New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_000913 = 3621980NA (NA)3 (0.000) 3/242 NT 100% coding (2789/4236 nt) rhsB Rhs protein with DUF4329 family putative toxin domain; putative neighboring cell growth inhibitor
?NC_000913 = 3622019 0 (0.000)coding (2828/4236 nt) rhsB Rhs protein with DUF4329 family putative toxin domain; putative neighboring cell growth inhibitor

Only 100 of 167 total aligned reads displayed.

CGCAGCGAATCTGGATATCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG  >  NC_000913/3621864‑3622019
                                                                                                                    |                                       
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  cAGCGAATCTGGATATCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAAGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGT       >  2:952326‑M2/1‑149 (MQ=255)
   aGCGAATCTGGATATCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGCGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTC      <  2:3078709‑M2/149‑1 (MQ=255)
   aGCGAATCTGGATATCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCatc      <  4:1999797‑M2/149‑4 (MQ=255)
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   aGCGAATCTGGATATCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTC      >  1:7259423‑M2/1‑149 (MQ=255)
   aGCGAATCTGGATATCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTC      <  4:4657617‑M2/149‑1 (MQ=255)
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       aaTCTGGATATCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG  >  4:5226590‑M2/1‑149 (MQ=255)
       aaTCTGGATATCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCACCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG  <  1:3460921‑M2/149‑1 (MQ=255)
         tCTGGATATCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACC         >  2:2912457‑M2/1‑140 (MQ=255)
         tCTGGATATCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACC         <  1:2912457‑M2/140‑1 (MQ=255)
          cTGGATATCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGT       <  1:1719130‑M2/141‑1 (MQ=255)
            ggATATCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG  <  3:6082023‑M2/144‑1 (MQ=255)
                atCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG  >  4:243619‑M2/1‑140 (MQ=255)
                atCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG  <  3:243619‑M2/140‑1 (MQ=255)
                  ccGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACC         >  2:1965131‑M2/1‑131 (MQ=255)
                  ccGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACC         >  2:2600920‑M2/1‑131 (MQ=255)
                  ccGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACC         <  1:1965131‑M2/131‑1 (MQ=255)
                  ccGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACC         <  1:2600920‑M2/131‑1 (MQ=255)
                                 cacaGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC    <  2:6748106‑M2/121‑1 (MQ=255)
                                 cacaGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCA     >  4:6280121‑M2/1‑120 (MQ=255)
                                  acaGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCGGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC    <  4:499115‑M2/120‑1 (MQ=255)
                                   caGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC    <  1:3378425‑M2/119‑1 (MQ=255)
                                        ccGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG  <  3:2985163‑M2/116‑1 (MQ=255)
                                        ccGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG  <  1:146635‑M2/116‑1 (MQ=255)
                                        ccGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG  >  2:146635‑M2/1‑116 (MQ=255)
                                        ccGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG  >  4:2985163‑M2/1‑116 (MQ=255)
                                                   ccGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC    <  3:5196888‑M2/103‑1 (MQ=255)
                                                          cccGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCAC    >  1:1935823‑M2/1‑96 (MQ=255)
                                                            cGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG  <  1:2578022‑M2/96‑1 (MQ=255)
                                                            cGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG  >  2:2578022‑M2/1‑96 (MQ=255)
                                                            cGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG  <  2:1820249‑M2/96‑1 (MQ=255)
                                                                   gAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACC         <  1:1464393‑M2/82‑1 (MQ=255)
                                                                                                             cGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCA     >  2:4448597‑M2/1‑44 (MQ=255)
                                                                                                             cGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCA     <  1:4448597‑M2/44‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    |                                       
CGCAGCGAATCTGGATATCCGCATCCCGTATGCCACAGACCCGGCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGG  >  NC_000913/3621864‑3622019

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.