| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 321549 = | 74 (1.140) | 7 (0.110) | 6/248 | NT | 9.6% | intergenic (+468/‑59) | rclR/ykgE | reactive chlorine species (RCS)‑specific activator of the rcl genes/cysteine‑rich LutA family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
| ? | NC_000913 | 321566 = | 61 (0.990) | intergenic (+485/‑42) | rclR/ykgE | reactive chlorine species (RCS)‑specific activator of the rcl genes/cysteine‑rich LutA family protein; putative electron transport chain YkgEFG component | |||||
TTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAACTCG > NC_000913/321401‑321695 | tttCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGAtgattgat > 3:471151/1‑149 (MQ=255) ccATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATccccc > 4:118052/1‑149 (MQ=255) ccATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATccccc > 3:90455/1‑149 (MQ=255) cATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑g > 1:448669/1‑149 (MQ=255) tAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGt > 2:396283/1‑149 (MQ=255) tAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGt > 1:309429/1‑149 (MQ=255) aaaaTGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTg > 4:75434/1‑149 (MQ=255) tgtgAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTggggg < 3:242825/149‑1 (MQ=255) tgtgAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTggggg < 2:405513/149‑1 (MQ=255) gtgAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTgggggg < 4:471151/149‑1 (MQ=255) tgAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTggggggg > 1:510297/1‑149 (MQ=255) tgAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCAAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTggggggg < 2:510297/149‑1 (MQ=255) gAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGa > 3:67925/1‑149 (MQ=255) gAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGa > 1:529488/1‑149 (MQ=255) gCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGaaa > 3:332665/1‑149 (MQ=255) gagtttttccagtagcagcacggagtctcgtgccattcttgatttcagggcgtcaccaatacaggtgacaaagaaattgacattcacaactaatactccattacttcatgcccatttatgcccgatgttTCCCCCCCGGTGGGGGGGaa > 2:219228‑M1/130‑149 (MQ=255) cGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAAc < 2:448669/149‑1 (MQ=255) gaaagaaaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGc > 2:53610/1‑149 (MQ=255) tAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATgg < 1:354719/149‑1 (MQ=255) aaaaTTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTgggg > 2:532200/1‑126 (MQ=255) aaaaTTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGACATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTgggg < 1:532200/126‑1 (MQ=255) tATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTa < 3:67695/149‑1 (MQ=255) ttGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCg > 2:486334/1‑126 (MQ=255) ttGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCg < 1:486334/126‑1 (MQ=255) ttGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAAt > 1:335014/1‑149 (MQ=255) tGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATg < 1:72602/149‑1 (MQ=255) gCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATgg > 3:238425/1‑149 (MQ=255) cATTTGATGTTTGGCTGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGACATATTTATTGATGATTAATCCCCC‑‑GGTGGGAGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAAgggc < 2:227609/149‑2 (MQ=255) cATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGa < 4:332665/149‑1 (MQ=255) cATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGa < 2:343666/149‑1 (MQ=255) cATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGa < 1:315464/149‑1 (MQ=255) aTTTGACGTTTGGATAAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTAATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAg < 2:173074/149‑1 (MQ=255) gACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATg < 2:23/142‑1 (MQ=255) gACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATg > 1:23/1‑142 (MQ=255) tcttgatttcagggcgtcaccaatacaggtgacaaagaaattgacattcacaactaatactccattacttcatgcccatttatgcccgatgttTCCCCCCCGGTGGGGGGGaaa > 2:305211‑M1/94‑114 (MQ=255) tcttgatttcagggcgtcaccaatacaggtgacaaagaaattgacattcacaactaatactccattacttcatgcccatttatgcccgatgttTCCCCCCCGGTGGGGGGGaaa < 1:305211‑M1/21‑1 (MQ=255) ttgatttcagggcgtcaccaatacaggtgacaaagaaattgacattcacaactaatactccattacttcatgcccatttatgcccgatgttTCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCgg < 1:312800‑M1/25‑1 (MQ=255) ttgatttcagggcgtcaccaatacaggtgacaaagaaattgacattcacaactaatactccattacttcatgcccatttatgcccgatgttTCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCgg > 2:312800‑M1/92‑116 (MQ=255) gTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGt > 2:21515/1‑149 (MQ=255) gATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGa > 3:136406/1‑149 (MQ=255) tGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAAt > 2:432153/1‑149 (MQ=255) 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attGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTg < 3:576236/149‑1 (MQ=255) ttGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTgg < 2:507688/149‑1 (MQ=255) atgatTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGaaa > 2:559252/1‑149 (MQ=255) tgatCCCCC‑‑GGT‑GGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAACTCg < 4:422460/149‑1 (MQ=255) gatCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAACTCg < 2:49697/149‑1 (MQ=255) atCCCCC‑‑GGTGGGGGGGGAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCaa < 3:523859/109‑1 (MQ=255) atCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCaa > 4:523859/1‑109 (MQ=255) | TTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCC‑‑GGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAACTCG > NC_000913/321401‑321695 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |