| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 427762 | 129 (0.820) | 8 (0.050) | 7/252 | NT | 6.3% | coding (116/1848 nt) | secD | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
| ? | NC_000913 | = 427779 | 116 (0.780) | coding (133/1848 nt) | secD | SecYEG protein translocase auxillary subunit | |||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
ACATTGCTATCGCGCTGAATGACACCACTGAAGTAGTTATTAAACGTGACTTCGTAGCTGCCGTCCTGCCGAAAGGCACCATGAAGGCGCTGTAATTAAAATTTTTCCCTAAGGGAATTGCCGTGTTAAACCGTTATCCTTTGTGGAAGTACGTCATGCTGATCGTGGTGATTGTCATCGGTCTGCTGTATGCGCTTCCCAACCTGTTTGGTGAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCACTGGAAGAGGGCGCTATTCTTGCGCGCTTCGACTCCACTGACACCCAGTTGCGCGCTCGTGAAGCATTAATGGGCGTTATGGGTGACAAATACGTCGTGGCGCTTAACCTTGCCCCGGCAACGCCGCGCTGGCTGGCA‑GCTATTCACGCTGAGCCGATGAAGCTCGGCCTTGACCTGCGTGGCGGCGTTCACTTCC > NC_000913/427525‑428046 | aCATTTCTATCGCTGTGAATGACACCCCTGAAGTAGGTATTAAACGTGACTTCGTATCTGCCGTCCTGCCGAAAGGCACCATGAAGGCGCTGTAATTAAAATTTTTCCCTAAGGGAATTGCCGTGTTAAACCGTTATCCTTTGTGGAAGTACGTCATGCTGATCGTGGTGATTGTCATCGGTCTGCTGTATGCGCTTCCCAACCTGTTTGGTGAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATc < 4:59963/275‑1 (MQ=255) aTCGCGCTGAATGACACCACTGAAGTAGTTATTAAACGTGACTTCGTAGCTGCCGTCCTGCCGAAAGGCACCATGAAGGCGCTGTAATTAAAATTTTTCCCTAAGGGAATTGCCGTGTTAAACCGTTATCCTTTGTGGAAGTACGTCATGCTGATCGTGGTGATTGTCATCGGTCTGCTGTATGCGCTTCCCAACCTGTTTGGTGAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCa > 2:39072/1‑275 (MQ=255) cTGAATGACACCACTGAAGTAGTTATTAAACGTGACTTCGTAGCTGCCGTCCTGCCGAAAGGCACCATGAAGGCGCTGTAATTAAAATTTTTCCCTAAGGGAATTGCCGTGTTAAACCGTTATCCTTTGTGGAAGTACGTCATGCTGATCGTGGTGATTGTCATCGGTCTGCTGTATGCGCTTCCCAACCTGTTTGGTGAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAAc > 2:282960/1‑275 (MQ=255) aaTGACACCACTGAAGTAGTTATTAAACGTGACTTCGTAGCTGCCGTCCTGCCGAAAGGCACCATGAAGGCGCTGTAATTAAAATTTTTCCCTAAGGGAATTGCCGTGTTAAACCGTTATCCTTTGTGGAAGTACGTCATGCTGATCGTGGTGATTGTCATCGGTCTGCTGTATGCGCTTCCCAACCTGTTTGGTGAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGtt > 1:44444/1‑275 (MQ=255) acaacTGAAGTAGTTATTAAACGTGACTTCGAAGCTGCCGTCCTGCCGAAAGGCACCATGAAGGCGCTGTAATTAAAATTTTTCCCTAAGGGAATTGCCGTGTTAAACCGTTATCCTTTGTGGAAGTACGTCATGCTGATCGTGGTGATTGTCATCGGTCTGCTGTATGCGCTTCCCAACCTGTTTGGTGAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACaa < 2:257895/270‑1 (MQ=255) gAAGGATTTATTAAACGTGACTTCGTAGCTTCCTTCCTGCCGAAAGGCACCATGAATGCGCTGTAATTAAAATTTTTCCCTAAGGGAATTGCCGTGTTAAACCGTTATCCTTTGTGGAAGTACGTCATGCTGATCGTGGTGATTGTCATCGGTCTGCTGTATGCGCTTCCCAACCTGTTTGGTGAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGaaaa < 4:92954/275‑1 (MQ=255) gtTATTAAACGTGACTTCGTAGCTGCCGTCCTGCCGAAAGGCACCATGAAGGCGCTGTAATTAAAATTTTTCCCTAAGGGAATTGCCGTGTTAAACCGTTATCCTTTGTGGAAGTACGTCATGCTGATCGTGGTGATTGTCATCGGTCTGCTGTATGCGCTTCCCAACCTGTTTGGTGAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAAc < 4:282959/275‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cAACCTGTTTGGGGAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCACTGGAAGAGGGCGCTATTCTTGCGCGCTTCGACTCCACTGACACCCAGTTGCGCGCTCGTGAAGCATTAATGGGCGTTATGGGTGACAAATACGTCGTGGCGCTTAACCTTGCCCCGGCAACGCCGCGCTGGCTGGCA‑GCTAtt < 4:344114/271‑1 (MQ=255) aCCTGTTTGGTGAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACg > 7:468859/1‑89 (MQ=255) aCCTGTTTGGTGAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACg < 8:468859/89‑1 (MQ=255) cTGTTTGGTGAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATcc > 6:585404/1‑73 (MQ=255) tttGGTGAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGt < 5:237137/85‑1 (MQ=255) ttGGTGAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCAc < 7:425284/120‑1 (MQ=255) ttGGTGAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCAc > 8:425284/1‑120 (MQ=255) ttGGTGAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCACTGGAag > 8:532855/1‑126 (MQ=255) ttGGTGAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAAAAACTGc > 5:488793/1‑106 (MQ=255) ttGGTGAGGATCCGGCTGTTCAGAACACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGc < 6:488793/106‑1 (MQ=255) gAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCAc < 7:27461/115‑1 (MQ=255) gAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCAc > 8:27461/1‑115 (MQ=255) gagccGGCGGTGCAGAACAATGGTGCGCGCGGGGTCGCAGCCAGTGAGCAAACACTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCACTGGAAGAGGGCGCTATTCTTGCGCGCTTCGACTCCACTGACACCCAGTTGCGCGCTCGTGAAGCAGTAATGGGCGTTATGGGTGACAAATACGTCGTGGCGCTTAACCTTGCCCCGGCAACGCCGCGCTGGCTGGCA‑GCTATTCACGCTGAGCCGATGAAGCt < 4:335553/272‑1 (MQ=255) aTCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCACTGGAAGAGGGCGCTATTCTTGCGCGCTTCGACTCCAc > 8:757590/1‑148 (MQ=255) gCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTa > 6:189079/1‑72 (MQ=255) gCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTa < 5:189079/72‑1 (MQ=255) gCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCtg < 6:122490/100‑1 (MQ=255) gCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCtg > 5:122490/1‑100 (MQ=255) gttcagttcaCTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTCAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCACTGGAAGAGGGCGCTATTCTTGCGCGCTTCGACTCCACTGACAccc < 7:757590/148‑1 (MQ=255) ttCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCACTGGAAGAGGGCGCTATTCTTGCGCGCTTCGACTCCACTGACACCCAGTTGCGCGCTCGTGAAGCATTAATGGGCGtt > 2:469702/1‑179 (MQ=255) cAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCACTGGAAGAGGGCGCTATTCTTGCGCGCTTCGACTCCACTGACACCCAGTTGCGCGCTCGTGAAGCATTAATGGGCGTTATGGGTGACAAATACGTCGTGGCGCTTAACCTTGCCCCGGCAACGCCTCGCTGGCTGGCC‑GCTATTCACGCTTGGCCCCATAAGCCCGGCCTTGAcc > 4:154126/1‑274 (MQ=255) gATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCt < 2:334739/85‑1 (MQ=255) gATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCACTGGAAGAGGGCGCTATTCTTGCGCGCTTCGACTCCACTGACACCCAGTTGCGCGCTCGTGAAGCATTAATGGGCGTTATgg < 4:469701/179‑1 (MQ=255) tCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGaaaaa > 5:1074515/1‑74 (MQ=255) tCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGaaaaa < 6:1074515/74‑1 (MQ=255) cTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGccagtgatctgaacagccggatcctcaccaaacaggttgggaagcgcatacagcagaccgatgacaatcaccacgatcagcatgacgtacttccacaaaggataacggtttaacacggcaattccct < 7:526605‑M2/148‑128 (MQ=255) cTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGc < 6:178252/91‑1 (MQ=255) tGGTGCGCGCGGAGTCGCCGccagtgatctgaacagccggatcctcaccaaacaggttgggaagcgcatacagcagaccgatgacaatcaccacgatcagcatgacgtacttccacaaaggataacggtttaacacggcaattccctt > 8:526605‑M2/1‑20 (MQ=255) tGGTGCGCGCGGAGTCGCCGccagtgatctgaacagccggatcctcaccaaacaggttgggaagcgc < 6:752664‑M2/67‑48 (MQ=255) tGGTGCGCGCGGAGTCGCCGccagtgatctgaacagccggatcctcaccaaacaggttgggaagcgc > 5:752664‑M2/1‑20 (MQ=255) tGGTGCGCGCGGAGTCGCCGccagtgagctgaacagccggatcctcaccaaacaggttgggaagcgcatacagcagaccgatgacaatcaccacgatcagca < 6:866214‑M2/102‑83 (MQ=255) tGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACCAGACGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCACTGGAAGAGGGCGCTATTCTTGCGCGCTTCGACTCCACTGACACCCAGTTGCGCGCTCGTGAAGCATTAATGGGCGATATGGGTGACAAATACGTCGTGGCGCTTAACCTTGCCACGGCACCGCCGCGCTGGCTGGCA‑GGTCTTCCCGCTGAGCCGGTGACGCTCGGCCTTGACCttgtgagcg > 4:299766/1‑267 (MQ=255) tGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCACTGGAAGAGGGCGCTATTCTTGCGCGCTTCGACTCCACTGACACCCAGTTGCGCGCTCGTGAAGCATTAATGGGCGTTATGGGTGACAAATACGTCATGGCGCGTAACCTTGCCCCGGCAACGCCGCGCTGGCTGGCA‑GTTATTCATGCTGAGCCGATGACGATCGGCCTTGACCTGCGTggcg > 2:49908/1‑275 (MQ=255) ggTGCGCGCGGAGTCGCCGcgagtgatctgaacagccggatcctcaccaaacaggttgggaagcgcatacagcagaccgatgacaatcaccacg > 8:105031‑M2/1‑19 (MQ=255) ggTGCGCGCGGAGTCGCCGccagtgatctgaacagccggatcctcaccaaacaggttgggaagcgcatacagcagaccgatgacaatcaccacg < 7:105031‑M2/94‑76 (MQ=255) tGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCACTGGAAGAGGGCGCTATTCTTGCGCGCTTCGACTCCACTGACACCCAGTTGCGCGCTCGTGAAGCATTAATGGGCGTTATGGGTGACAAATAc > 1:83265/1‑181 (MQ=255) cgcgcgGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCACTGGAAGAGGGCGCTATTCTTGCGCGCTTCGACTCCACTGACACCCAGTTGCGCGCTCGTGa > 8:188019/1‑148 (MQ=255) cgcgGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCACTGGAAGAGGGCGCTATTCTTGCGCGCTTCGACTCCACTGACACCCAGTTGCGCGCTCGTGAAGCATTAATGGGCGTTATGGGTGACAAATAcgtcg < 3:83265/181‑1 (MQ=255) aGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCACTGGAAGAGGGCGCTATTCTTGCGCGCTTCGACTCCACTGACACCCAGTNGCGCGCTCGTGAAGCATTAATGGGCGTTATGGGTGACAAATACGTCGTGTCGCTTAACCTTGCCCTGGCNCCGCCGCTCTGG‑TCGCACCCCATTTACTCTGAGCCGCGGAACATCNCNCTTGACCCTCGTGGCGGCGTTCCCTTcc > 3:35442/1‑275 (MQ=255) tCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCACTGGAAGAGGGCGCTATTCTTGCGCGCTTCGACTCCACTGACACCCAGTTGCGCGCTCGTGAAGCATTAAt > 8:712077/1‑148 (MQ=255) | ACATTGCTATCGCGCTGAATGACACCACTGAAGTAGTTATTAAACGTGACTTCGTAGCTGCCGTCCTGCCGAAAGGCACCATGAAGGCGCTGTAATTAAAATTTTTCCCTAAGGGAATTGCCGTGTTAAACCGTTATCCTTTGTGGAAGTACGTCATGCTGATCGTGGTGATTGTCATCGGTCTGCTGTATGCGCTTCCCAACCTGTTTGGTGAGGATCCGGCTGTTCAGATCACTGGTGCGCGCGGAGTCGCCGCCAGTGAGCAAACGCTGATCCAGGTCCAGAAAACGTTACAAGAAGAAAAAATAACTGCTAAGTCTGTGGCACTGGAAGAGGGCGCTATTCTTGCGCGCTTCGACTCCACTGACACCCAGTTGCGCGCTCGTGAAGCATTAATGGGCGTTATGGGTGACAAATACGTCGTGGCGCTTAACCTTGCCCCGGCAACGCCGCGCTGGCTGGCA‑GCTATTCACGCTGAGCCGATGAAGCTCGGCCTTGACCTGCGTGGCGGCGTTCACTTCC > NC_000913/427525‑428046 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |