| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4424908 = | 86 (1.140) | 4 (0.050) | 4/250 | NT | 4.9% | intergenic (‑117/‑210) | yjfY/rpsF | YhcN family protein, periplasmic/30S ribosomal subunit protein S6 |
| ? | NC_000913 | 4424949 = | 72 (0.990) | intergenic (‑158/‑169) | yjfY/rpsF | YhcN family protein, periplasmic/30S ribosomal subunit protein S6 | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTCGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGCTGACCCAGACAGGAGGCTGAA > NC_000913/4424801‑4425096 | ctcGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTa > 2:354088/1‑149 (MQ=255) gACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTagag < 1:205163/149‑1 (MQ=255) cgtgttaaaggtcggctgaaaaatgacgcgttatagtacttgtatgcctcgctaaactcaagggcagagccgaaataaatctcccctttcgcaattaacctctAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAgg > 2:459847‑M1/104‑149 (MQ=255) tgttaaaggtcggctgaaaaatgacgcgttatagtacttgtatgcctcgctaaactcaagggcagagccgaaataaatctcccctttcgcaattaacctctAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGt > 1:97902‑M1/102‑148 (MQ=255) tgttaaaggtcggctgaaaaatgacgcgttatagtacttgtatgcctcgctaaactcaagggcagagccgaaataaatctcccctttcgcaattaacctctAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGt < 2:97902‑M1/47‑1 (MQ=255) ggCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGtt > 1:316083/1‑149 (MQ=255) tGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAAt > 1:519275/1‑149 (MQ=255) aCTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTg > 4:50682/1‑149 (MQ=255) gtgtgCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGaaa < 2:316083/149‑1 (MQ=255) tgtgCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAg < 2:238132/149‑1 (MQ=255) tgtgCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAg < 1:413237/149‑1 (MQ=255) gtgCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATAATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAgg < 1:109289/149‑1 (MQ=255) tgCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAgg > 4:619205/1‑134 (MQ=255) tgCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAgg < 3:619205/134‑1 (MQ=255) tgCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAggg > 2:463528/1‑149 (MQ=255) ctctCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGga < 1:354088/149‑1 (MQ=255) tctcCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGgag > 1:134645/1‑149 (MQ=255) tctcCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGgag > 3:190468/1‑149 (MQ=255) tctcCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGgag > 1:672590/1‑149 (MQ=255) tctcCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGgag > 2:647624/1‑149 (MQ=255) tcctcTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAACGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGat > 3:238110/1‑149 (MQ=255) ctctGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGattt > 3:190790/1‑149 (MQ=255) gtgATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGatttattt < 3:50682/149‑1 (MQ=255) gtgATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGatttattt < 3:187489/149‑1 (MQ=255) gtgATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGatttattt < 2:672590/149‑1 (MQ=255) tgatgaTCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTc > 4:158365/1‑149 (MQ=255) tgatgaTCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTc < 1:428120/149‑1 (MQ=255) gatgatCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCg > 1:156790/1‑149 (MQ=255) atgatCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGga < 1:633048/137‑1 (MQ=255) atgatCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGga > 2:633048/1‑137 (MQ=255) ttctGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGga < 3:159381/131‑1 (MQ=255) ttctGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGga > 4:159381/1‑131 (MQ=255) ttctGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGc > 2:438277/1‑149 (MQ=255) tctGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGcc > 2:448567/1‑149 (MQ=255) tGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCt < 4:315703/149‑1 (MQ=255) tGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCt > 1:225799/1‑149 (MQ=255) tttaattttaatCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGa < 4:377915/149‑1 (MQ=255) tttaattttaatCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGa > 2:452410/1‑149 (MQ=255) tttaattttaatCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGa < 2:156790/149‑1 (MQ=255) ttaattttaatCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAggg < 1:419930/122‑1 (MQ=255) ttaattttaatCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAggg > 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atCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAg > 2:111998/1‑149 (MQ=255) aaTGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCa > 1:133653/1‑149 (MQ=255) aTAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACa > 1:605399/1‑149 (MQ=255) aagaagTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTc > 1:531035/1‑115 (MQ=255) aagaagTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTc < 2:531035/115‑1 (MQ=255) agaagTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTa > 1:597159/1‑149 (MQ=255) 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ttCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGc > 2:264459/1‑143 (MQ=255) ttCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGc < 1:264459/143‑1 (MQ=255) acttcatcatggtgttAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGCTGAccc < 1:459847‑M2/133‑1 (MQ=255) tCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGCTGACCCAGACag > 4:325309/1‑149 (MQ=255) aGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGCTGACCCAGACagga < 2:605399/149‑1 (MQ=255) gCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGCTGACCCAGACaggag < 3:158365/149‑1 (MQ=255) gCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGCTGACCCAGACaggag < 3:293619/149‑1 (MQ=255) ttAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCAttttt < 3:332789‑M2/85‑1 (MQ=255) ttAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCAttttt > 4:332789‑M2/3‑87 (MQ=255) tAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGTTATTCGGCTGACCCAGACAGGAGGCTGaa < 2:378392‑M2/148‑1 (MQ=255) | CTCGACGGCTGACTTTGTGTGCTCTCCTCTGTGATGATCTTCTGATTTAATTTTAATCAATGATAAAGAAGTTGATGGTGACCATTTCTGATGCAGTTGTTCAAAAAAACACCATGATGAAGTGTGATGAACTTCAAATCAGCGTGTTAGAGGTTAATTGCGAAAGGGGAGATTTATTTCGGCTCTGCCCTTGAGTTTAGCGAGGCATACAAGTACTATAACGCGTCATTTTTCAGCCGACCTTTAACACGTTCCTTGCCTCCCCGGGATTCGGCTGACCCAGACAGGAGGCTGAA > NC_000913/4424801‑4425096 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |