| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 3884957 | 94 (1.150) | coding (142/258 nt) | yidD | membrane protein insertion efficiency factor, UPF0161 family inner membrane protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
AAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCTGGTGGTGACGATCCCGTCCCGCCCGGACCATTTGATACCAGAGAACACTAACGATGGATTCGCAACGCAATCTTTTAGTCAT > NC_000913/3884810‑3885104 | aaaaTTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTt < 3:129041‑M2/149‑2 (MQ=255) aaaTTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTtt > 2:657249‑M2/1‑147 (MQ=255) ttATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTttgga > 4:736914‑M2/1‑144 (MQ=255) aTGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTttggagt > 1:545333‑M2/1‑142 (MQ=255) aTGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTttggagt > 2:338739‑M2/1‑142 (MQ=255) tGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTttggagtg > 4:274501‑M2/1‑141 (MQ=255) gcgcCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGAt > 1:191563/1‑149 (MQ=255) gccgccACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGATaa > 3:14115/1‑149 (MQ=255) gccgccACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGATaa > 3:482400/1‑149 (MQ=255) gccACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAg < 4:129041/149‑1 (MQ=255) gTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAgtt < 4:204700/149‑1 (MQ=255) gCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCAATCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAgttggt > 3:703283/1‑149 (MQ=255) tGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGACCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGa > 1:677633/1‑149 (MQ=255) 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ccTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCtggtg > 1:712960/1‑149 (MQ=255) cTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCtggtgg < 3:16340/149‑1 (MQ=255) tGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCTggtggt > 3:587879/1‑149 (MQ=255) gATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAgg < 2:318553/93‑1 (MQ=255) gATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAgttg > 4:791869/1‑99 (MQ=255) gATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAgttg < 3:791869/99‑1 (MQ=255) 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tGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCTGGTGGTGACGATCCCGTCCCGCCCGGACCATTTGATACCAGAGAACACTa > 2:775317/1‑149 (MQ=255) aaGCTACGTAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGCTGGTTGACGGTGAAACGCGTACGAAAATGCCACCCTTTACACCCTGGTGGTGACGATCCCGTCCCGCCCGGACCATTTAATACCAGAGAACACTAACAAt < 4:15221/149‑1 (MQ=255) aaGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCTGGTGGTGACGATCCCGTCCCGCCCGGACCATTTGATACCAGAGAACACTAACGAt < 2:671381/149‑1 (MQ=255) tACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCTGGTGGTGACGATCCCGTCCCGCCCGGACCATTTGATACCAGAGAACACTAACGATGGAt > 4:400646/1‑149 (MQ=255) cGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCTGGTGGTGACGATCCCGTCCCGCCCGGACCATTTGATACCAGAGAACACTAACGATGGATTc < 4:228816/149‑1 (MQ=255) 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cATTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCTGGTGGTGACGATCCCGTCCCGCCCGGACCATTTGATACCAGAGAACACTAACGATGGATTCGCAACGCAATc < 1:121924/149‑1 (MQ=255) cATTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCTGGTGGTGACGATCCCGTCCCGCCCGGACCATTTGATACCAGAGAACACTAACGATGGATTCGCAACGCAATc < 1:771924/149‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGTCACCCTTTACACCCTGGTGGTGACGATCCCGTCCCGCCCGGACCATTTGATACCAGAGAACACTAACGATgg > 3:463900/1‑133 (MQ=255) aTTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCTGGTGGTGACGATCCCGTCCCGCCCGGACCATTTGATACCAGAGAACACTAACGATgg < 4:468272/133‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCTGGTGGTGACGATCCCGTCCCGCCCGGACCATTTGATACCAGAGAACACTAACGATGGATTCGCAACGCAATcc > 2:797824/1‑148 (MQ=255) aTTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCTGGTGGTGACGATCCCGACCCGCCCGGACCATTTGGTACCAGAGAACACTAACGATgg < 4:463900/133‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGGTGTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCTGGTGGTGACGATCCCGTCCCGCCCGGACCATTTGATACCAGAGAACACTAACGATgg > 3:468272/1‑133 (MQ=255) gcgcAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCTGGTGGTGACGATCCCGTCCCGCCCGGACCATTTGATACCAGAGAACACTAACGATGGATTCGCAACGCAATCtttt < 4:261936/149‑1 (MQ=255) aGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCTGGTGGTGACGATCCCGTCCCGCCCGGACCATTTGATACCAGAGAACACTAACGATGGATTCGCAACGCAATCTTTTa < 3:300809/146‑1 (MQ=255) aGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCTGGTGGTGACGATCCCGTCCCGCCCGGACCATTTGATACCAGAGAACACTAACGATGGATTCGCAACGCAATCTTTTa > 4:300809/1‑146 (MQ=255) gTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCTGGTGGTGACGATCCCGTCCCGCCCGGACCATTTGATACCAGAGAACACTAACGATGGATTCGCAACGCAATCTTTTAGTCAt > 2:130658/1‑149 (MQ=255) gTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCTGGTGGTGACGATCCCGTCCCGCCCGGACCATTTGATACCAGAGAACACTAACGATGGATTCGCAACGCAATCTTTTAGTCAt > 3:84938/1‑149 (MQ=255) | AAAATTATGGCGCCGCCACTGTCGCCTGGCTCGCGGGTCCTGATAGCCCTCATTCGGGTCTATCAACGCCTGATTAGTCCGCTACTCGGGCCGCATTGTCGTTTCACTCCAACCTGTTCAAGCTACGGAATTGAGGCATTGCGCAGGTTTGGAGTGATAAAAGGCAGTTGGTTGACGGTGAAACGCGTATTAAAATGCCACCCTTTACACCCTGGTGGTGACGATCCCGTCCCGCCCGGACCATTTGATACCAGAGAACACTAACGATGGATTCGCAACGCAATCTTTTAGTCAT > NC_000913/3884810‑3885104 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |