGCGGCTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCTCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGTTCACTACCTGGTCGCACGTGAAGCCTTCACCGTTATGGTGATTAAATCTCTGCTTGTTAGCGGTAAGTCTATCTAATTCAAAAAACTAAACCGTacac > 4:472554/1‑271 (MQ=255) 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aGCCTGACTCCGGCAGACCTGGCAGCGGCTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGGTTATCGCTATCACCAAATCCTCCCTCGGTCACTACCTTGGCGCACGTGAAGCCTTCAACGGCATGGTCATTAACTCTTTGCTTGGTAAAGGTAATTCTATGCAAATCAAGCAGCTAGCCCGTACCACTCAGCTGTTCATTGTGGTAAccgacgggatttg > 4:196409/1‑263 (MQ=255) ccTGACTCCGGCAGACCTGGCTGCGGCTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCAACGGTATGGTGATTAAATCTCTGCGTGGTAAAGGTAAGTCTATCGAAATCAACAAGCTGAACCGTATCAc > 3:134552/1‑240 (MQ=255) gACTCCGGCAGACCTGGCTGCGGCTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCAACGGTATGGTGATTAAATCTCTGCGTGGTAAAGGTAAGTCTATCGAAATCAACAAGCTGAACCTTATCCATTCCCTTTTCATGCTGGTAACGACCTGGGTTGTTGcccc > 4:360372/1‑274 (MQ=255) 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(MQ=255) cGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCAACGGTATGGTGATTAAATCTCTGCGTGGTAAAGGTAAGTCTATCGAAATCAACAAGCTGAACCGTATCACTGCGCTGTTCATGCTGGTAACGACCTGGATTGTTGCCACCCTGAACCCGAGCATCCTGGGTATGATTGAGACCCTGTGCGGTCCAATCACCGCGATGATCCTGTTCCTGGTGCCg > 4:246351/1‑275 (MQ=255) cGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCAACGGTATGGTGATTAAATCTCTGCGTGGTAAAGGTAAGTCTATCGAAATCAACAAGCTGAACCGTATCACTGCGCTGTTCATGCTGGTAACGACCTGGATTGTTGCCACCCTGAACCCGAGCATCCTGGGTATGATTGAAACCCTGGGCGGTCCAATCATCGCGATGATCCTGTTCCTGATGCCGa > 2:348437/1‑276 (MQ=255) tCGCGTGGAGGGCTCCTATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACGACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCAACGGTATGGTGATTAAATCTCTGCGTGGTAAAGGTAAGTCTATCGAAATCAACAAGCTGAACCGTATCACTGCGCTGTTCATGCTGGTAACGACCTGGATTGTTGCCACCCTGAACCCGAGCATCCTGGGTATGATTGAAACCCTGGGCGGTCCAATCATCGCGATGATCCTGTTCCTGATGCCGATGTACg < 2:390044/276‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |