| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | 3280885 = | 79 (0.500) | 8 (0.050) | 7/256 | NT | 9.2% | pseudogene (185/375 nt) | agaW | pseudogene, N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIC component of PTS;enzyme; Central intermediary metabolism: Amino sugars; PTS system N‑acetylgalactosameine‑specific IIC component 2 |
| ? | NC_000913 | 3280913 = | 82 (0.540) | pseudogene (213/375 nt) | agaW | pseudogene, N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIC component of PTS;enzyme; Central intermediary metabolism: Amino sugars; PTS system N‑acetylgalactosameine‑specific IIC component 2 | |||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
AGCCTGCTGTGGACCTCTTTAAATTACTTTGAGGGATTCATCATGGAAATCAGCCTGTTGCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGATGTCTCGCTGCGACCTGGCAACAAACCCGCGCCGCATTTGATGCTGGTGCCGACGGCCTGGTGCATTGCTATAACGGGATGACAGGTTTACATCACCG > NC_000913/3280659‑3281159 | agCCTGCTGTGGACCTTTTTAAATTACTTTGCGGGATTCATCATGTAAACCAGCCGGTTGCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGAGATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGAACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTa < 2:117808/274‑1 (MQ=255) ccTGCTGTGGACCTCTTTAAATTACTTTGAGGGATTCATCATGGAAATCAGCCTGTTGCAGGCATTTGCGTTTGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGGCGCCTAACGTGATTATCGGTACTa > 2:475741/1‑275 (MQ=255) gACCTCTTTAAATTACTTTGAGGGATTCATCATGGAAATCAGCCTGTTGCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGAACTGCATACCGGACTTTTAACCGGCGGTCCGCTGGAACTGGTGTGGAGTGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCCAACGGGGTTAACGGttcgtcctgcggca > 4:417274/1‑262 (MQ=255) tttGAGGGATTCATCATGGAAATCAGCCTGTTGCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTTGAACTTGTGTGGATGGTGCTGGCCCCGCTGGCGTGCGCACAGCCGCCTAAAGTGCTTATAGATACTATCGTACGACCGTCGTTTGCCATtac > 4:230953/1‑275 (MQ=255) tttGAGGGATTCATCATGGAAATCAGCCTGTTGCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGCTGGGATGGGGCTGGCTCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGCTTTCCGGTACCACCGTCGGCCCGGCGTCTCCCATta > 4:216052/1‑274 (MQ=255) aGGGATTCATCATGGAAATCAGTCTGTTTGAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTAGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTactact < 4:399133/275‑1 (MQ=255) ttCATCATGGAAATCAGCCTGTTGCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGCTGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCCCAGCCGCCTAACGGGATTAACGGTACTCTCGTCGGCACGGCGTTTTCCATTACTACTGGCGt > 4:279012/1‑275 (MQ=255) 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gtgtGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGATGTCTCGCTGCGACCTGGCAACAAACCCGCGCCGCATTTGATGCTGGTGCCGACGGCCTGGTGCCTTGCTATAACGGGATGACAGGt > 2:392054/1‑274 (MQ=255) tgtgGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCAtt < 8:701074/83‑1 (MQ=255) tgtgGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCAtt > 7:701074/1‑83 (MQ=255) gATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGNCGCAGGNCAGATg > 3:27148/1‑145 (MQ=255) aTGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGa > 7:1034959/1‑98 (MQ=255) aTGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGa < 8:1034959/98‑1 (MQ=255) tGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGAt > 7:597930/1‑148 (MQ=255) gggCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGa < 1:27148/145‑1 (MQ=255) GGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGATGTCTCGCTGCGACCTGGCAACAAACCCGCGCCGCATTTGTTGCTGGTGCCGACGGCCTTGTTCATTGCTATTACGGAATGacagggttaaatacacg < 2:226232‑M1/275‑9 (MQ=255) gctgtgcgcccgccagtggggccagccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATg < 7:743770‑M2/112‑1 (MQ=255) gctgtgcgcccgccagcggggccagccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGc > 8:278562‑M2/28‑123 (MQ=255) gctgtgcgcccgccagcggggccagccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGc < 7:278562‑M2/96‑1 (MQ=255) gctgtgcgcccgccagcggggccagccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATg > 8:743770‑M2/28‑139 (MQ=255) GCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCg < 6:583741‑M1/83‑1 (MQ=255) GCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCg > 5:583741‑M1/1‑83 (MQ=255) ctgtgcgcccgccagcggggccagccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGc > 6:824651‑M2/27‑81 (MQ=255) ctgtgcgcccgccagcggggccagccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGc < 5:824651‑M2/55‑1 (MQ=255) TGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCtt > 8:597930‑M1/1‑148 (MQ=255) gtgcgcccgccagcggggccagccGCCTAACGTGAt < 5:171066‑M2/12‑1 (MQ=255) gtgcgcccgccagcggggccagccGCCTAACGTGAt > 6:171066‑M2/25‑36 (MQ=255) ccccGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCg < 5:932155/87‑1 (MQ=255) ccccGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCg > 6:932155/1‑87 (MQ=255) ccGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGt > 6:388893/1‑148 (MQ=255) ccGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGt > 5:579160/1‑148 (MQ=255) cGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGc < 6:702254/103‑1 (MQ=255) cGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGc > 5:702254/1‑103 (MQ=255) ggcgggcgCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCg < 6:579160/148‑1 (MQ=255) gcgcACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGa < 7:212990/126‑1 (MQ=255) gcgcACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGa > 8:212990/1‑126 (MQ=255) cacaGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTc > 7:356061/1‑148 (MQ=255) cagccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGt < 8:423241‑M2/128‑1 (MQ=255) cagccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGt > 7:423241‑M2/6‑133 (MQ=255) gccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCAtt > 5:843620‑M2/4‑49 (MQ=255) gccGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCAtt < 6:843620‑M2/46‑1 (MQ=255) cGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGc < 7:516321‑M2/72‑1 (MQ=255) cGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGc > 8:516321‑M2/2‑73 (MQ=255) | AGCCTGCTGTGGACCTCTTTAAATTACTTTGAGGGATTCATCATGGAAATCAGCCTGTTGCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGTCGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGATGTCTCGCTGCGACCTGGCAACAAACCCGCGCCGCATTTGATGCTGGTGCCGACGGCCTGGTGCATTGCTATAACGGGATGACAGGTTTACATCACCG > NC_000913/3280659‑3281159 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |